计算化学公社

标题: [开源]ReaxTools反应动力学分析工具[1.9web网页版] [打印本页]

作者
Author: Graphite 时间: 2023-7-20 15:38
标题: [开源]ReaxTools反应动力学分析工具[1.9web网页版]
本帖最后由 Graphite 于 2025-7-1 17:46 编辑

ReaxTools 1.9版本
网页使用：http://cc-portal.xyz/reax_tools/
文档地址：https://github.com/tgraphite/reax_tools
下载地址：https://github.com/tgraphite/reax_tools/releases
如果对你有用，不妨在github上点个star，每一个star有可能都能帮助作者吃顿好的。有问题请直接加群或者我微信，每一个好工具都需要大量用户的支持和反馈，谢谢。

更新说明
1.9web 网页版上线
1.9 支持输出原子转移数、输出关键分子上下游信息子图、更好的屏幕输出
1.8 优化反应图的算法、显示、输出文件
1.7 (源码非release) 输出3-8元环统计、键数量统计
1.6.2 (源码非release) 修复了部分文件格式的bug，过于复杂的体系反应图智能设置输出上限（最频繁的那些），避免过于杂乱。
1.6.1 (源码非release) 输出不同类型键的数量随时间变化（如C-H = 1000，998...），为什么会有人关心这个，我也不知道，但客户要做，那好吧。
1.6 C++标准修改、静态编译以增强兼容性
1.6 识别非标准的lammpstrj
1.5 支持etxyz格式
1.5 可以用--dump参数将每帧输出到lammps data文件中，用ovito检查
1.5 修复CP2K的AIMD轨迹读取问题
1.5 修复了对于一些周期性体系在使用kd-tree搜索时节点跳跃错误、导致只能搜索体系1/2-1/8的重大bug

贡献名单
（论坛）@devilove @chenzhe @MISAKA19020 @svenhhhhh @wk123等多位坛友
（QQ群）JackCaptain 异丙醇铝 mch 十六 no more strawberry等多位群友
以上名单更新可能存在延迟和疏漏，感谢大家的汇报bug和提交需求，如有疏漏清联系我

自动输出结果展示
以下内容全部为结合附带绘图脚本和Graphviz自动输出，没有人工修改
(, 下载次数 Times of downloads: 117)
(, 下载次数 Times of downloads: 113)
(, 下载次数 Times of downloads: 116)
(, 下载次数 Times of downloads: 126)
(, 下载次数 Times of downloads: 120)
(, 下载次数 Times of downloads: 115)
(, 下载次数 Times of downloads: 112)
(, 下载次数 Times of downloads: 121)

旧版本下载次数统计区
1.0版本 200+
0.3版本 380+
0.3以前 200?

作者
Author: wildon 时间: 2023-7-20 19:22
感谢，很有帮助

作者
Author: 1030266769 时间: 2023-7-31 11:41
谢谢大佬

作者
Author: dadaoqiuzhi 时间: 2023-7-31 16:29
本帖最后由 dadaoqiuzhi 于 2023-7-31 16:31 编辑

再推荐一个ReaxFF模拟前后处理和分析的工具箱RMD_Digging，纯matlab代码写的，希望对大家有帮助。C:\Users\DELL\Desktop\1.jpg
上链接：https://github.com/dadaoqiuzhi/RMD_Digging

作者
Author: DK1234 时间: 2023-11-20 11:28
非常感谢！
请教：在使用方法上，将LAMMPS的species.out文件和 reax_species.py文件放在一个文件夹里，然后命令行输入python reax_species.py后，无法启动程序，问题出在什么地方？望指教！

作者
Author: Graphite 时间: 2023-11-21 10:37

DK1234 发表于 2023-11-20 11:28
非常感谢！
请教：在使用方法上，将LAMMPS的species.out文件和 reax_species.py文件放在一个文件夹里，然 ...

