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标题: 求体系单点能时使用b2plyp/def2tzvp 系统硬盘空间不足 [打印本页]

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Author: 升腾 时间: 2016-8-5 21:20
标题: 求体系单点能时使用b2plyp/def2tzvp 系统硬盘空间不足
老师您好：
我在使用b2plyp/def2tzvp 下计算图片体系单点能，同时输出全部轨道信息。计算的rwf文件轻轻松松达到了700GB，而且还没计算完，服务器硬盘是2T的同时运行三个任务就因为存储空间不足停止了。
这是输入命令#p b2plyp/def2tzvp pop=full。这该怎么处理，是基组太大了吗？

作者
Author: 冰释之川 时间: 2016-8-5 22:26
本帖最后由冰释之川于 2016-8-5 22:33 编辑

干什么要用B2PLYP 双杂化泛函呢？相当于做了MP2。。。这么大体系的MP2配上大基组当然奔不动。。换def2-SVP试试看，不行再减小基组或者换方法

作者
Author: sobereva 时间: 2016-8-5 22:41
基组如果再降的话就对不起双杂化泛函了，还不如泛函降成普通泛函。

强烈推荐用ORCA做双杂化泛函计算，支持的PWPB95比B2PLYP好很多，而且开了RI后速度比Gaussian快N倍甚至一个数量级，而且资源消耗也小得多。算五六十个原子用双杂化泛函哪怕结合def2-QZVP，在四核机子上也就几个小时就算完了。ORCA是算双杂化的神器。这里有说明
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214

作者
Author: 升腾 时间: 2016-8-6 08:58
嗯嗯，好的，谢谢老师。

作者
Author: 升腾 时间: 2016-8-8 18:24
换成Orca之后速度简直就是飞起，同样的基组8核运算，上述体系用了47分钟就结束了。简直太强了。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-8-8 22:42

升腾发表于 2016-8-8 18:24
换成Orca之后速度简直就是飞起，同样的基组8核运算，上述体系用了47分钟就结束了。简直太强了。

传教成功

作者
Author: 长颈鹿先森 时间: 2019-4-15 10:49
本帖最后由长颈鹿先森于 2019-4-15 21:24 编辑

sobereva 发表于 2016-8-5 22:41
基组如果再降的话就对不起双杂化泛函了，还不如泛函降成普通泛函。

强烈推荐用ORCA做双杂化泛函计算，支 ...

sob老师，我在Linux系统中的高斯上计算18个原子的单点能，用的是CCSD(T)/cc-pVTZ，计算过程中中弹出硬盘不足，我随后看了rwf文件200多GB。我在500G固态硬盘里面就装了Centos系统和高斯软件，其他什么都没装。请问这种情况应该怎么解决呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-16 00:03

长颈鹿先森发表于 2019-4-15 10:49
sob老师，我在Linux系统中的高斯上计算18个原子的单点能，用的是CCSD(T)/cc-pVTZ，计算过程中中弹出硬盘 ...

就是临时文件目录写满了
弄个几T的机械插上，作为读写文件储存的地方。要么借助MP2估算CCSD(T)/大基组能量

作者
Author: 长颈鹿先森 时间: 2019-4-16 09:00

sobereva 发表于 2019-4-16 00:03
就是临时文件目录写满了
弄个几T的机械插上，作为读写文件储存的地方。要么借助MP2估算CCSD(T)/大基组能 ...

谢谢老师，我还有有几点不懂的地方，麻烦您解惑。
第一：把读写文件放到机械硬盘里，那我用CCSD(T)计算的时候，会大量读写文件，机械硬盘的读写速度不及固态，计算耗时是不是就增加了，那我装固态还有意义吗？
第二：我如果装上机械硬盘，还用重装Linux系统吗，Centos还用重新分区吗，高斯计算的时候能识别出来机械硬盘吗？
第三：您说的把读写文件存储到机械上，是指定%rwf文件的存储位置就行是吧

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-16 11:07

长颈鹿先森发表于 2019-4-16 09:00
谢谢老师，我还有有几点不懂的地方，麻烦您解惑。
第一：把读写文件放到机械硬盘里，那我用CCSD(T)计算 ...

1 分割rwf文件，能装在固态的部分在固态，没地方的装在机械
2 不用重装。只对新装的硬盘分区即可。能
3 是。或者修改GAUSS_SCRDIR

作者
Author: 长颈鹿先森 时间: 2019-4-18 17:26

sobereva 发表于 2019-4-16 11:07
1 分割rwf文件，能装在固态的部分在固态，没地方的装在机械
2 不用重装。只对新装的硬盘分区即可。能
3 ...

sob老师，我再次运行了一个输入文件，使用df -hl查看了硬盘空间，发现挂载点 / 的剩余空间不足，我看挂载点 /home的空间基本就没用上，使用CCSD(T)计算单点能时，我看一直占用的是挂载点的空间。我把g09解压放在了主目录里，scratch文件放在g9下面了（root用户登录的）。我当时装Linux系统分区的时候，搜了论坛，看到说给/50G ，/boot 1G, 剩下的都给/home。您看我这电脑分区合理吗，学生不太懂Linux分区的事情，如果我设置的不合理，需要重新分区的话，您的建议呢？重新分区后是不是可以避免硬盘不足的问题，还是说现在的分区合适，需要装机械硬盘来分割rwf文件呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-18 17:38

长颈鹿先森发表于 2019-4-18 17:26
sob老师，我再次运行了一个输入文件，使用df -hl查看了硬盘空间，发现挂载点 / 的剩余空间不足，我看挂载 ...

分区合不合理完全看具体用户怎么用
既然home都没怎么用，你把GAUSS_SCRDIR指向home下某个目录

作者
Author: liuyjhx 时间: 2019-12-27 15:28

sobereva 发表于 2016-8-5 22:41
基组如果再降的话就对不起双杂化泛函了，还不如泛函降成普通泛函。

强烈推荐用ORCA做双杂化泛函计算，支 ...

老师请问结构优化和频率用高斯？单点能用ORCA可以吗？

作者
Author: biogon 时间: 2019-12-30 22:32

liuyjhx 发表于 2019-12-27 15:28
老师请问结构优化和频率用高斯？单点能用ORCA可以吗？

没问题的

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