计算化学公社

标题: vmd有批量保存trr轨迹的方法吗？ [打印本页]

作者
Author: UTM 时间: 2023-7-12 10:01
标题: vmd有批量保存trr轨迹的方法吗？
我的体系里有10个分子，共10000帧，我想分别保存这10个分子的全部轨迹到trr文件（生成每个分子的10000帧的10个trr文件），请问该如何做到？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-13 12:56
写个VMD tcl脚本，循环每个分子，里面用atomselect选中相应分子成为对象，假设叫atomselect0，然后atomselect0 writetrr $i.trr保存成trr文件，其中$i是相应分子序号变量

作者
Author: UTM 时间: 2023-7-13 15:26

sobereva 发表于 2023-7-13 12:56
写个VMD tcl脚本，循环每个分子，里面用atomselect选中相应分子成为对象，假设叫atomselect0，然后atomsele ...

好的，我试一试，谢谢sob老师

作者
Author: UTM 时间: 2023-7-14 19:20

sobereva 发表于 2023-7-13 12:56
写个VMD tcl脚本，循环每个分子，里面用atomselect选中相应分子成为对象，假设叫atomselect0，然后atomsele ...

请问该如何选中所有帧呢？我输出的trr文件只有一帧。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-15 08:58

UTM 发表于 2023-7-14 19:20
请问该如何选中所有帧呢？我输出的trr文件只有一帧。

诸如animate write trr {D://t2.trr} beg 10 end 202，保存10到202帧到trr里

作者
Author: UTM 时间: 2023-7-15 14:44

sobereva 发表于 2023-7-15 08:58
诸如animate write trr {D://t2.trr} beg 10 end 202，保存10到202帧到trr里

这样该怎么选择保存指定的分子呢？我用这个命令就把整个体系的trr文件全保存了..........（我在打开File>Log Tcl Commands to Console之后发现我手动一个分子一个分子保存trr的时候命令行根本没有选中指定分子的操作，只有animate write trr {G:/RMSD/2.trr} beg 0 end 50000 skip 1 0 这样的命令）

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-15 18:54

UTM 发表于 2023-7-15 14:44
这样该怎么选择保存指定的分子呢？我用这个命令就把整个体系的trr文件全保存了..........（我在打开File> ...

看手册animate部分

(, 下载次数 Times of downloads: 35)

作者
Author: UTM 时间: 2023-7-15 22:57

sobereva 发表于 2023-7-15 18:54
看手册animate部分

好的，谢谢sob老师。

作者
Author: UTM 时间: 2023-7-16 03:32

sobereva 发表于 2023-7-15 18:54
看手册animate部分

还有一个小问题就是animate命令的保存文件名那个地方没法参与到for循环里........比如我在循环里将文件名命名为$i.trr它不会跟着循环自动变成1.trr、2.trr..........而是最终会输出为唯一一个名字叫$i.trr的文件

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-16 07:11

UTM 发表于 2023-7-16 03:32
还有一个小问题就是animate命令的保存文件名那个地方没法参与到for循环里........比如我在循环里将文件名 ...

别用花括号，没法被转义

作者
Author: UTM 时间: 2023-7-16 13:11

sobereva 发表于 2023-7-16 07:11
别用花括号，没法被转义

好的，完美解决！谢谢社长。

作者
Author: UTM 时间: 2023-7-16 13:12
在此附上批量保存trr轨迹的代码：
for {set i 0} {$i<10001} {incr i 1} {
atomselect top "resid [expr $i+1]"
animate write trr [expr $i+1].trr beg 0 end 50000 sel atomselect$i
atomselect$i delete
}

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)