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标题: 关于模拟无机溶液分子移动距离小的问题 [打印本页]

作者
Author: Angelle 时间: 2023-7-20 16:57
标题: 关于模拟无机溶液分子移动距离小的问题
本帖最后由 Angelle 于 2023-7-21 21:17 编辑

我建立的盒子里面放入了硫酸根离子和五价钒离子（以VO2，带一个正电荷的形式存在）利用opls-aa力场，根据参考文献在力场文件中添加钒的相关力场参数。
具体模拟流程为：跑完能量最小化之后，进行npt，再进行nvt
发现nvt过程中，硫酸根离子以及钒离子的移动距离极小，几乎只在初始位置附近震动，请问这是什么原因呢，nvt设置如下：
define =
integrator = md
dt       = 0.001 ; ps 步长
nsteps    = 2000000 ; 1ns 步数
comm-grps  = system
energygrps =
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog  = 1000
nstenergy = 1000
nstxout-compressed = 1000
compressed-x-grps  = system
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME
rcoulomb    = 1.2
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 1.2
DispCorr    = EnerPres
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t = 0.2
tc_grps = system
ref_t = 298.15

;
gen_vel  = no
gen_temp = 298.15
gen_seed = -1
;
freezegrps  =
freezedim =
constraints = hbonds

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-20 19:10
没完整拓扑文件没法说
搞清楚是不是加了位置限制势导致

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