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标题: convert-tpr如何在某一特定帧数重新跑 [打印本页]

作者
Author: Jamie520 时间: 2023-7-17 21:03
标题: convert-tpr如何在某一特定帧数重新跑
如题，gromacs进行MD，跑完100ns后觉得70-100ns的数据不好，想选取70ns为起始点重新跑70-100ns。
使用命令convert-tpr -s md.tpr -extend 30000 -o md2.tpr -time 70000

结果报错Program gmx convert-tpr, VERSION 5.1.4
Source code file: /home/gromacs-5.1.4/src/gromacs/fileio/gmxfio.c, line: 476
Can not open file:
traj.trr

1.请问是命令行使用错误导致的报错吗？还是原始gromacs-5.1.4文件包出现问题了呢？
2.我使用gmx trjconv生成了70ns.gro，又用grompp生成了新的tpr，这可以视为我以70ns为起始点重新跑了30ns的MD吗？后续合并轨迹会不会出现后面30Ns覆盖了之前30ns的情况呢？

请求各位大神解答，万分感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-20 12:59
都提示了没有traj.trr
想从70ns续跑，你要么有那个时刻的cpt文件（通常不会有），要么有记录了坐标+速度信息的trr文件，这样才能延续那个时刻的坐标和速度来续跑（但即便如此也不如靠cpt续跑精确）。你若没设nstvout就别指望了。

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