计算化学公社

标题: 求助VMD构造键角时得不到全部improper翻转角 [打印本页]

作者
Author: cimoix 时间: 2023-7-10 21:41
标题: 求助VMD构造键角时得不到全部improper翻转角
我采用下面的方法做lammps的data文件，用packmol得到无规聚苯乙烯的周期晶胞，然后用VMD转data文件，向其中加入angle、dehedral和improper信息。但我得到的improper只有和骨架链相连的苯环碳为中心的平面翻转角，没有与苯基相连的α-手性碳的翻转角。通过别的方法也处理不出来，比如将pdb重新载入materials studio，再转成data，虽然得到了所有improper，但碳命名和链角种类全乱了。不知道怎么处理。

lammps和gromacs聚合物建模的方法
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=18520&fromuid=50929
(出处: 计算化学公社)

作者
Author: cimoix 时间: 2023-7-13 10:21
VMD说明是这么写的：
guessimpropers [tolerance <degrees>]
Guess improper angles. Are defined for atoms that are bonded to exactly 3 atoms when they form a near flat structure. The tolerance flag can be used as a cutoff for what is to be considered as "flat" and what not.
原来只输入guessimpropers会只输出平面结构的翻转角啊。

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