计算化学公社

标题: 求助：关于审稿人提出色散校正对吸附中间体的影响 [打印本页]

作者
Author: ct723a 时间: 2023-7-13 16:39
标题: 求助：关于审稿人提出色散校正对吸附中间体的影响
各位老师和大大好：
   最近我们老师让我们做了个体系是关于单原子催化剂（石墨烯负载的过渡金属单原子）对析氢反应（HER）的结构优化，在讨论在酸性条件下中间体氢的吸附的时候审稿人提出了这个问题：
      There should be detail discussion on the validation of the functional used and authenticity of the electronic structure prediction. Is there any role of inclusion of the dispersion correction on the adsorption of the intermediates？
   和老师讨论了一下之后我们认为审稿人的意思应该是认为色散校正对于吸附模型的优化非常重要。事实上我们也查阅了很多相关类似体系的研究工作都开了色散校正，所以这里我们也用了DFT-D3校正，因为我是第一次接触计算，写关于计算的论文，一开始也没把这些信息写进去，所以在修改的时候我将对应的信息加入了computional details中，告知审稿人我们应该是加了色散校正的。但是随后审稿人好像觉得我没能正确的回答他的问题，又返回了一个意见：
   As a reviewer, my concern remains. In the original manuscript, there was no mention about the DFT-D3 method. Now, suddenly it has appeared in the revised computational details section. Notably, results in revised version are the same as original manuscript. There are no comparative analyses for the cases: with and without dispersion correction. Hence, my query on the importance of dispersion correction remains unresolved.
   按照审稿人的意见，我猜测审稿人实际上是希望我们分别对比开了色散校正优化后的结果和不开色散校正优化的结果，然后通过对比结果来说明色散校正的重要性。可是我看了类似体系的文章似乎从来都没有人这么做过。。
   因此我的主要问题就集中在这里：1，我理解的审稿人的意见是否有偏差呢；2，如果说真的要对比开关色散校正的影响，我又该如何去证明哪个结构更加的具有authenticity“权威性”呢。

第一次发帖，可能对版规了解还不是特别深，如果有发帖错误，也请各位大大指出，感谢各位大大并恳请各位大大协助解惑，谢谢谢谢！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-7-13 18:12
审稿人以为你一开始计算没加色散校正，修改的时候加了，然后奇怪为什么计算结果不变。
所以你回复的时候，首先需要明确你一开始的计算本来就加了色散校正，只是文章里漏写了，而不是计算本身也没加色散校正。
至于通过开关色散校正证明它的影响，确实一般文献不这么做，但是审稿人问这个也是合理的，值得正面回答，没必要回避。如果结构优化都关掉色散校正重算太麻烦的话，也可以只关掉单点能计算的色散校正，这样甚至都不需要重跑计算，只要把已有的输出文件里的色散校正值读出来，然后从单点能结果里扣掉即可。因为几乎一定是加色散校正的结果更合理，所以不用纠结开和关的结果哪个更有权威性，只需要回复说色散校正对你算出来的吸附能重要还是不重要就行了

作者
Author: ct723a 时间: 2023-7-13 18:56

wzkchem5 发表于 2023-7-13 18:12
审稿人以为你一开始计算没加色散校正，修改的时候加了，然后奇怪为什么计算结果不变。
所以你回复的时候， ...

好的好的，谢谢您~

作者
Author: 芒果核桃酥。 时间: 2023-7-28 00:48
你好你好，借楼请教一下，因为我做的也是过渡金属催化脱氢反应的，但是之前我都没考虑过色散校正，我现在也是审稿老师提问让我加色散校正，那我需要把我计算的吸附能和能垒的所有的数据都重新计算一次吗？这样数据量就有点太大了

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-28 01:30

芒果核桃酥。发表于 2023-7-28 00:48
你好你好，借楼请教一下，因为我做的也是过渡金属催化脱氢反应的，但是之前我都没考虑过色散校正，我现在也 ...