是否正确安装了python、正确指定了程序名和输入文件名
尝试python ./reax_species.py species.out

作者
Author: DK1234 时间: 2023-11-21 19:51

Graphite 发表于 2023-11-21 10:37
是否正确安装了python、正确指定了程序名和输入文件名
尝试python ./reax_species.py species.out

已成功运行，非常感谢！

作者
Author: 被科研狠狠摩擦 时间: 2024-3-4 20:48
老师，您好，如何安装和运行chemtrayzer呢？

作者
Author: allergicrosen 时间: 2024-3-6 14:36

DK1234 发表于 2023-11-21 19:51
已成功运行，非常感谢！

File "/我的路径/./reax_species.py", line 331, in <module>
main(sys.argv[1:])
File "/我的路径/./reax_species.py", line 314, in main
rs = reax_species(file, save, order)
^^^^
UnboundLocalError: cannot access local variable 'file' where it is not associated with a value

你好，我按照这个方法提示这样报错了

作者
Author: leon682019 时间: 2024-6-12 18:26
老师，您好，请问最新09版本的reax_tools应该如何运行用g++运行报错没有-f指令

作者
Author: Graphite 时间: 2024-6-13 11:24

leon682019 发表于 2024-6-12 18:26
老师，您好，请问最新09版本的reax_tools应该如何运行用g++运行报错没有-f指令

这个已经编译好了，不用g++

直接reax_tools 选项... 就行了

作者
Author: leon682019 时间: 2024-6-13 13:45

Graphite 发表于 2024-6-13 11:24
这个已经编译好了，不用g++
直接reax_tools 选项... 就行了

谢谢老师您的回答，但貌似还是不行，是因为我的g++或者gcc版本太低的原因吗？我g++和gcc版本都是9.4的C:\Users\zl333yz\Desktop\error.png

作者
Author: Graphite 时间: 2024-6-13 15:45
本帖最后由 Graphite 于 2024-6-13 15:50 编辑

leon682019 发表于 2024-6-13 13:45
谢谢老师您的回答，但貌似还是不行，是因为我的g++或者gcc版本太低的原因吗？我g++和gcc版本都是9.4的

老生常谈的路径指定问题...需要补补linux基础
./reax_tools 选项

至于g++版本问题，考虑到适配性，我已经把C++20的标准库依赖移除并手动实现，理论上应该C++14/17即可，也就是对应g++版本高于7.1既可。

作者
Author: leon682019 时间: 2024-6-13 16:22

Graphite 发表于 2024-6-13 15:45
老生常谈的路径指定问题...需要补补linux基础
./reax_tools 选项

好的谢谢老师确实刚入门linux 还需要学习

作者
Author: Q1ngKl 时间: 2024-6-20 14:42
请问reax_tools是不会输出文件的吗？我用species清洗命令没有发现有文件输出。
而且无法读取路径文件。

作者
Author: Graphite 时间: 2024-6-20 15:40

Q1ngKl 发表于 2024-6-20 14:42
请问reax_tools是不会输出文件的吗？我用species清洗命令没有发现有文件输出。
而且无法读取路径文件。

species清洗命令是-s [species.out文件]
如果你的意思是在用-f [lammpstrj文件]，即使用轨迹直读模式的话，那这个lammpstrj文件的格式可能不对

作者
Author: Panbow 时间: 2024-6-22 23:09
本帖最后由 Panbow 于 2024-6-22 23:52 编辑

allergicrosen 发表于 2024-3-6 14:36
File "/我的路径/./reax_species.py", line 331, in
main(sys.argv[1:])
File "/我的路径/./rea ...

python ./reax_species.py -f species.out

作者
Author: 蛾眉皓齿 时间: 2024-6-25 17:40
用reax_species.py脚本后屏幕显示的init, final, ave 和max是什么物理量呢，是初态终态以及平均和最大分子数吗？

作者
Author: Graphite 时间: 2024-6-26 07:20

蛾眉皓齿发表于 2024-6-25 17:40
用reax_species.py脚本后屏幕显示的init, final, ave 和max是什么物理量呢，是初态终态以及平均和最大分子 ...

是

作者
Author: 竹溪 时间: 2024-7-4 10:29

allergicrosen 发表于 2024-3-6 14:36
File "/我的路径/./reax_species.py", line 331, in
main(sys.argv[1:])
File "/我的路径/./rea ...

请问你的问题解决了吗

作者
Author: MISAKA19020 时间: 2024-7-12 16:01
你好，使用./reax_tools -s ./species.out -me C -mr 1,2,3命令后有显示，formula begin mid end average等信息，但没有找到对应的保存文件，请问这个文件保存在什么地方还是需要额外设置

作者
Author: lammps-rookie 时间: 2024-8-21 10:06
老师您好，在这里reax.py脚本是提取出了H2、H2O等分子的数量，请问一下如果我想提取CO、CO2的数量应该在脚本的哪处位置进行修改呢？

作者
Author: Graphite 时间: 2024-8-22 12:32

lammps-rookie 发表于 2024-8-21 10:06
老师您好，在这里reax.py脚本是提取出了H2、H2O等分子的数量，请问一下如果我想提取CO、CO2的数量应该在脚 ...

