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标题: Gaussian16用NBO6.0计算NCS时报错 [打印本页]
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Author: shenzp    时间: 2023-7-20 23:34
标题: Gaussian16用NBO6.0计算NCS时报错
本帖最后由 shenzp 于 2023-7-20 23:38 编辑

各位老师好，我按照NBO软件包里README及的方法编译了NBO6.0后，用gaussian16能成功地调用NBO6对一些较小的分子做NCS。但是在用同样的方法算一个较大的分子（88个原子，1736个基函数）时，出现如下报错。

  1. NAtoms=    89 NBasis=  1736 NBsUse=  1736 ICharg=     0 Multip=     1 NE=   376 Len12L=8 Len4L=8 IOpCl= 0 ICGU=111
  2. SHELL TO ATOM MAP                   NI= 1 NR= 0 NTot=     696 LenBuf= 4000 NRI=1 N=     696
  3. SHELL TYPES                         NI= 1 NR= 0 NTot=     696 LenBuf= 4000 NRI=1 N=     696
  4. NUMBER OF PRIMITIVES PER SHELL      NI= 1 NR= 0 NTot=     696 LenBuf= 4000 NRI=1 N=     696
  5. PRIMITIVE EXPONENTS                 NI= 0 NR= 1 NTot=    1240 LenBuf= 4000 NRI=1 N=    1240
  6. CONTRACTION COEFFICIENTS            NI= 0 NR= 1 NTot=    1240 LenBuf= 4000 NRI=1 N=    1240
  7. P(S=P) CONTRACTION COEFFICIENTS     NI= 0 NR= 1 NTot=    1240 LenBuf= 4000 NRI=1 N=    1240
  8. COORDINATES OF EACH SHELL           NI= 0 NR= 1 NTot=    2088 LenBuf= 4000 NRI=1 N=    2088
  9. BONDS PER ATOM                      NI= 1 NR= 0 NTot=      89 LenBuf= 4000 NRI=1 N=      89
  10. BONDED ATOMS                        NI= 1 NR= 0 NTot=     272 LenBuf= 4000 NRI=1 N=     272
  11. BOND TYPES                          NI= 0 NR= 1 NTot=     272 LenBuf= 4000 NRI=1 N=     272
  12. GAUSSIAN SCALARS                    NI= 1 NR= 1 NTot=       9 LenBuf= 2000 NRI=1 N=    1000
  13. INTEGER ISO                         NI= 1 NR= 0 NTot=      89 LenBuf= 4000 NRI=1 N=      89
  14. INTEGER SPIN                        NI= 1 NR= 0 NTot=      89 LenBuf= 4000 NRI=1 N=      89
  15. REAL ZEFFECTIVE                     NI= 0 NR= 1 NTot=      89 LenBuf= 4000 NRI=1 N=      89
  16. REAL GFACTOR                        NI= 0 NR= 1 NTot=      89 LenBuf= 4000 NRI=1 N=      89
  17. REAL ZNUCLEAR                       NI= 0 NR= 1 NTot=      89 LenBuf= 4000 NRI=1 N=      89
  18. NUCLEAR GRADIENT                    NI= 0 NR= 1 NTot=     267 LenBuf= 4000 NRI=1 N=       3      89
  19. Store file  10584 Len=     267.
  20. ELECTRIC DIPOLE MOMENT              NI= 0 NR= 1 NTot=       3 LenBuf= 4000 NRI=1 N=       3
  21. OVERLAP                             NI= 0 NR= 1 NTot= 1507716 LenBuf= 4000 NRI=1 N=   -1736    1736
  22. CORE HAMILTONIAN ALPHA              NI= 0 NR= 1 NTot= 1507716 LenBuf= 4000 NRI=1 N=   -1736    1736
  23. CORE HAMILTONIAN BETA               NI= 0 NR= 1 NTot= 1507716 LenBuf= 4000 NRI=1 N=   -1736    1736
  24. KINETIC ENERGY                      NI= 0 NR= 1 NTot= 1507716 LenBuf= 4000 NRI=1 N=   -1736    1736
  25. ORTHOGONAL BASIS                    NI= 0 NR= 1 NTot= 3013696 LenBuf= 4000 NRI=1 N=    1736    1736
  26. DIPOLE INTEGRALS                    NI= 0 NR= 1 NTot= 4523148 LenBuf= 4000 NRI=1 N=   -1736    1736       3
  27. DIP VEL INTEGRALS                   NI= 0 NR= 1 NTot= 4523148 LenBuf= 4000 NRI=1 N=   -1736    1736       3
  28. R X DEL INTEGRALS                   NI= 0 NR= 1 NTot= 4523148 LenBuf= 4000 NRI=1 N=   -1736    1736       3
  29. ALPHA ORBITAL ENERGIES              NI= 0 NR= 1 NTot=    1736 LenBuf= 4000 NRI=1 N=    1736
  30. ALPHA MO COEFFICIENTS               NI= 0 NR= 1 NTot= 3013696 LenBuf= 4000 NRI=1 N=    1736    1736
  31. Store file  10524 Len= 3013696.
  32. ALPHA DENSITY MATRIX                NI= 0 NR= 1 NTot= 1507716 LenBuf= 4000 NRI=1 N=   -1736    1736
  33. Store file  10528 Len= 1507716.
  34. ALPHA SCF DENSITY MATRIX            NI= 0 NR= 1 NTot= 1507716 LenBuf= 4000 NRI=1 N=   -1736    1736
  35. ALPHA FOCK MATRIX                   NI= 0 NR= 1 NTot= 1507716 LenBuf= 4000 NRI=1 N=   -1736    1736
  36. Store file  10536 Len= 1507716.
  37. ALPHA DENSITY DERIVATIVES           NI= 0 NR= 1 NTot= 4523148 LenBuf= 4000 NRI=1 N=   -1736    1736       3
  38. ALPHA MO DERIVATIVES                NI= 0 NR= 1 NTot=  979104 LenBuf= 4000 NRI=1 N=    1736     188       3
  39. GIAO D2H/DBDM                       NI= 0 NR= 1 NTot=******** LenBuf= 4000 NRI=1 N=   -1736    1736       3       3      89
  40. GIAO L/R3                           NI= 0 NR= 1 NTot=******** LenBuf= 4000 NRI=1 N=   -1736    1736       3      89
  41. INTEGER PARAMETERS                  NI= 2 NR= 0 NTot=       1 LenBuf=    1 NRI=1 N=       1
  42. REAL PARAMETERS                     NI= 1 NR= 1 NTot=       2 LenBuf=    2 NRI=1 N=      40
  43. External program failed.
复制代码


