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标题: 求助Multiwfn冻结原子的技巧 [打印本页]

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Author: wmy 时间: 2023-7-10 18:36
标题: 求助Multiwfn冻结原子的技巧
最近再使用Multiwfn创建 cp2k优化结构的输入文件时候想要冻结除某一类原子中的一些原子之外的全部。因为体系比较大，我想用反选的方式选择原子，类似optH这种。试着写opt+原子序号的方法，程序直接退了

。现在我的解决办法是全部冻结，再慢慢删除我要优化的原子序号。我想请教下有没有更快的方法呢

作者
Author: 丁越 时间: 2023-7-10 19:43
gview里面选中原子，在tools->atom selection中就显示了原子序号

作者
Author: wmy 时间: 2023-7-10 20:57
本帖最后由 wmy 于 2023-7-10 22:12 编辑

丁越发表于 2023-7-10 19:43
gview里面选中原子，在tools->atom selection中就显示了原子序号

谢谢您的回答。通过冻结全部，在再list找到要优化的原子编号确实挺快的

作者
Author: 牧生 时间: 2023-7-10 21:51
本帖最后由牧生于 2023-7-11 06:47 编辑

丁越的方法是可行的，也是我能想到的最简单省事的。
按序号冻结是进入冻结原子的选项以后，直接输入序号，而不是"opt+序号"。你仔细琢磨一下这句话

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作者
Author: 卡开发发 时间: 2023-7-11 06:17
本帖最后由卡开发发于 2023-7-11 06:22 编辑

还有个办法也许可以试试：
1、ase gui 对应的结构如cif格式；
2、然后界面左键框选原子，在这些原子选中状态下点击菜单栏的视图(view)->设置(settings)，在限制(constraints)那一行下的fix（也可能是constraint）按钮点击一下；3、点击菜单文件(Files)->保存(Save)，保存为*.json的格式；
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4、使用文本编辑器打开这个*.json文件，找FixAtoms的字段，其中kwargs->indice里面的编号即为固定原子的列表（注：ase-json是从0开始编号的）稍加处理即可。
(, 下载次数 Times of downloads: 108)
如果会点python可能会更加事半功倍，可能根本不需要额外的程序。

注：结构来源于论坛。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-11 12:27
gview的atom selection一定要恰当使用，前面的人说过了。注意在gview里有atom list editor，可以灵活地对原子进行排序、选择。

此外，VMD有强大的选择语句，看下文。命令行窗口输入[atomselect top 选择语句] get serial可以得到各个被选择的原子的序号。然后你把窗口里返回的信息拷出来，把空格替换成逗号，就可以直接粘贴到Multiwfn窗口里
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

作者
Author: TOP1 时间: 2025-6-18 22:48
你好，请问一下如何冻结全部原子呢，谢谢

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-6-18 23:13

TOP1 发表于 2025-6-18 22:48
你好，请问一下如何冻结全部原子呢，谢谢

如此神奇的需求是哪来的？无论是单点能之类根本不涉及原子核坐标变化的计算，还是几何优化、分子动力学之类本来就需要核坐标变化的计算，冻结全部原子都听着很离谱。……还是说你想问的不是计算设置而是体系建模的操作？
请参考http://sobereva.com/620将前提、目标、软件等背景完整描述，不然没法回答。

作者
Author: TOP1 时间: 2025-6-18 23:17

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-6-18 23:13
如此神奇的需求是哪来的？无论是单点能之类根本不涉及原子核坐标变化的计算，还是几何优化、分子动力学之 ...

你好，是这样的，我需要做zpe计算，其中要固定大部分原子，所以想参考楼主的方法先全部固定，再删去不固定的原子序号

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-6-18 23:35

TOP1 发表于 2025-6-18 23:17
你好，是这样的，我需要做zpe计算，其中要固定大部分原子，所以想参考楼主的方法先全部固定，再删去不固 ...

这离我要求的“完整描述”差太远太远了。合理的求助应当类似这样描述，请自行替换补充方括号内的内容：“我打算用[Gaussian/CP2K/其他软件名]对一个[分子团簇/表面吸附的簇模型/周期性/其他特征]的体系做[几何优化/振动分析/分子动力学/其他任务名]以计算[单点能/焓/自由能/其他物理量]来说明[问题]，为了[固定排布及取向/表现晶体的周期环境/节省计算量/其他目的]需要冻结[边缘/基底/部分]的[数量]个[种类]的原子，仅放开[中心/小分子/部分]的[数量]个[种类]的原子，那么在用[GaussView/VESTA/ASE/其他软件名]建模后，应当如何书写输入文件设置冻结？”

如果你说的zpe是指零点能，单独算这个可能并不够说事，毕竟这只是焓/自由能等热力学量的一小部分。

作者
Author: TOP1 时间: 2025-6-18 23:41

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-6-18 23:35
这离我要求的“完整描述”差太远太远了。合理的求助应当类似这样描述，请自行替换补充方括号内的内容：“ ...

你好，老师，我使用CP2K计算金属团簇的CO2RR过程的热力学吉布斯自由能变，需要得到零点能，所以需要进行频率计算，在计算的时候，建模软件是MS，我需要固定整个金属团簇，只有吸附物是非固定的，目前没有找到更方便的方法，看到楼主的帖子，想要学习一下，谢谢老师

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-6-19 00:23

TOP1 发表于 2025-6-18 23:41
你好，老师，我使用CP2K计算金属团簇的CO2RR过程的热力学吉布斯自由能变，需要得到零点能，所以需要进行 ...

如果金属团簇只是孤立的非周期性体系，并不建议用CP2K做周期性计算。此外吸附过程中不是只有被吸附的分子会变形，金属团簇（至少是靠近被吸附分子的局部）也可能为了适应相互作用而弛豫变形，所以几何优化获得吸附构型时冻结整个金属团簇基底不是很合理；再加上振动分析应当与几何优化在完全相同的计算设置下完成，所以振动分析也不宜冻结整个金属团簇基底。

我觉得楼上列举的几种冻结设置方法都挺合适的。当然还有一种想法，在建模软件里或者在结构的文本文件中获得总原子数n与不冻结的原子数m，自行调整坐标顺序使不冻结的原子排在前面，然后在CP2K的输入文件中把LIST关键词的选项写成(m+1) .. n的范围形式。

如果所有这些方法都不方便，还需要针对特定体系结构讨论，那就得上传结构文件了。

作者
Author: TOP1 时间: 2025-6-19 01:20

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-6-19 00:23
如果金属团簇只是孤立的非周期性体系，并不建议用CP2K做周期性计算。此外吸附过程中不是只有被吸附的分子 ...

好的，万分感谢老师

作者
Author: TOP1 时间: 2025-6-19 01:30

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-6-19 00:23
如果金属团簇只是孤立的非周期性体系，并不建议用CP2K做周期性计算。此外吸附过程中不是只有被吸附的分子 ...

老师，你好！还想请教一下老师，opt与频率计算保持一致，其中也会包括冻结的原一致吗，非常感谢老师解答

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