不用做什么修改啊，不要带合并选项，直接输出所有数据里面就会有

作者
Author: 澜渊 时间: 2024-8-30 14:49

Graphite 发表于 2023-11-21 10:37
是否正确安装了python、正确指定了程序名和输入文件名
尝试python ./reax_species.py species.out

大佬，在该脚本中如何指定程序名和输入文件名

作者
Author: 澜渊 时间: 2024-8-30 17:59

竹溪发表于 2024-7-4 10:29
请问你的问题解决了吗

请问你的问题解决了吗

作者
Author: svenhhhhh 时间: 2024-9-4 17:42
老师，请问reax_tools清洗产物是没有输出清洗后的结果文件的吗，我只看到屏幕上打印出来了

作者
Author: ddddnight 时间: 2024-9-13 12:53
Frame: 388 Atoms: 10200 Bonds: 0 Mols: 10200
Frame: 389 Atoms: 10200 Bonds: 0 Mols: 10200
Frame: 390 Atoms: 10200 Bonds: 0 Mols: 10200
Frame: 391 Atoms: 10200 Bonds: 0 Mols: 10200
Frame: 392 Atoms: 10200 Bonds: 0 Mols: 10200
Frame: 393 Atoms: 10200 Bonds: 0 Mols: 10200
Frame: 394 Atoms: 10200 Bonds: 0 Mols: 10200
Frame: 395 Atoms: 10200 Bonds: 0 Mols: 10200
Frame: 396 Atoms: 10200 Bonds: 0 Mols: 10200
Frame: 397 Atoms: 10200 Bonds: 0 Mols: 10200
Frame: 398 Atoms: 10200 Bonds: 0 Mols: 10200
Frame: 399 Atoms: 10200 Bonds: 0 Mols: 10200
Frame: 400 Atoms: 10200 Bonds: 0 Mols: 10200
Frame: 401 Atoms: 10200 Bonds: 0 Mols: 10200
Merge 0 formulas into grp_C1-3
Merge 0 formulas into grp_C4-5
Merge 0 formulas into grp_C6-7
Merge 0 formulas into grp_C8-15
Merge 0 formulas into grp_C16-63
Merge 0 formulas into grp_>C64
老师，我用了这个命令，(base) [tg@localhost Analysis]$ ./reax_tools -f dump.lammpstrj -me C -mr 1,4,6,8,16,64 --order C,H
1, 4, 6, 8, 16, 64, 为什么统计不出来不同碳数的个数呢

作者
Author: Graphite 时间: 2024-9-18 19:45

ddddnight 发表于 2024-9-13 12:53
Frame: 388 Atoms: 10200 Bonds: 0 Mols: 10200
Frame: 389 Atoms: 10200 Bonds: 0 Mols: 10200
Frame: 3 ...

lammpstrj没有元素符号定义，只有id=1,2,3,4...。需要使用如-t C,H,O,N...指定的实际元素符号。

作者
Author: ddddnight 时间: 2024-9-18 21:03

Graphite 发表于 2024-9-18 19:45
lammpstrj没有元素符号定义，只有id=1,2,3,4...。需要使用如-t C,H,O,N...指定的实际元素符号。

懂了！太感谢老师您的回答了！

作者
Author: MISAKA19020 时间: 2024-9-19 22:11
请问reax_tools运行后看到屏幕上打印出来了，但没有找到保存在哪儿是什么原因

作者
Author: Graphite 时间: 2024-9-23 10:33

MISAKA19020 发表于 2024-9-19 22:11
请问reax_tools运行后看到屏幕上打印出来了，但没有找到保存在哪儿是什么原因

在有些系统上有文件读写bug，国庆后和下个版本一并修复更新

作者
Author: Graphite 时间: 2024-9-25 03:25

MISAKA19020 发表于 2024-7-12 16:01
你好，使用./reax_tools -s ./species.out -me C -mr 1,2,3命令后有显示，formula begin ...

