计算化学公社

标题: 求助：能量最小化时做的谐波约束大小怎么设置 [打印本页]

作者
Author: TL131242 时间: 2023-7-13 09:25
标题: 求助：能量最小化时做的谐波约束大小怎么设置
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文献中提到的首先对DNA进行了500步最陡梯度和500步共轭梯度，并对DNA进行了500 kcal mol1 Å1谐波约束，然后在没有约束的情况下进行了1000步最陡梯度和1500步共轭梯度。
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这个是我的mdp文件，我找不到设置约束力大小的参数。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-13 12:25
网上问计算化学问题极其忌讳把英文原文机器翻译成中文，能回答你问题的人没有看不懂英文的。而且机器翻译各种**不通，比看英文原文累的多。

harmonic restraint明明叫简谐限制

搞清楚约束和限制的差别再说，你当前标题里问的问题从逻辑上都是完全错的
解析gromacs的restraint、constraint和freeze
http://sobereva.com/10

谐振势力常数在[position_restraint]字段里体现。通常根本不需要你自己改，用默认的就完了

作者
Author: TL131242 时间: 2023-7-14 08:32

sobereva 发表于 2023-7-13 12:25
网上问计算化学问题极其忌讳把英文原文机器翻译成中文，能回答你问题的人没有看不懂英文的。而且机器翻译各 ...

好的，谢谢sob老师，抱歉犯了这种低级错误

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