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标题: 求助：请问多个CP2K任务同时跑时，速度相对于跑一个变慢很多正常吗 [打印本页]

作者
Author: 鱿鱼起司 时间: 2023-7-13 16:33
标题: 求助：请问多个CP2K任务同时跑时，速度相对于跑一个变慢很多正常吗
所用双路服务器为64核，使用mpirun -np 36 cp2k.popt 跑一个任务时，单个电子步大概2.7s左右，CPU使用率在20~30%，而在使用同样命令在跑上第二个任务时，第一个任务单个电子步耗时变为5s左右，CPU使用率50~60%，第一个任务速度耗时增加很多，请问各位老师，这种现象正常吗，以及同时跑多个CP2K任务时，应该怎么跑比较效率？

作者
Author: zorow 时间: 2023-7-13 16:39
我好像也遇到了类似情况...

作者
Author: wxsxjj 时间: 2023-7-13 16:58
绑定cpu试一试

作者
Author: abin 时间: 2023-7-13 18:16
尝试采用slurm cgroup方式，自动限定资源

或者手动设定，，类似于cpu binding
手动部分，可以参考cp2k官方资料

作者
Author: 乐平 时间: 2023-7-13 21:11

所用双路服务器为64核，使用mpirun -np 36 cp2k.popt

确定是 36 核？不是 32 核？

作者
Author: 乐平 时间: 2023-7-13 21:27

abin 发表于 2023-7-13 18:16
尝试采用slurm cgroup方式，自动限定资源

或者手动设定，，类似于cpu binding

我看您在 B 站的视频里显示的，似乎 slurm 是自动绑定 CPU 的？不需要另外的参数设置？

https://www.bilibili.com/video/B ... fd3ce7767e0986f4ac5

视频里只是 slurm 基本设置

#SBATCH --ntasks-per-node=2
#SBATCH --mem-per-cpu=2G

复制代码

这是不是您帖子里提到的 slurm cgroup 方式呢？

作者
Author: abin 时间: 2023-7-13 21:48

乐平发表于 2023-7-13 21:27
我看您在 B 站的视频里显示的，似乎 slurm 是自动绑定 CPU 的？不需要另外的参数设置？

https://www.b ...

我的自动配置工具，
就自动配置了。

其他的教程，我不清楚。

默认是否配置，与内核版本，
以及系统有关系。

apt dnf安装的，默认设置不同。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-15 19:13
按下文绑定就完了。对ORCA的结论同样适用于CP2K
通过设置CPU内核绑定降低ORCA同时做多任务的耗时
http://sobereva.com/553（http://bbs.keinsci.com/thread-17751-1-1.html）

作者
Author: 鱿鱼起司 时间: 2023-7-16 07:42

sobereva 发表于 2023-7-15 19:13
按下文绑定就完了。对ORCA的结论同样适用于CP2K
通过设置CPU内核绑定降低ORCA同时做多任务的耗时
http:// ...

好的！感谢社长！

作者
Author: 鱿鱼起司 时间: 2023-7-16 07:47

乐平发表于 2023-7-13 21:11
确定是 36 核？不是 32 核？

感谢老师，我去试试绑定，按单个任务32核跑

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