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标题: 求助Multiwfn冻结原子的技巧 [打印本页]

作者
Author: wmy 时间: 2023-7-10 18:36
标题: 求助Multiwfn冻结原子的技巧
最近再使用Multiwfn创建 cp2k优化结构的输入文件时候想要冻结除某一类原子中的一些原子之外的全部。因为体系比较大，我想用反选的方式选择原子，类似optH这种。试着写opt+原子序号的方法，程序直接退了

。现在我的解决办法是全部冻结，再慢慢删除我要优化的原子序号。我想请教下有没有更快的方法呢

作者
Author: 丁越 时间: 2023-7-10 19:43
gview里面选中原子，在tools->atom selection中就显示了原子序号

作者
Author: wmy 时间: 2023-7-10 20:57
本帖最后由 wmy 于 2023-7-10 22:12 编辑

丁越发表于 2023-7-10 19:43
gview里面选中原子，在tools->atom selection中就显示了原子序号

谢谢您的回答。通过冻结全部，在再list找到要优化的原子编号确实挺快的

作者
Author: 牧生 时间: 2023-7-10 21:51
本帖最后由牧生于 2023-7-11 06:47 编辑

丁越的方法是可行的，也是我能想到的最简单省事的。
按序号冻结是进入冻结原子的选项以后，直接输入序号，而不是"opt+序号"。你仔细琢磨一下这句话

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作者
Author: 卡开发发 时间: 2023-7-11 06:17
本帖最后由卡开发发于 2023-7-11 06:22 编辑

还有个办法也许可以试试：
1、ase gui 对应的结构如cif格式；
2、然后界面左键框选原子，在这些原子选中状态下点击菜单栏的视图(view)->设置(settings)，在限制(constraints)那一行下的fix（也可能是constraint）按钮点击一下；3、点击菜单文件(Files)->保存(Save)，保存为*.json的格式；
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4、使用文本编辑器打开这个*.json文件，找FixAtoms的字段，其中kwargs->indice里面的编号即为固定原子的列表（注：ase-json是从0开始编号的）稍加处理即可。
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如果会点python可能会更加事半功倍，可能根本不需要额外的程序。

注：结构来源于论坛。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-11 12:27
gview的atom selection一定要恰当使用，前面的人说过了。注意在gview里有atom list editor，可以灵活地对原子进行排序、选择。

此外，VMD有强大的选择语句，看下文。命令行窗口输入[atomselect top 选择语句] get serial可以得到各个被选择的原子的序号。然后你把窗口里返回的信息拷出来，把空格替换成逗号，就可以直接粘贴到Multiwfn窗口里
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

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