已修复

作者
Author: Graphite 时间: 2024-9-25 03:26

MISAKA19020 发表于 2024-9-19 22:11
请问reax_tools运行后看到屏幕上打印出来了，但没有找到保存在哪儿是什么原因

已修复

作者
Author: Graphite 时间: 2024-9-25 03:26

svenhhhhh 发表于 2024-9-4 17:42
老师，请问reax_tools清洗产物是没有输出清洗后的结果文件的吗，我只看到屏幕上打印出来了

已修复

作者
Author: lindlar 时间: 2024-10-20 19:56
本帖最后由 lindlar 于 2024-10-20 19:59 编辑

出现这个问题是什么情况？运行./reax_tools -s lammps reaction.species.out出错，但是运行./reax_tools -f reaction.lammpstrj，又可生成reaction.csv文件
Usage:
      -f .xyz/.lammpstrj file -> [TRAJ MODE] determine molecules by van der Waals radius
      -s lammps reaxff/species file (spieces.out) -> [SPECIES MODE] determine species by file input

      [TRAJ MODE SETTINGS]
      -r raidus scaling factor (default 1.2)
      -t type names, split in comma, e.g. C,H,O,N,S,F

      [SPECIES MODE SETTINGS]
      -me merge molecules into groups by element number (default C), i.e. mols have 1~4 Carbons -> group_C1-C4
      -mr merge range for the process above, split in comma (default: 1,4,8,16)
      -rc rescale group weight by selected atom number, not mol number, i.e. C2H4 -> weight 2, C4H8 -> weight 4 (default: no)
      --order output formulas in correct element order, split in comma (default: C,H,O,N,S,F,P)
terminate called after throwing an instance of 'std::runtime_error'
  what():  Invalid options / parameters.
Aborted (core dumped)

作者
Author: Graphite 时间: 2024-10-21 15:04

lindlar 发表于 2024-10-20 19:56
出现这个问题是什么情况？运行./reax_tools -s lammps reaction.species.out出错，但是运行./reax_tools -f ...

指-s "lammps reaxff/species file"
也就是说要输入的是-s reaction.species.out

提示了是Invalid options / parameters，输入选项/参数的问题。

作者
Author: lindlar 时间: 2024-10-23 21:48

Graphite 发表于 2024-10-21 15:04
指-s "lammps reaxff/species file"
也就是说要输入的是-s reaction.species.out

谢谢，问题已经解决

作者
Author: shen259 时间: 2024-10-27 19:25

allergicrosen 发表于 2024-3-6 14:36
File "/我的路径/./reax_species.py", line 331, in
main(sys.argv[1:])
File "/我的路径/./rea ...

我也是，请问你最后怎么解决的呢

作者
Author: Renhc 时间: 2024-12-15 11:37
本帖最后由 Renhc 于 2024-12-15 11:42 编辑

直接下载运行后总是报错，请问是否方便分享一下代码，自己编译一下

作者
Author: Graphite 时间: 2024-12-15 12:34
本帖最后由 Graphite 于 2024-12-15 12:38 编辑

Renhc 发表于 2024-12-15 11:37
直接下载运行后总是报错，请问是否方便分享一下代码，自己编译一下

c和c++标准库版本太老，跟编译没关系，因为源码本身用了C++17（还是20？我忘了）以后的特性

作者
Author: liyang123 时间: 2025-3-17 16:32

allergicrosen 发表于 2024-3-6 14:36
File "/我的路径/./reax_species.py", line 331, in
main(sys.argv[1:])
File "/我的路径/./rea ...

同学你的问题有没有解决呢？我也是一样的问题

作者
Author: wk123 时间: 2025-3-17 19:31
你好，请问为什么在wsl的Ubuntu上跑reax_tools文件得不出来数据表格，只能在面板上显示。但是我跑比较小的坐标文件时可以得到表格文件。./reax_tools -f pyrolysis2.lammpstrj -t C,H,N,O,S -me C -mr 1,5,14,41
比较大的文件跑出来最后不显示save file pyrolysis2.csv successfully，但是我跑8000帧的时候显示成功

作者
Author: Graphite 时间: 2025-3-18 02:55
本帖最后由 Graphite 于 2025-3-18 02:58 编辑

wk123 发表于 2025-3-17 19:31
你好，请问为什么在wsl的Ubuntu上跑reax_tools文件得不出来数据表格，只能在面板上显示。但是我跑比较小的 ...

不知道，我测试几个G的轨迹是没问题。有可能和硬盘读写有关，这个我没优化过，用的最普通的读写函数。要不然先分片再一个个跑？

作者
Author: wk123 时间: 2025-3-18 19:05

Graphite 发表于 2025-3-18 02:55
不知道，我测试几个G的轨迹是没问题。有可能和硬盘读写有关，这个我没优化过，用的最普通的读写函数。要 ...

