计算化学公社

标题: 扩大盒子跑md报错：The largest distance between excluded atoms xxx nm [打印本页]

作者
Author: boqiang 时间: 2023-7-27 11:19
标题: 扩大盒子跑md报错：The largest distance between excluded atoms xxx nm
目的：构建如图所示的模型，左边放置有机小分子，中间为分子筛，右边为真空区，通过MD查看扩散轨迹及计算扩散系数等；

体系构建（周期性体系）：
1. MOR(448).cif 通过MS扩胞（4*4*8得到），体系大小为：7.3024*8.2136*6.0336nm，通过Multiwfn将cif格式转换成pdb格式和gro格式；
2. 将MOR(448).pdb 通过sobtop得到 MOR(448).itp 和 MOR(448).top；
3. 有机小分子（12.pdb）通过sobtop 得到 12.itp 和 12.top；
4. 将MOR(448).itp 中的 [ atomtypes ] 中的原子类型复制到 12.itp中，同时删除MOR(448).itp 中的 [ atomtypes ]字段内容；
5. 将 12.top 和 MOR(448).top整合，得到mix.gro;
6. md_PBC.mdp 添加 periodic-molecules = yes；

问题：
1. 在构建好的分子筛+小分子模型中，跑md，报错：The largest distance between excluded atoms 8.049 nm, which....错误信息；
2. 在删除掉小分子后，单独跑分子筛MOR模型，盒子放大，同样报 The largest distance between excluded atoms 8.049 nm, which....错误信息；
（盒子不放大能正常跑）
3. 在分子筛+小分子模型中，将盒子缩小为只有MOR范围时，跑MD报Fatal error，能量过大，原因可能就是因为盒子没有包含小分子的范围；
4. 单独分子筛MOR + 两边He墙，同样报错The largest distance between excluded atoms 8.049 nm, which....错误信息；

1. 请问是mdp文件参数设置不对吗？
2. 如何理解The largest distance between excluded atoms指的是哪个原子或者区域；
3. gromacs是否不适合构建这样的复合物体系研究？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-28 13:49
先得确保拓扑关系合理，当前有显而易见的问题

诸如bonded部分，724原子是图中黄球，拓扑文件里与之有bond项的801 809 16849 16850是图中蓝球，明显根本不符合实际的连接关系

(, 下载次数 Times of downloads: 11)

gromacs跑这种体系毫无问题。跑不成功一定是自己有问题

作者
Author: boqiang 时间: 2023-7-28 14:34

sobereva 发表于 2023-7-28 13:49
先得确保拓扑关系合理，当前有显而易见的问题

诸如bonded部分，724原子是图中黄球，拓扑文件里与之有bon ...

好的，明白了，谢谢sob老师。
因为MOR不是自己构建的，是课题组其他同事已经跑过VSAP了，一直以为这个初始结构没有问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-28 15:30

boqiang 发表于 2023-7-28 14:34
好的，明白了，谢谢sob老师。
因为MOR不是自己构建的，是课题组其他同事已经跑过VSAP了，一直以为这个初 ...

记住要设了真空区再让sobtop产生拓扑文件，不能先产生拓扑文件再设真空区，否则相当于有了跨真空区的键

作者
Author: boqiang 时间: 2023-7-28 16:15

sobereva 发表于 2023-7-28 15:30
记住要设了真空区再让sobtop产生拓扑文件，不能先产生拓扑文件再设真空区，否则相当于有了跨真空区的键

好的，谢谢sob老师，明白了

作者
Author: LIEL 时间: 2023-7-28 17:59
这种生成的晶胞会有周期性，跟VMD里面生成CNT一样，可以先gmx editconf把晶胞周围都加上真空，然后再转化为pdb，最后用sobtop生成top文件

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