计算化学公社

标题: psi4计算时报错显示：Fatal Error: WRITE failed. Only some of the bytes were wr... [打印本页]

作者
Author: 孙荣德 时间: 2023-7-14 13:18
标题: psi4计算时报错显示：Fatal Error: WRITE failed. Only some of the bytes were wr...
  各位老师好,我在用PSI4计算离子液体与添加剂体系时出现报错，报错内容如下：（输入文件和输出文件详见附件）

Traceback (most recent call last):
  File "/public3/home/sc55307/Software/Psi4conda/bin/psi4", line 372, in <module>
exec(content)
  File "<string>", line 79, in <module>
  File "/public3/home/sc55307/Software/Psi4conda/lib/python3.8/site-packages/psi4/driver/driver.py", line 526, in energy
wfn = procedures['energy'][lowername](lowername, molecule=molecule, **kwargs)
  File "/public3/home/sc55307/Software/Psi4conda/lib/python3.8/site-packages/psi4/driver/procrouting/proc.py", line 4642, in run_sapt
e_sapt = core.sapt(dimer_wfn, monomerA_wfn, monomerB_wfn)

RuntimeError:
Fatal Error: WRITE failed. Only some of the bytes were written!
Error writing a full page, unit 196.
PSIO_ERROR: 12 (error writing to file)

Error occurred in file: /home/conda/feedstock_root/build_artifacts/psi4_1683815705191/work/psi4/src/psi4/libpsio/error.cc on line: 134
The most recent 5 function calls were:

psi::PsiException::PsiException(std::__cxx11::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, char const*, int)
psi::PSIO::rw(unsigned long, char*, psi::psio_address, unsigned long, int)
psi::PSIO::write_entry(unsigned long, char const*, char*, unsigned long)

Printing out the relevant lines from the Psithon --> Python processed input file:
""","dimer")
core.IO.set_default_namespace("dimer")
core.set_global_option("SCF_TYPE", "DF")
core.set_global_option("FREEZE_CORE", "True")
core.set_global_option("BASIS", "aug-cc-pVDZ")
--> energy('sapt2+')

!----------------------------------------------------------------------------------!
!                                                                               !
! Fatal Error: WRITE failed. Only some of the bytes were written!                !
! Error writing a full page, unit 196.                                           !
! PSIO_ERROR: 12 (error writing to file)                                        !
! Error occurred in file: /home/conda/feedstock_root/build_artifacts/psi4_16838157 !
!    05191/work/psi4/src/psi4/libpsio/error.cc on line: 134                      !
! The most recent 5 function calls were:                                        !
! psi::PsiException::PsiException(std::__cxx11::basic_string<char,                !
!    std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, char const*, int)          !
! psi::PSIO::rw(unsigned long, char*, psi::psio_address, unsigned long, int)    !
! psi::PSIO::write_entry(unsigned long, char const*, char*, unsigned long)       !
!                                                                               !
!----------------------------------------------------------------------------------!

Psi4 stopped on: Friday, 14 July 2023 12:43PM
Psi4 wall time for execution: 0:49:16.89

*** Psi4 encountered an error. Buy a developer more coffee!
*** Resources and help at github.com/psi4/psi4.
请各位老师帮忙看看这种情况如何解决，非常感激！
(, 下载次数 Times of downloads: 19)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-15 19:38
大抵硬盘满了之类
当前级别对于这么大体系计算很费劲，也非常耗硬盘

强烈建议用sobEDA方法基于Gaussian+Multiwfn做能量分解，精度理想，普适性极强，耗时仅为DFT计算的两三倍，几百原子都能算得动，对内存和硬盘几乎都没要求，操作还特别容易，看原文里给的教程
ChemRxiv (2023) DOI: 10.26434/chemrxiv-2023-n79rz

作者
Author: 孙荣德 时间: 2023-7-16 01:08
本帖最后由孙荣德于 2023-7-16 11:59 编辑

sobereva 发表于 2023-7-15 19:38
大抵硬盘满了之类
当前级别对于这么大体系计算很费劲，也非常耗硬盘

好的，谢谢老师的耐心解答。还有一个问题想请教老师，我用超算算的时候也是这样，是不是用超算算这个体系的话也很费劲？一般也算不出来？还是超算中心的容量够的话还是可以实现？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-7-16 13:53

孙荣德发表于 2023-7-16 01:08
好的，谢谢老师的耐心解答。还有一个问题想请教老师，我用超算算的时候也是这样，是不是用超算算这个体系 ...

“用超算算这个体系”、“超算中心的容量够的话”这些表述不严谨，你应该只是使用了超算中心的一个计算节点而已，不是使用了整个超算中心（巨量资源）。PSI4的SAPT计算也没法跨节点并行。当前体系很大，你计算级别要求很高，用一个节点不可能算得出来。建议换成GKS-EDA，同时还可以用frag_guess_wfn小程序加速计算。

作者
Author: 孙荣德 时间: 2023-7-16 15:59

zjxitcc 发表于 2023-7-16 13:53
“用超算算这个体系”、“超算中心的容量够的话”这些表述不严谨，你应该只是使用了超算中心的一个计算节 ...

好的，谢谢老师

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