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标题: 使用molclus中的isostat归簇后输出的xyz文件中原子位置发生交换 [打印本页]

作者
Author: ionexchangeC 时间: 2023-7-19 01:33
标题: 使用molclus中的isostat归簇后输出的xyz文件中原子位置发生交换
使用molclus对一批分子进行构象搜索，完成后使用isostat归簇，但是观看输出后的xyz发现其中原子位置出现调换（原子的坐标没变，其中一些原子的位置和别的原子发生了交换）。
自己分析了一下可能是由于搜索的结构中，不同结构的原子顺序是不一样的，比如前一个是（C H H O），后一个可能是（C O H H）这种差异，请问有解决方法吗

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-20 12:43
isostat本身不会修改每一帧里的原子顺序
应当确保给molclus用的traj.xyz里每一帧的原子顺序是相同的，这点保证不了的话且不说最后的原子顺序问题，isostat对比结构差异都是错的。xyz文件格式本身要求每一帧的原子数和原子顺序应当是相同的。

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