输入文件如下：
  1. %chk=nmr.chk
  2. #p b3lyp def2tzvp nmr guess=read pop=(nbo6read)

  4. {unknown}

  6. 0 1
  7. {GEOMETRY}
  8. ……

  10. $NBO NCS=0.0 <MO> $END
复制代码


我也尝试过把nbo6/src/nbo/include中的maxshl.fh, maxexp.fh, and maxmem.fh调大，但仍然会报错。请问该如何解决？
作者
Author: sobereva    时间: 2023-7-21 00:08
NBO 7.0可以尝试一下，虽然也未必能解决。也可以尝试减小基组。

如果只是获得各个MO的贡献，用下文的做法也可以
基于Gaussian的NMR=CSGT任务得到各个轨道对NICS贡献的方法
http://sobereva.com/670（http://bbs.keinsci.com/thread-37729-1-1.html）

作者
Author: shenzp    时间: 2023-7-21 16:27
sobereva 发表于 2023-7-21 00:08
NBO 7.0可以尝试一下，虽然也未必能解决。也可以尝试减小基组。

如果只是获得各个MO的贡献，用下文的做 ...

谢谢社长的解答！组里好像只有NBO6。基组减到3-21G都还有同样的报错。不知道是不是NBO6本身的bug？
按http://sobereva.com/670的方法确实可以，就是CSGT的值与GIAO不能完全对应。耗时也偏高，不过可以接受
作者
Author: sobereva    时间: 2023-7-21 21:15
shenzp 发表于 2023-7-21 16:27
谢谢社长的解答！组里好像只有NBO6。基组减到3-21G都还有同样的报错。不知道是不是NBO6本身的bug？
按ht ...

最好咨询开发者。要么买个7.0试试

根据我算环状体系的经验，用def2-TZVP档次基组时，CSGT和GIAO的结果相差极小。只报道CSGT的结果也完全可以
作者
Author: shenzp    时间: 2023-7-22 00:05
本帖最后由 shenzp 于 2023-7-22 00:16 编辑
sobereva 发表于 2023-7-21 21:15
最好咨询开发者。要么买个7.0试试

根据我算环状体系的经验，用def2-TZVP档次基组时，CSGT和GIAO的结果 ...

我算的是可能有立方芳香性的体系。用Be8F8（PBE0-D3(BJ)/def2-TZVP优化出的极小点结构为Td点群）试了一下，发现B3LYP/def2-TZVP级别下GIAO的NICS(0)是-18.12，而CSGT的是-16.55，感觉好像相差有点大。而且对于感兴趣的对芳香性贡献较大的4个MO（类似于S、P原子轨道的MO）贡献之和，发现GIAO结果是-3.17，CSGT结果是-9.18，相差更大。不过由于这4个MO含Br的成分较高，而AdNDP搜索出的4个4c-2e键全部是由Be贡献的（类似于甲烷的sp3杂化轨道），理论上芳香性的主要贡献是这4个AdNDP轨道，所以不同方法分解出的MO贡献相差很大是不是就是因为这4个MO不够“纯”，导致不能严格算是http://sobereva.com/670中所述的“每类轨道贡献的总和差异通常很小”？但是NICS好像没法分解为AdNDP轨道的贡献，若用gaussian自带的NBO3对NLMO分解则会出现“Highest occupied NBOs are not at the beginning of the NBO list; The NLMO program is not currently set up to handle this.”的报错，那该如何讨论某些轨道对芳香性的贡献呢？



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