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标题: 石墨烯片分布在水中的体系，请问如何求沿着石墨烯片法向的氧原子分布函数 [打印本页]

作者
Author: lammps2023 时间: 2023-7-18 15:57
标题: 石墨烯片分布在水中的体系，请问如何求沿着石墨烯片法向的氧原子分布函数
石墨烯片分布在水中的体系，请问如何求沿着石墨烯片法向的氧原子分布函数。查资料的时候只看到了径向分布函数的计算方法，请问法向分布函数如何计算

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-20 13:23
我不用lammps，但可以考虑用VMD等程序把轨迹转换成gromacs的格式，然后用gromacs的gmx density得到特定种类例子沿特定方向的密度变化曲线。
也可以自己写VMD tcl脚本，这种简单的分析十行左右代码就能搞定。北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里详细讲了VMD脚本的编写，gmx density的用法也讲了。

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