计算化学公社

标题: 请问在高斯计算中，如何能将几层原子位置固定？ [打印本页]

作者
Author: lastzealot 时间: 2014-12-3 01:36
标题: 请问在高斯计算中，如何能将几层原子位置固定？
我想做一个表面配位化学的计算，需要固定固体表面的分子，但是最外层的某些配位基团不固定，请问如何来实现？

作者
Author: sobereva 时间: 2014-12-3 01:38
优化过程冻结笛卡尔坐标：冻结的写-1，其它为0，例如：
C 0                2.10451556 1.30476920 0.00000000
C 0                1.53972704 2.37591121 -0.60408756
C 0                0.04292261 2.47139369 -0.52690516
C -1             -0.71631194 1.32920531 0.11350514
O -1             -1.77102370 1.50011168 0.62389092

作者
Author: 平辉正 时间: 2014-12-3 10:33
高斯的PBC不是不太好吗？为什么还要使用呢/

作者
Author: sobereva 时间: 2014-12-3 12:34

平辉正发表于 2014-12-3 10:33
高斯的PBC不是不太好吗？为什么还要使用呢/

正因为这点，人们在高斯里计算界面体系的时候，往往挖出一块团簇当成孤立体系来近似处理。

作者
Author: lastzealot 时间: 2014-12-3 22:13
谢谢sob大神我还有几个问题想咨询一下 1 我怎么知道笛卡尔坐标里的坐标对应的是哪个原子呢？ 2 固体表面一般要有几层原子？固定几层放开几层呢？一般是几乘几的表面呢？谢谢大神。

作者
Author: sobereva 时间: 2014-12-3 22:34
你看看你研究的体系文献里通常建的模型就知道了，和晶体类型、吸附的分子大小以及计算能力等都有关。一般总共三四层吧，最上面一两层放开优化其它冻结。
在可视化程序里直接就能看到原子的位置

作者
Author: lastzealot 时间: 2014-12-4 08:40
谢谢大神

作者
Author: ter20 时间: 2014-12-4 09:37

sobereva 发表于 2014-12-3 01:38
优化过程冻结笛卡尔坐标：冻结的写-1，其它为0，例如：
C 0 2.10451556 1.30476920 ...

我一般用Opt=ModRedundant，然后坐标下面加：
原子编号 F
不知道和你的直接加0和-1有没有区别，求教!

作者
Author: sobereva 时间: 2014-12-4 14:02

ter20 发表于 2014-12-4 09:37
我一般用Opt=ModRedundant，然后坐标下面加：
原子编号 F
不知道和你的直接加0和-1有没有区别，求教!

你的是在冗余内坐标下固定，我的是在笛卡尔坐标下固定，都能达到相同的目的。

作者
Author: ter20 时间: 2014-12-4 15:01

sobereva 发表于 2014-12-4 14:02
你的是在冗余内坐标下固定，我的是在笛卡尔坐标下固定，都能达到相同的目的。

OK. 明白了！

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