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标题: 用MS模拟SiHCl3在NPT系综下的分子动力学平衡密度比实际值大很多怎么办 [打印本页]

作者
Author: healthy 时间: 2023-7-10 17:20
标题: 用MS模拟SiHCl3在NPT系综下的分子动力学平衡密度比实际值大很多怎么办
用MS软件先用compassⅡ（因为这个立场优化后键长和键角与文献值最接近）力场优化了SiHCl3分子，再建立AC盒子模型，初始数量设为400，密度设为1.2，建立了10个盒子，选择能量最低的一个用Universal力场进行优化，然后用universal力场在NPT，298K101.325kpa，温浴berendsen，压浴andrense下进行分子动力学模拟，跑了8ns，得到的结果平衡密度为1.451，但我查的资料三氯氢硅的在25℃，一个大气压下密度为1.342，误差8%了，我看文献里验证模型的时候密度误差要小于5%，我尝试了其他可以用的力场（比如compass，compassⅡ）结果都比universal要大很多，universal力场是最接近的，但误差还是很大，该怎么办呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-11 12:19
如果文献里找不到此体系专门的参数，就根据实验数据自行优化LJ参数、原子电荷来最小化误差（注意如果只令密度误差最小化，也有可能会导致其它性质的计算误差变大）

作者
Author: healthy 时间: 2023-7-11 15:08

sobereva 发表于 2023-7-11 12:19
如果文献里找不到此体系专门的参数，就根据实验数据自行优化LJ参数、原子电荷来最小化误差（注意如果只令密 ...

好的谢谢老师

作者
Author: healthy 时间: 2023-7-11 15:35

sobereva 发表于 2023-7-11 12:19
如果文献里找不到此体系专门的参数，就根据实验数据自行优化LJ参数、原子电荷来最小化误差（注意如果只令密 ...

那请问老师，如果不将密度误差最小化，该如何证明所构建的模型和所得到的结果（如径向分布函数等）是准确的呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-12 08:54

healthy 发表于 2023-7-11 15:35
那请问老师，如果不将密度误差最小化，该如何证明所构建的模型和所得到的结果（如径向分布函数等）是准确 ...

要么跟实验比，要么跟更准确的理论数据对比（比如CP2K基于DFT跑的动力学对比）

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