计算化学公社

标题: vasp计算吉布斯自由能校正的吸附能中原子固定的问题 [打印本页]

作者
Author: dingniu2 时间: 2023-7-11 11:24
标题: vasp计算吉布斯自由能校正的吸附能中原子固定的问题
本帖最后由 dingniu2 于 2023-7-11 11:25 编辑

例如，4X4的掺杂石墨烯吸附O2的吸附自由能的计算，是用graphene_O2的[E0+G(T)]减去graphene的[E0+G(T)]，再减去O2的[E0+G(T)]，E0为结构优化得到的电子能量，G(T)由在此结构上的频率计算后用vaspkit得到，有以下几个问题请问大家：
1. 在做频率前的结构优化时，graphene_O2体系除了O2之外的graphene所有原子是否都需要固定？
2. 在做频率前的结构优化时，孤立的graphene体系的所有原子是否都需要固定？
3. 在频率计算时，graphene_O2体系除了O2之外的graphene所有原子是否都需要固定？
4. 在频率计算时，孤立的graphene体系的所有原子是否都需要固定？
请问大家1.2.3.4，中哪项固定原子？哪项不固定原子？这个问题困扰了好久，谢谢大家。

作者
Author: Chemicat 时间: 2023-7-11 15:54
结构优化不固定原子，频率计算固定O2之外的原子

作者
Author: dingniu2 时间: 2023-7-15 09:25

Chemicat 发表于 2023-7-11 15:54
结构优化不固定原子，频率计算固定O2之外的原子

感谢回复，请问第4点，孤立的石墨烯优化后计算频率，全都固定了，还可以计算频率吗？还有请问全都固定了算出的吉布斯自由能校正项会不会损失太多准确度？

作者
Author: yxdd98 时间: 2023-7-15 11:36

dingniu2 发表于 2023-7-15 09:25
感谢回复，请问第4点，孤立的石墨烯优化后计算频率，全都固定了，还可以计算频率吗？还有请问全都固定了 ...

纯slab没必要去固定原子计算频率，应该就用它的电子能量近似作为吉布斯自由能即可；人为固定slab原子一般会引入误差的，但考虑到计算量，这也是文献里常采用的做法，精度能不能接受还是在于你对结果的要求和期望。

作者
Author: dingniu2 时间: 2023-7-15 13:24

yxdd98 发表于 2023-7-15 11:36
纯slab没必要去固定原子计算频率，应该就用它的电子能量近似作为吉布斯自由能即可；人为固定slab原子一般 ...

谢谢解答，我对VASP中的固定原子有些迷惑，在POSCAR中坐标后写FFF固定的结果是不做结构优化？还是不参与频率的计算？如果是不做优化，那频率计算本身是静态计算根本就不优化，固不固定原子就没有区别了？

作者
Author: Chemicat 时间: 2023-7-18 15:37

dingniu2 发表于 2023-7-15 13:24
谢谢解答，我对VASP中的固定原子有些迷惑，在POSCAR中坐标后写FFF固定的结果是不做结构优化？还是不参与 ...

在POSCAR中坐标后写FFF固定的结果是既不参与结构优化，也不参与频率计算；频率计算与静态自洽计算还是有区别的，VASP计算频率的具体原理我也不是那么清楚

作者
Author: zhaojingjing 时间: 2023-7-18 19:29

Chemicat 发表于 2023-7-11 15:54
结构优化不固定原子，频率计算固定O2之外的原子

你好，我问下，在算吉布斯自由能之前必须算频率吗，算频率的意义是什么呢？老板催的有点紧，谢谢了

作者
Author: wypkdhd 时间: 2023-7-18 21:49

zhaojingjing 发表于 2023-7-18 19:29
你好，我问下，在算吉布斯自由能之前必须算频率吗，算频率的意义是什么呢？老板催的有点紧，谢谢了

算吉布斯自由能必须算频率，因为自由能校正公式里的项就是基于振动频率的。
参考高斯热力学矫正，自己去看公式就懂了。
http://gaussian.com/thermo/

作者
Author: zhaojingjing 时间: 2023-7-19 10:59

wypkdhd 发表于 2023-7-18 21:49
算吉布斯自由能必须算频率，因为自由能校正公式里的项就是基于振动频率的。
参考高斯热力学矫正，自己去 ...

好的，非常感谢

作者
Author: negligible 时间: 2023-10-29 21:13
老師們好，我借樓問個問題，就是VASP裏這個E0具體是指什麽能量？有沒有專業的名稱呢？看網上都説是電子總能？

作者
Author: negligible 时间: 2023-10-29 21:18
另外這個電子的能量是所有電子的能量還是只有價電子的能量？

作者
Author: 123wo 时间: 2023-10-30 16:26

negligible 发表于 2023-10-29 21:18
另外這個電子的能量是所有電子的能量還是只有價電子的能量？

我觉得这个应该是所有电子的，只是芯电子用了赝势处理，价电子还是价电子

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