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标题: 用orca有一个结构计算不了，其他一系列结构都能正常计算 [打印本页]

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Author: dingliping1108 时间: 2016-8-7 18:21
标题: 用orca有一个结构计算不了，其他一系列结构都能正常计算
请教各位老师，我用orca下面这个命令来优化我的一系列结构，但突然算到一个结构时一直报错，! B3LYP RIJCOSX def2-TZVP def2-TZVP/JK TightSCF Opt freq Grid4
算到这个结构时，每次都是计算hess报错，复合物优化，优化结束后计算hess时报错，然后我尝试计算小基组已经收敛的过渡态结构，刚开始计算hess时同样报错（这两个报错的结构是相同的两个反应物，一个是基态复合物，一个是过渡态）
刚开始提示内存不足，后来我加了个8G内存条，依然报过内存不足，还报错过mpi错误，我把并行命令去掉尝试依然报错。每次算到hess程序都自动退出。
已经用同样的命令算完这一系列其它所有结构，比这个原子多原子少的都计算成功了，就这个一直报错。我的结构也是优化后的结构，不应该有问题，我感觉这个错误特别奇怪，不知道为什么。
下面这是我报错的input文件，哪位老师用orca有时间时，能不能帮我尝试一下这个文件能不能走到超过刚开始计算hess那部分？？非常感谢大家的帮助。
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作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-8-7 18:32
提供报错的输出文件

作者
Author: plus 时间: 2016-8-9 11:27
解析梯度耗内存，原子个数不多可以用numfreq

作者
Author: dingliping1108 时间: 2016-8-11 10:45

plus 发表于 2016-8-9 11:27
解析梯度耗内存，原子个数不多可以用numfreq

这一个系列里有原子个数多的、也有原子个数少的、所以就没用num f re q

作者
Author: dingliping1108 时间: 2016-8-11 11:41
1024

作者
Author: dingliping1108 时间: 2016-8-11 11:45

liyuanhe211 发表于 2016-8-7 18:32
提供报错的输出文件

您好、我把报错的文件放在下面了、20160804.out和20160804a.out、这两个文件

作者
Author: plus 时间: 2016-8-11 11:46

dingliping1108 发表于 2016-8-11 11:41
1024

20160804a.out
最后报错是内存不够，你用解析梯度的时候都加上
%maxcore 2000

作者
Author: dingliping1108 时间: 2016-8-11 11:55

plus 发表于 2016-8-11 11:46
20160804a.out
最后报错是内存不够，你用解析梯度的时候都加上
%maxcore 2000

我加maxcore3000尝试了、还是到hess那步出错、后来又加了一个8G内存条、也还是报错

作者
Author: plus 时间: 2016-8-11 16:16
你内存不够的原因是，基组用的太大了！
对于有机体系来说，double zeta的基函数已经足够了。
你非要用def2-tzvp的话，要么用numfreq，要么再加内存.

作者
Author: dingliping1108 时间: 2016-8-11 23:00

plus 发表于 2016-8-11 16:16
你内存不够的原因是，基组用的太大了！
对于有机体系来说，double zeta的基函数已经足够了。
你非要用def ...

它只有49个原子、可是我这一个系列的73个原子的同样的命令都算完了、如果内存不足、更多原子的应该也走不起来、用大基组是因为小基组算出来的结果跟实验不符。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-8-12 01:55

dingliping1108 发表于 2016-8-11 23:00
它只有49个原子、可是我这一个系列的73个原子的同样的命令都算完了、如果内存不足、更多原子的应该也走不 ...

nproc设小点，maxcore再大点

另外，对于优化和频率计算目的，def2-SVP足矣，算单点才有必要def2-TZVP

作者
Author: dingliping1108 时间: 2016-8-29 15:33

sobereva 发表于 2016-8-12 01:55
nproc设小点，maxcore再大点

另外，对于优化和频率计算目的，def2-SVP足矣，算单点才有必要def2-TZVP

谢谢sob老师指导，我按您的方法nproc设为2 maxcore 3000，还是出现之前的错误，因为小基组算出来的不符合我们的实验结果，所以用的大基组，还有就是算了一个系列就差这两个物质，所以不太想换方法，这个有没有可能是程序有bug?

作者
Author: sobereva 时间: 2016-8-29 15:47

dingliping1108 发表于 2016-8-29 15:33
谢谢sob老师指导，我按您的方法nproc设为2 maxcore 3000，还是出现之前的错误，因为小基组算出来的不符合 ...

也有可能是内存分配上的bug。可以到ORCA官方论坛问问，开发者最清楚。

作者
Author: dingliping1108 时间: 2016-8-29 16:51

sobereva 发表于 2016-8-29 15:47
也有可能是内存分配上的bug。可以到ORCA官方论坛问问，开发者最清楚。

恩恩谢谢sob老师

作者
Author: dingliping1108 时间: 2016-9-3 10:46

sobereva 发表于 2016-8-29 15:47
也有可能是内存分配上的bug。可以到ORCA官方论坛问问，开发者最清楚。

请教sob老师我把这个问题贴到orca官网上去，有人回复说如果用 RIJCOSX加速 /J是正确的助基组，而我是用的/JK 命令是这个! B3LYP RIJCOSX def2-TZVP def2-TZVP/JK TightSCF Opt freq Grid4

/J与/JK基组除了大小还有什么区别吗？我这个是不是只能用/J啊？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-9-3 18:12

dingliping1108 发表于 2016-9-3 10:46
请教sob老师我把这个问题贴到orca官网上去，有人回复说如果用 RIJCOSX加速 /J是正确的助基组，而我是 ...

用/J的时候也能用/JK，后者更大一些，使得RIJ计算的时候数值误差可以比用/J更小。

作者
Author: dingliping1108 时间: 2016-9-4 16:55

sobereva 发表于 2016-9-3 18:12
用/J的时候也能用/JK，后者更大一些，使得RIJ计算的时候数值误差可以比用/J更小。

谢谢sob老师

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