好的，谢谢

作者
Author: wk123 时间: 2025-3-21 10:34

Graphite 发表于 2025-3-18 02:55
不知道，我测试几个G的轨迹是没问题。有可能和硬盘读写有关，这个我没优化过，用的最普通的读写函数。要 ...

您好，就是我想问一下咋样将跑出来的轨迹文件分片再进行reax_tools解析？

作者
Author: Graphite 时间: 2025-3-21 12:57

wk123 发表于 2025-3-21 10:34
您好，就是我想问一下咋样将跑出来的轨迹文件分片再进行reax_tools解析？

lammpstrj和几乎所有轨迹文件格式都是固定的，写个脚本切一下就行了，不行弄个小文件给cursor+claude 3.7帮你写

作者
Author: Graphite 时间: 2025-3-29 18:21
恢复更新顶顶

作者
Author: wildon 时间: 2025-3-31 18:53
点赞，已加星，之前也想借助cursor进行后处理可视化界面的开发，但懒。

作者
Author: devilove 时间: 2025-3-31 23:08
真心感谢您的分享，不知是否支持周期性体系的处理呢

作者
Author: Graphite 时间: 2025-4-1 10:52

devilove 发表于 2025-3-31 23:08
真心感谢您的分享，不知是否支持周期性体系的处理呢

谢谢，已加入开发计划。

暂时的解决方案：先用OVITO->cluster analysis（条件宽松点，必要的话先大致create bonds）->unwrap by cluster，保存轨迹时不包括键，这样得到消除破碎边界问题的轨迹，再用reax_tools。

也可以自己改一下molecules.cpp和kdtree.cpp的源码，使距离计算的方式改为取了lx/ly/lz余数后的距离，然后pull request，我合并到主分支。

不急的话我会在下次更新中加入这个功能。

作者
Author: Graphite 时间: 2025-4-1 11:19
本帖最后由 Graphite 于 2025-4-1 11:26 编辑

devilove 发表于 2025-3-31 23:08
真心感谢您的分享，不知是否支持周期性体系的处理呢

已经推送此功能到github上，如果lammpstrj有pbc信息会自动处理，xyz文件的我还得看看其他软件文件是怎么写的，或者手动输入？（不过手动输入对于NPT就不好弄了）。请下载1.2版本。

作者
Author: chenzhe 时间: 2025-4-1 14:37

Graphite 发表于 2025-4-1 11:19
已经推送此功能到github上，如果lammpstrj有pbc信息会自动处理，xyz文件的我还得看看其他软件文件是怎么 ...

etxyz就带有盒子信息，第二行写入的。可以去读取Lattice信息

作者
Author: devilove 时间: 2025-4-2 14:41

Graphite 发表于 2025-4-1 11:19
已经推送此功能到github上，如果lammpstrj有pbc信息会自动处理，xyz文件的我还得看看其他软件文件是怎么 ...

这开发效率太高了，谢谢您，会去支持您的github

作者
Author: Graphite 时间: 2025-4-8 18:32
更新多线程版本。

作者
Author: chenzhe 时间: 2025-4-8 19:46

Graphite 发表于 2025-4-8 18:32
更新多线程版本。

etxyz的周期格式会考虑嘛，其实就是xyz文件的第二行加入盒子信息（Lattice="晶格参数"），其余就和xyz文件一样

作者
Author: Graphite 时间: 2025-4-8 20:53
本帖最后由 Graphite 于 2025-4-8 21:10 编辑

chenzhe 发表于 2025-4-8 19:46
etxyz的周期格式会考虑嘛，其实就是xyz文件的第二行加入盒子信息（Lattice="晶格参数"），其余就和xyz文 ...