假设色散校正对几何结构影响可忽略不计，而且你用的是DFT-D3(BJ)等只依赖于几何结构的校正方法，直接对过渡态/反应物/产物计算校正能并求差就完了，没有额外耗时。
如果对几何结构可能有不可忽视的影响，那就得带着色散校正重新优化。
对几何结构是否会可能产生显著的影响没具体结构图没法判断。

作者
Author: 芒果核桃酥。 时间: 2023-7-28 04:58
本帖最后由芒果核桃酥。于 2023-7-28 05:00 编辑

sobereva 发表于 2023-7-28 01:30
假设色散校正对几何结构影响可忽略不计，而且你用的是DFT-D3(BJ)等只依赖于几何结构的校正方法，直接对过 ...

感谢老师的指点，我用的是MS的DMol3模块，使用的泛函是GGA-PBE，图形结构大概是这样，辛苦您再帮我看看呢！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-28 13:59

芒果核桃酥。发表于 2023-7-28 04:58
感谢老师的指点，我用的是MS的DMol3模块，使用的泛函是GGA-PBE，图形结构大概是这样，辛苦您再帮我看看呢 ...

色散校正对此结构影响不大

作者
Author: 芒果核桃酥。 时间: 2023-7-28 22:34

sobereva 发表于 2023-7-28 13:59
色散校正对此结构影响不大

好的好的！太感谢您啦！那我就只用把所有优化好的结构选择计算单点能再勾选上色散校正得到校正后的能量对吗老师，如果是这样那我是直接把涉及计算吸附能的所有结构都按照这样的步骤优化后得到的能量，再按照公式计算出来，那这就是色散修正后的吸附能，这样做对吗？您说的“直接对过渡态/反应物/产物计算校正能并求差就完了”意思是我也按照上述的方式通过选择计算单点能再勾选上色散校正得到校正后的能量按照公式计算相应的能垒就好了，老师您是这意思吗？
另外我想请教您一下色散校正对什么样的结构影响较大呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-28 22:44

芒果核桃酥。发表于 2023-7-28 22:34
好的好的！太感谢您啦！那我就只用把所有优化好的结构选择计算单点能再勾选上色散校正得到校正后的能 ...

对

什么时候影响大看诸如下文里的例子
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）

那种色散作用主导的表面物理吸附问题也必须带色散校正（如果原本用的是PBE、TPSS等对色散作用描述不好的泛函）

作者
Author: 芒果核桃酥。 时间: 2023-7-28 22:52

sobereva 发表于 2023-7-28 22:44
对

什么时候影响大看诸如下文里的例子

好嘞！谢谢老师的悉心指点！！！您的指导让我受益匪浅

作者
Author: 芒果核桃酥。 时间: 2023-7-28 23:01

sobereva 发表于 2023-7-28 22:44
对

什么时候影响大看诸如下文里的例子

不好意思老师，我想再追问一条，因为我有三个相似但不同的催化剂作对比参考，大概会有四条不同的反应路径需要考虑到，那我计算校正后的活化能就只能把这些都全部重新过渡态搜索一次吗？这样计算量就有点太庞大了哇

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-28 23:03

芒果核桃酥。发表于 2023-7-28 23:01
不好意思老师，我想再追问一条，因为我有三个相似但不同的催化剂作对比参考，大概会有四条不同的反应路径 ...

你若要带着色散校正重新优化，那必然如此。把之前得到的结构当初猜，重新优化也不至于太费劲。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-7-28 23:06

芒果核桃酥。发表于 2023-7-28 16:01
不好意思老师，我想再追问一条，因为我有三个相似但不同的催化剂作对比参考，大概会有四条不同的反应路径 ...

对，只要有一个反应的结构优化必须加色散校正，同一篇文章的其他反应也都需要加。所以有的时候即使你计算一开始涉及的几个物种都不需要加色散校正，最好也把色散校正加上，否则你就是在赌你这篇文章不会碰到哪怕一个必须加色散校正的物种，万一赌输了就得从头再来，不值当。

作者
Author: 芒果核桃酥。 时间: 2023-8-2 17:05

wzkchem5 发表于 2023-7-28 23:06
对，只要有一个反应的结构优化必须加色散校正，同一篇文章的其他反应也都需要加。所以有的时候即使你计算 ...

好的，感谢老师指点！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)