计算化学公社

标题: 请问怎么在VMD中添加周期性边界条件 [打印本页]

作者
Author: alystone 时间: 2016-8-8 12:31
标题: 请问怎么在VMD中添加周期性边界条件
按照手册和官网的方法，我在vmd中尝试了很多命令为我的体系添加pbc
我的计算中过程是控制了pbc的，但是跑完之后用vmd视图就跑出了水盒子，我想用pbc set命令添加pbc
但是发现官网和手册上写的不清不楚

我尝试了以下方法都不行

pbc set 10 10 10 （官网的方法）
ERROR:pbcsset unknown option:10

pbc set -all 10 10 10
ERROR:pbcsset unknown option:10

pbcset
invalid command name "pbcset"

pbc set {10 10 10}
没反应

pbc set [10 10 10]
invalid command name "10"

我以为是版本的问题我把VMD1.8.7之后的版本都试了都不行求用过的大神随便回复一句我这个情况该怎么办

作者
Author: greatzdk 时间: 2016-8-8 13:06
什么叫添加PBC，表示第一次听说。
1 你要想处理PBC，VMD有处理PBC的工具，可以帮助你取消跑出盒子的情况，处理轨迹，让其视觉上完整。
2 你若是想只是看看，扩展出其他box的三维结构，你可以在VMD菜单栏-》Graphics-》Representations-》Periodic中调节。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-8-8 13:07
pbc set {10 10 10}

作者
Author: alystone 时间: 2016-8-8 13:16

greatzdk 发表于 2016-8-8 13:06
什么叫添加PBC，表示第一次听说。
1 你要想处理PBC，VMD有处理PBC的工具，可以帮助你取消跑出盒子的情况， ...

你好老师我的表达不到位
我的问题是我的分子跑出了盒子的外边，我想在视觉上让他们在一个盒子里。我按照VMD提供的工具，但是没有反应，是不是我的命令输入错了

作者
Author: alystone 时间: 2016-8-8 13:17

sobereva 发表于 2016-8-8 13:07
pbc set {10 10 10}

谢谢sob老师，我按照这种方法来，图像没反应，是不是我要加入其他的命令，才能让他们显示在一个盒子里，而不是跑出来

作者
Author: ruanyang 时间: 2016-8-8 16:04
请试试pbc wrap 命令http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/pbctools/

作者
Author: sobereva 时间: 2016-8-8 22:30

alystone 发表于 2016-8-8 13:17
谢谢sob老师，我按照这种方法来，图像没反应，是不是我要加入其他的命令，才能让他们显示在一个盒子里， ...

这么做只是设定盒子尺寸为10*10*10，然后你用pbc box才会显示出盒子，但是如果之前有原子在这个盒子范围之外的话，依然会看到是在盒子之外。
若你的目的是把没考虑周期性的轨迹转化成考虑了周期性的轨迹，从而使得原子一直盒子里，按6L说的做。

作者
Author: DoubeeTwT 时间: 2019-10-1 15:12

sobereva 发表于 2016-8-8 13:07
pbc set {10 10 10}

pbc set {长宽高角度1 角度2 角度3}
那怎么设置盒子的中心位置或者起点位置能，必须是从（0，0，0）开始吗

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-3 04:25

DoubeeTwT 发表于 2019-10-1 15:12
pbc set {长宽高角度1 角度2 角度3}
那怎么设置盒子的中心位置或者起点位置能，必须是从（0，0，0） ...

是

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