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标题: Multiwfn查找出临界点但是对键径有疑问 [打印本页]

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Weldingspock    时间: 2023-7-27 14:57
标题: Multiwfn查找出临界点但是对键径有疑问
各位老师好,我目前有一个钙钛矿和水分子的模型。我在用VASP优化了结构之后使用cp2k进行了单点能计算,随后输出波函数给Multiwfn做AIM分析,但是我对分析结果有一点小疑问。如图所示,
蓝绿色的是I原子,墨绿色的是Pb原子。水分子和周围的I原子查找出两个BCP,左边的在CPprop.txt文件里标识connected bonds为H和I,结合位向关系(H和I之间的距离是2.80埃,O-H-I的夹角为140度),我暂且认定这个键是氢键,键径也符合氢键。右边的这个临界点显示键径为I和O,但是右边的H原子与I原子的位向关系也比较符合氢键的位向关系(H和I之间的距离3.1埃,O-H-I的夹角为120度),我想请问一下有可能是临界点是对的但是键径有偏差的情况吗?

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sobereva    时间: 2023-7-27 17:14
没有那种所谓的偏差。BCP和键径是严格一一对应的

不能光因为O-H是氢键给体就因为有BCP而说O-H...Pb是氢键,Pb并不是典型的氢键受体。除非你做波函数分析体现出Pb带负电荷或者局部显Lewis碱的特征,才能说那是氢键。

这种问题的分析强烈建议绘制IGMH图,直观得多
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html
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Weldingspock    时间: 2023-7-27 18:35
老师,键径连的另一端是碘原子不是铅原子,所以我怀疑是氢键
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sobereva    时间: 2023-7-28 01:41
Weldingspock 发表于 2023-7-27 18:35
老师,键径连的另一端是碘原子不是铅原子,所以我怀疑是氢键

算原子电荷判断I带电情况
并且结合IGMH等值面的sign(lambda2)rho着色颜色判断是什么情况

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Weldingspock    时间: 2023-7-28 13:36
sobereva 发表于 2023-7-28 01:41
算原子电荷判断I带电情况
并且结合IGMH等值面的sign(lambda2)rho着色颜色判断是什么情况

好的谢谢老师,原子电荷在cp2k中怎么计算呢
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sobereva    时间: 2023-7-28 13:53
Weldingspock 发表于 2023-7-28 13:36
好的谢谢老师,原子电荷在cp2k中怎么计算呢

Multiwfn产生CP2K的输入文件界面里直接就能要求算REPEAT或Mulliken电荷。也可以产生molden文件再结合Multiwfn算CM5电荷

使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html
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Weldingspock    时间: 2023-7-28 18:42
sobereva 发表于 2023-7-28 13:53
Multiwfn产生CP2K的输入文件界面里直接就能要求算REPEAT或Mulliken电荷。也可以产生molden文件再结合Mult ...

好的,谢谢老师,因为我之前也用VASP算了同样结构的自洽。可以用VASP自洽产生的电荷做电荷密度差图来判断吗
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sobereva    时间: 2023-7-28 22:38
Weldingspock 发表于 2023-7-28 18:42
好的,谢谢老师,因为我之前也用VASP算了同样结构的自洽。可以用VASP自洽产生的电荷做电荷密度差图来判断 ...

如果你是指下文提到的变形密度,可以试试,但未必能得到直观的图像便于准确判断
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113


反正远不如用原子电荷来说事靠谱





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