计算化学公社

标题: 多人用同一台服务器VASP的安装 [打印本页]

作者
Author: dali 时间: 2023-7-24 12:09
标题: 多人用同一台服务器VASP的安装
请问大家几个人同时使用同一台服务器做VASP计算，每个人都有一个linux普通用户，可以在root用户下在/opt/目录下只编译一个VASP大家一起用吗?如果2个普通用户同时调用/opt/下的VASP做计算会不会有冲突？

作者
Author: biogon 时间: 2023-7-24 14:52
不会冲突，可以这么用

作者
Author: thor 时间: 2023-7-24 14:52
很明显可以，没有任何冲突

作者
Author: wypkdhd 时间: 2023-7-24 15:02
不会，唯一问题就是多人使用一台服务器，且服务器有超线程的话，先提任务和后提任务在cpu眼里的优先级不一定一样。

作者
Author: dali 时间: 2023-7-24 16:03

biogon 发表于 2023-7-24 14:52
不会冲突，可以这么用

感谢大家的回复，还有2个问题请教大家：
（1）我是否可以在/etc/profile.d中建一个VASP.sh，一同设置所有用户的环境变量，例如下2项：
source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
export PATH=$PATH:/opt/vasp641/vasp.6.4.1/bin
这2项是不是就足够在普通用户下运行VASP了？不需要在每个用户下的bashrc再设置了？
（2）这样做是否需要root下用groupadd命令创建一个VASP用户组，每个用户加入组后才可以执行计算？

作者
Author: dali 时间: 2023-7-24 16:04

wypkdhd 发表于 2023-7-24 15:02
不会，唯一问题就是多人使用一台服务器，且服务器有超线程的话，先提任务和后提任务在cpu眼里的优先级不一 ...

感谢回复，请教以上2个问题是否可以？

作者
Author: dali 时间: 2023-7-24 16:04

thor 发表于 2023-7-24 14:52
很明显可以，没有任何冲突

感谢回答！

作者
Author: 万里云 时间: 2023-7-24 16:20
(1) 可以。更好的办法是用Environment Modules。
(2) 对于懂Linux的人，只要他知道vasp装在哪里，就拦不住他了。因此最好还是装一个SLURM任务调度系统。

多人公用的服务器，就是课题组撕裂者。读博时隔壁组就是把一台服务器都分给好几个人用，每个人分几个核。大家都是平等的，没有主用户。看上去很美好，结果为了抢资源，用root权限杀别人任务的有，用脚本蹲点的也有，搞得组内关系非常紧张。

作者
Author: wypkdhd 时间: 2023-7-24 17:56

dali 发表于 2023-7-24 16:04
感谢回复，请教以上2个问题是否可以？

如果服务器就在你身边，或者服务器不多，且能完全把控用服务器的人（就是哪个人整活杀别人任务了），你甚至可以所有人都用root账户登录，这时候直接把那两行内容加入到bashrc里面即可，所有人提任务通过mpirun就可以，具体看我帖子vasp里面有单机运行vasp的命令。

但是，如果技术上自己可以折腾，最好就是像楼下万里云说的一样，首先用module环境，其次，装slurm队列系统。

ps，如果你有好几台服务器，但是互相补连着，不需要并行，其实按最上面的走就行。

作者
Author: abin 时间: 2023-7-25 10:59
不公开root权限.

如果仅仅是一个workstation/单机,
使用调度器, 比如slurm, openPBS, 效果也就那样,
A使用调度器, B不使用调度器, 直接mpirun如何处理?

这个时候, 你还需要一个守护进程, 对于任何非slurm发起的进程, 直接干死?

不过, 从你的问题描述看, 你应该不具备写这种守护进程的能力.

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