计算化学公社

标题: 如何构建水合蛋白质模型分析水与蛋白质骨架原子间的氢键？ [打印本页]

作者
Author: huhq 时间: 2023-7-17 16:56
标题: 如何构建水合蛋白质模型分析水与蛋白质骨架原子间的氢键？
有文章指出，水分子与蛋白质骨架原子间的氢键作用促进了蛋白质的解折叠过程。我应用VMD将蛋白质放入球状水体以实现溶质化，建模后能量最小化2ns，拉伸蛋白质2ns，计算中发现水分子既不与蛋白质表面原子形成氢键，也不进入蛋白质骨架间隙与骨架原子形成氢键，只是水分子间形成氢键。问题出在哪里？请教各位。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-20 12:54
不可能只有水分子间的氢键，最起码水和侧链带电残基的亲合性是很强的，再仔细检查模拟方式和分析方式

作者
Author: huhq 时间: 2023-7-27 17:11
谢谢sob老师，问题已解决，是VMD显示方式问题。

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