计划是2.0之前，1.5-1.9几个小版本内支持更多格式。2.0大版本计划是自带一个计算单点能的模块（基于机器学习势或者干脆自己能rerun ReaxFF），更加精确的建立分子拓扑。3.0之后计划把小分子的能量最小化、NVE系综的MD积分器搓进来，作为一键低成本的构象生成器，给量化拉构象、蛋白质预优化、化学信息学用。（画饼，不过反正也不是太难，就看我下半年有没有时间）

主要是下班时间在弄，这几天肝的有点累，容我躺几天。

示例够的话很快，xyz里面lattice=""我肯定在什么软件的输出中见过（OVITO？），可以发些示例吗，有个5-10帧就行。

作者
Author: chenzhe 时间: 2025-4-9 08:23

Graphite 发表于 2025-4-8 20:53
计划是2.0之前，1.5-1.9几个小版本内支持更多格式。2.0大版本计划是自带一个计算单点能的模块（基于机器 ...

ovito导出的就是。我发个文件

作者
Author: chenzhe 时间: 2025-4-9 08:28
本帖最后由 chenzhe 于 2025-4-9 08:30 编辑

Graphite 发表于 2025-4-8 20:53
计划是2.0之前，1.5-1.9几个小版本内支持更多格式。2.0大版本计划是自带一个计算单点能的模块（基于机器 ...

就类似于这样。第二行可以写入各种信息，作为轨迹的分析，只要Lattice=信息就行，其他不读。另外这种xyz文件允许原子种类和数量变动（当然MD轨迹原子肯定是一样的）

作者
Author: 取什么名字 时间: 2025-4-9 17:28
请问老师只能基于linux运行吗，Windows要怎么使用呢

作者
Author: Graphite 时间: 2025-4-9 19:14

取什么名字发表于 2025-4-9 17:28
请问老师只能基于linux运行吗，Windows要怎么使用呢

源码自己在windows下用Visual studio编译，cmd里面用法一样的。

急的话开个WSL2就是，我就是WSL2作为开发和运行环境的。

作者
Author: 取什么名字 时间: 2025-4-10 09:41

Graphite 发表于 2025-4-9 19:14
源码自己在windows下用Visual studio编译，cmd里面用法一样的。

急的话开个WSL2就是，我就是WSL2作为 ...

好的，谢谢老师

作者
Author: zxs1127 时间: 2025-4-10 10:02
请问范德华半径及轨迹判断，和键级文件判断，有什么区别么，哪种更为准确呢？

作者
Author: 取什么名字 时间: 2025-4-10 14:12
本帖最后由取什么名字于 2025-4-10 15:56 编辑

请问老师这个报错是为什么呢

————————————————————————————
已解决，使用release配置后不再报错。请问老师能实现对不同的原子设置不同的范德瓦尔斯半径吗，比如Fe设置1.94，O设置1.52，H设置0.62

作者
Author: Graphite 时间: 2025-4-10 16:00
本帖最后由 Graphite 于 2025-4-10 16:02 编辑

取什么名字发表于 2025-4-10 14:12
请问老师这个报错是为什么呢

你是不是刚好卡在我刚才修bug反复提交的时间点了，刚修了一些体系bug

那个从命令行输入太麻烦了，暂时是写在defines.cpp里default_atomic_radius中的，如果有需要可能后面可以支持从自定义文件导入

可以加--dump参数每帧输出一个data文件用ovito查看调试，得到你想要的结果（会每帧输出，所以测试时最好先切成比如5帧测试）

作者
Author: Graphite 时间: 2025-4-10 16:09

zxs1127 发表于 2025-4-10 10:02
请问范德华半径及轨迹判断，和键级文件判断，有什么区别么，哪种更为准确呢？

当然是基于键级或者受力之类的理论上更准确，不过对大部分体系其实调vdW半径已经足够。毕竟如果不是特别特殊的情况，算键级最后也接近是一个距离数值判断。

作者
Author: zxs1127 时间: 2025-4-10 16:56

Graphite 发表于 2025-4-10 16:09
当然是基于键级或者受力之类的理论上更准确，不过对大部分体系其实调vdW半径已经足够。毕竟如果不是特别 ...

收到，谢谢大佬回复，希望以后能出一个能够查看具体结构式的功能。

作者
Author: Graphite 时间: 2025-4-10 17:16
本帖最后由 Graphite 于 2025-4-10 17:23 编辑

zxs1127 发表于 2025-4-10 16:56
收到，谢谢大佬回复，希望以后能出一个能够查看具体结构式的功能。

以前有的给我关掉了，主要是单双键的判断问题，之前用的基于距离和化合价匹配效果不好。

像高斯、chemcraft这类建模软件搞出单双键容易，因为都是常规静态结构，基于经验规则没事，实在不行自己手动改一下也不费事。

但是弄到反应体系中，很多时候是非常大量的原子、一些比较古怪的结构，特别是很多做燃烧、高压之类的体系，精确识别起来比较困难。经常会出现苯识别成环己烷之类的。

包括其他反应动力学后处理的包也有相似的问题，我是打算在2.0版本引入机器学习势之后再重新引入。

作者
Author: 取什么名字 时间: 2025-4-10 17:26
本帖最后由取什么名字于 2025-4-10 17:45 编辑

Graphite 发表于 2025-4-10 16:00
你是不是刚好卡在我刚才修bug反复提交的时间点了，刚修了一些体系bug

那个从命令行输入太麻烦了， ...

