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标题: GROMACS自定义RTP方式生成topol有参数空缺 [打印本页]

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Author: 社会主义小战士 时间: 2023-7-13 21:19
标题: GROMACS自定义RTP方式生成topol有参数空缺
如题。
各位前辈，自己编写了一个非标准残基的RTP文件，然后用pdb2gmx生成topol过程时，虽然可以顺利得到
但是在检查topol文件时发现里面的键角和二面角参数这两部分有几个缺失的参数（如图所示）
然而结构上这些参数所对应的原子间并没有成键关系。
我想知道pdb2gmx为什么会有这样的结果呢？是程序bug么？或者是跟VMD类似是根据距离判断成键关系？
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作者
Author: Arkin 时间: 2023-7-14 10:01
看情况：如果你自己准备的 RTP 文件在生成的 top 文件的预编译里，"#include your.rtp"，那么就没关系，`gmx grompp` 在预处理的时候会自动找到缺失的参数。反之，你这步的预处理可能就不会通过。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-15 19:25
你若确信rtp没写错，而且那些项确实不该有，就手动删了就完了。没有根据距离判断的规则（除了specbond.dat里定义的情况）

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2023-7-17 10:46

Arkin 发表于 2023-7-14 10:01
看情况：如果你自己准备的 RTP 文件在生成的 top 文件的预编译里，"#include your.rtp"，那么就没关系，`gm ...

我是把这个RTP文件放到forcefield.ff文件目录下的， "#include your.rtp"这一步是什么？

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2023-7-17 10:46

sobereva 发表于 2023-7-15 19:25
你若确信rtp没写错，而且那些项确实不该有，就手动删了就完了。没有根据距离判断的规则（除了specbond.dat ...

好的，谢谢社长！

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2023-7-17 10:47

sobereva 发表于 2023-7-15 19:25
你若确信rtp没写错，而且那些项确实不该有，就手动删了就完了。没有根据距离判断的规则（除了specbond.dat ...

好的，谢谢社长！

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