计算化学公社

标题: sobtop产生的拓扑文件是基于RESP2的原始结构还是优化结构 [打印本页]

作者
Author: qjy111 时间: 2023-7-16 21:15
标题: sobtop产生的拓扑文件是基于RESP2的原始结构还是优化结构
本帖最后由 qjy111 于 2023-7-17 17:17 编辑

求助，sobtop产生的拓扑文件是基于原始结构，RESP2拟合的是优化后结构的电荷，是不是产生的拓扑文件应该采用优化后结构，还想问一下水的top文件在gromacs目录下有，但是没有水的pdb文件，可以采用自己画的水的pdb文件，进行packmol建立盒子嘛

作者
Author: UTM 时间: 2023-7-17 09:14
你载入sobtop的mol2文件是什么结构产生的拓扑文件就是什么结构呗，和是否用RESP2电荷无关啊。gro文件可以用命令转换为pdb文件。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-17 11:12
别在标题里用汉语拼音，修改标题避免有碍观瞻

说清楚在sobtop里拓扑文件具体怎么产生。诸如全用GAFF参数，和输入文件里几何结构是什么样完全没关系

可以。这是标准做法

作者
Author: qjy111 时间: 2023-7-17 17:18

UTM 发表于 2023-7-17 09:14
你载入sobtop的mol2文件是什么结构产生的拓扑文件就是什么结构呗，和是否用RESP2电荷无关啊。gro文件可以用 ...

我明白了，感谢

作者
Author: qjy111 时间: 2023-7-17 17:19

sobereva 发表于 2023-7-17 11:12
别在标题里用汉语拼音，修改标题避免有碍观瞻

说清楚在sobtop里拓扑文件具体怎么产生。诸如全用GAFF参数 ...

谢谢sob老师，我明白了，标题已修改

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)