好的，谢谢老师。意思就是说目前还不支持通过命令行自定义每种原子的范德瓦尔斯半径对吗，我是看ovito在处理lammpstrj文件的时候可以自定义这个选项~
另外我的体系中包含Fe,O,H三种原子，但是无论怎么设置半径输出的结果都只有Fe，似乎是把其他原子也识别成Fe了？我已经按照命令设置了-t Fe,O,H了

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不好意思刚看到老师的更新，我先试试1.5行不行

作者
Author: 取什么名字 时间: 2025-4-10 18:21
老师好，在更改了defines.cpp里的vdw半径后再次尝试，命令为reax_tools.exe -f dump.lammpstrj -t Fe,O,H --dump --order Fe,O,H。
图1是lammpstrj文件第一帧的样子，图2是输出的dump文件第一帧，发现所有的原子还是被识别成了Fe，请问这是我哪里的设置出了问题吗

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抱歉图的顺序反了

作者
Author: Graphite 时间: 2025-4-10 18:27
本帖最后由 Graphite 于 2025-4-10 19:07 编辑

取什么名字发表于 2025-4-10 18:21
老师好，在更改了defines.cpp里的vdw半径后再次尝试，命令为reax_tools.exe -f dump.lammpstrj -t Fe,O,H - ...

全缩到一起应该是你输出的lammpstrj用的是相对坐标，我已经更新了这个支持，都是Fe的话请检查文件里的type （默认读取轨迹是按这样：atom_id type x y z)，或者OVITO做成xyz（extended）试试？

方便的话源文件贴一下

作者
Author: 取什么名字 时间: 2025-4-10 20:32
本帖最后由取什么名字于 2025-4-10 21:19 编辑

Graphite 发表于 2025-4-10 18:27
全缩到一起应该是你输出的lammpstrj用的是相对坐标，我已经更新了这个支持，都是Fe的话请检查文件里的typ ...

检查了一下的确是lammpstrj的输出格式出了问题，id和type中间夹了个mol，源文件刚好大小超出了限制，耽误老师时间了，再次感谢

！
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刚想到可以保留了前面几帧上传一部分源文件，麻烦老师看一下，谢谢！

作者
Author: Graphite 时间: 2025-4-10 22:02

取什么名字发表于 2025-4-10 20:32
检查了一下的确是lammpstrj的输出格式出了问题，id和type中间夹了个mol，源文件刚好大小超出了限制，耽误 ...

嗯嗯，我试了下对了，不过这文件9帧坐标一样的？没开积分器吗
确实之前没想到，我习惯只输出这些，盲区了，谢谢提供意见
之后版本我改一下根据标签匹配行号，以及说明写的更详细些

作者
Author: 取什么名字 时间: 2025-4-11 00:34

Graphite 发表于 2025-4-10 22:02
嗯嗯，我试了下对了，不过这文件9帧坐标一样的？没开积分器吗
确实之前没想到，我习惯只输出这些，盲区 ...

是不一样的坐标，老师方便的话用ovito或者记事本打开看一看动画和坐标内容都是不一样的，非常感谢老师解惑，期待更加快捷好用的作品！

作者
Author: Yry 时间: 2025-4-11 16:47
刚开始学习，不知道怎么安装使用reax_tools，有老师可以指导一下吗

作者
Author: Yry 时间: 2025-4-11 16:49

leon682019 发表于 2024-6-13 16:22
好的谢谢老师确实刚入门linux 还需要学习

有解决吗？

作者
Author: Graphite 时间: 2025-4-11 17:16

Yry 发表于 2025-4-11 16:47
刚开始学习，不知道怎么安装使用reax_tools，有老师可以指导一下吗

你不如直接加我微信...

作者
Author: Yry 时间: 2025-4-11 18:03

Graphite 发表于 2025-4-11 17:16
你不如直接加我微信...

