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标题: 请教一下多元酸在水中形态与pH关系 [打印本页]

作者
Author: renzhogn424 时间: 2023-7-13 10:44
标题: 请教一下多元酸在水中形态与pH关系
多元酸在水中随pH变化会产生多级电离，根据文献得到的pKa（或ibond这类网站）值可以知道其电离形态随pH的变化，但是具体的构型还是比较难获得，比如EDTA这种比较复杂的，就算知道电离出两个H+，那建模时四个羧酸上是哪两个电离掉了呢？（难道每一个构型都DFT去计算能量？）

发现软件Avogadro有个“Add Hydrogens for pH”功能（见下图），设置pH，它自动帮你加减氢原子，问题是它准不准？原理是什么？如果靠谱准确，那就完美解决我上述的问题了。
或者有什么其它更好的软件与方法，还请大家赐教。
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作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-13 12:12
看哪种质子解离的方式自由能最低便知哪种结构占主导
凭直觉也可以估计，比如离得近的两个羧基相对来说不容易同时质子解离，因为这样会导致两个COO-之间的静电互斥令能量较高
不要轻易信某些程序提供的某些功能。要从原理上思考某些程序提供的一些功能是否靠谱，或可能存在哪些局限性。

作者
Author: renzhogn424 时间: 2023-7-14 19:13

sobereva 发表于 2023-7-13 12:12
看哪种质子解离的方式自由能最低便知哪种结构占主导
凭直觉也可以估计，比如离得近的两个羧基相对来说不容 ...

谢谢sob老师，那可能我还是要计算来检验下。

作者
Author: ionexchangeC 时间: 2023-7-16 22:06
同时注意构象搜索问题，这两个问题要想同时考虑的话，可以把不同羧基上解离氢原子的情况也看作不同的构象，一并计入构象平均（对每种电离形式作构象搜索）

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