谢谢老师

作者
Author: zhang_ 时间: 2025-4-14 12:31
老师，可以请教下reax_species.py的命令怎么写吗

作者
Author: Graphite 时间: 2025-4-14 13:40

zhang_ 发表于 2025-4-14 12:31
老师，可以请教下reax_species.py的命令怎么写吗

直接用1.6版本reax_tools啊，非要用0.3版本的reax_speices.py，源码里面也有提示，或者-h输出提示

作者
Author: zhang_ 时间: 2025-4-14 15:51
谢谢，老师

作者
Author: zxs1127 时间: 2025-5-6 08:52

Graphite 发表于 2025-4-10 17:16
以前有的给我关掉了，主要是单双键的判断问题，之前用的基于距离和化合价匹配效果不好。

像高斯、chem ...

这个在其他结构软件也遇到过，确实不太好判断，有的时候软件识别是错误的。

作者
Author: ddddnight 时间: 2025-6-15 18:19
大佬，是不是xyz文件不行呀，只能用.lammpsstrj文件

作者
Author: ddddnight 时间: 2025-6-15 22:50
老师，您好。请问我用最新的1.85版本，用的命令是reax_tools -f xxxx -t O,H如图所示，但是运行了七八个小时还是卡在这里是什么原因呢
lammpsstrj文件上传至网盘。通过网盘分享的文件：dump.7z
链接: https://pan.baidu.com/s/1l4VZnHozMMNmTugCeebYNg?pwd=2r2w 提取码: 2r2w
--来自百度网盘超级会员v6的分享

作者
Author: Graphite 时间: 2025-6-16 20:51
本帖最后由 Graphite 于 2025-6-16 21:08 编辑

ddddnight 发表于 2025-6-15 22:50
老师，您好。请问我用最新的1.85版本，用的命令是reax_tools -f xxxx -t O,H如图所示，但是运行了七八个小 ...

运行时间是分钟级的，正常情况下是每分钟至少100MB的速度，不知道你什么环境
图1没成键一般要么原子类型标注问题要么格式奇怪，图2显示是输入参数问题
有问题可以群里问，软件usage和github上群号都写了

作者
Author: uranusshi 时间: 2025-6-17 00:38
老师，标准的lammps.trj文件格式是什么啊，我的输出轨迹文件是这样的，运行以后也没有报错，但就是不出csv文件。用ovito转了一下xyz文件和dump文件都没有用

作者
Author: Graphite 时间: 2025-6-17 16:56

uranusshi 发表于 2025-6-17 00:38
老师，标准的lammps.trj文件格式是什么啊，我的输出轨迹文件是这样的，运行以后也没有报错，但就是不出csv ...

id type x y z，OVITO转xyz的话，出来的xyz(extended)格式差不多像这样：

2640
Lattice="....", ....
C 0.0 0.0 0.0
....
2640
Lattice="....", ....
C 1.0 0.0 0.0
....

作者
Author: uranusshi 时间: 2025-6-17 23:26

Graphite 发表于 2025-6-17 16:56
id type x y z，OVITO转xyz的话，出来的xyz(extended)格式差不多像这样：

2640

感谢，轨迹文件改了个名字就好了，我原来用的是xxx.dump

作者
Author: uranusshi 时间: 2025-6-17 23:50
老师，再问下species_count.csv，bond_count.csv，ring_count.csv这三个文件如何生成？

作者
Author: Graphite 时间: 2025-6-18 11:33

uranusshi 发表于 2025-6-17 23:50
老师，再问下species_count.csv，bond_count.csv，ring_count.csv这三个文件如何生成？

如果文件轨迹格式正确、输入正确的话这些都是自动的

作者
Author: ddddnight 时间: 2025-6-18 17:03

Graphite 发表于 2025-6-16 20:51
运行时间是分钟级的，正常情况下是每分钟至少100MB的速度，不知道你什么环境
图1没成键一般要么原子类型 ...

好的好的，感谢老师

作者
Author: Graphite 时间: 2025-6-20 17:10
1.9web 重要更新

作者
Author: Panbow 时间: 2025-7-16 21:39

Graphite 发表于 2025-6-20 17:10
1.9web 重要更新

网页版打不开呢，老师显示无法访问此页面，挂梯子也打不开

作者
Author: Graphite 时间: 2025-7-17 01:40

Panbow 发表于 2025-7-16 21:39
网页版打不开呢，老师显示无法访问此页面，挂梯子也打不开

(, 下载次数 Times of downloads: 0)
服务器状态好的很

作者
Author: kidult 时间: 2025-7-29 19:20
很有帮助！感谢大佬

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