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标题: gamess 能量分解内存不够 [打印本页]

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Author: nunup5 时间: 2016-8-12 10:33
标题: gamess 能量分解内存不够
用gamess算LMOEDA，103个原子，两个金属的体系，monomer的计算可以进行，算到super molecule就内存或DDI出错，是不是这体系太大了啊

作者
Author: 冰释之川 时间: 2016-8-12 10:42
体系有点大，用GAMESS来能量分解很吃内存的。

作者
Author: nunup5 时间: 2016-8-12 10:49

冰释之川发表于 2016-8-12 10:42
体系有点大，用GAMESS来能量分解很吃内存的。

Molpro和ADF没钱买，SAPT装不上，PSI4不能用赝势，现在gamess也算不了，有洪荒之力也使不出来了

作者
Author: wei 时间: 2016-8-12 10:55
1) gamess的EDA确实吃内存，我服务器配了256G内存很大程度上就是为了EDA。2)我体系是有机分子，94个原子，blyp/maug-cc-pvtz算不动，6-311++G(d,p)要算3天。3）MWORDS和MEMDDI都要设，后者还得设大一些

作者
Author: yflchx 时间: 2016-8-12 11:04
很久没用过了。

是不是可以尝试DIRSCF=.T.？

作者
Author: wei 时间: 2016-8-12 11:12
楼主可以贴出输入文件看看

作者
Author: nunup5 时间: 2016-8-12 13:56

wei 发表于 2016-8-12 10:55
1) gamess的EDA确实吃内存，我服务器配了256G内存很大程度上就是为了EDA。2)我体系是有机分子，94个原子，b ...

看你这么说我基本上放弃了，我128G的内存，体系还大，用的是未加弥散的triple zeta基组，MWORDS和MEMDDI设的大到不能再大了，然并卵啊~~~

作者
Author: nunup5 时间: 2016-8-12 13:57

yflchx 发表于 2016-8-12 11:04
很久没用过了。

是不是可以尝试DIRSCF=.T.？

这个关键词已经用上了，然并卵。。。

作者
Author: 冰释之川 时间: 2016-8-12 15:30

nunup5 发表于 2016-8-12 13:57
这个关键词已经用上了，然并卵。。。

像上百个原子的大体系，内存肯定是硬伤，其它EDA软件需不需要这么大的内存我不知道，但是GAMESS肯定没戏了（如果计算机共享内存很小的话）

作者
Author: wei 时间: 2016-8-12 17:57
如果用的是未加弥散的triple zeta基组，我感觉128G还是可以算动的；ADF我用过，能量分解没有gamess的好

作者
Author: dy19930508 时间: 2016-8-13 10:27

wei 发表于 2016-8-12 10:55
1) gamess的EDA确实吃内存，我服务器配了256G内存很大程度上就是为了EDA。2)我体系是有机分子，94个原子，b ...

老师您好，我想计算一个只有C、H、O的有机分子体系，约90个原子。
新手一枚，提出一些简单疑问，请您见谅！
最近刚学习使用gamess的能量分解，看到您说gamess计算能量分解很费内存，我们实验室的机子是126G的内存，考虑到计算耗时和精度，那么使用blyp/6-311+G(d,p)方法和基组是否可以呢？基组重叠误差和色散校正应该怎么考虑呢？gamess是否支持D3校正呢？谢谢老师。

作者
Author: wei 时间: 2016-8-13 13:46
1) blyp/6-311+G(d,p)方法和基组是否可以呢？-----应该可以
2）基组重叠误差？---输出结果有考虑
3）色散校正？gamess是否支持D3校正呢？-----LMO-EDA，mp2方法可以校正；DFT的D3或D2校正只有GKS-EDA方法支持，这一方法似乎还没纳入gamess的网上版本

作者
Author: dy19930508 时间: 2016-8-13 16:42

wei 发表于 2016-8-13 13:46
1) blyp/6-311+G(d,p)方法和基组是否可以呢？-----应该可以
2）基组重叠误差？---输出结果有考虑
3）色散 ...

非常感谢老师的解答！谢谢老师！

作者
Author: 冰释之川 时间: 2016-8-14 09:16

wei 发表于 2016-8-13 13:46
1) blyp/6-311+G(d,p)方法和基组是否可以呢？-----应该可以
2）基组重叠误差？---输出结果有考虑
3）色散 ...

GKS-EDA 可以直接问开发者要修改版的GAMESS

作者
Author: nunup5 时间: 2016-8-15 09:59

dy19930508 发表于 2016-8-13 16:42
非常感谢老师的解答！谢谢老师！

色散校正可以用Grimme的DFTD3程序来计算，安装和计算都不难。

作者
Author: dy19930508 时间: 2016-8-15 10:35

nunup5 发表于 2016-8-15 09:59
色散校正可以用Grimme的DFTD3程序来计算，安装和计算都不难。

嗯，谢谢老师，我学习一下

作者
Author: wei 时间: 2016-8-15 23:13

nunup5 发表于 2016-8-15 09:59
色散校正可以用Grimme的DFTD3程序来计算，安装和计算都不难。

如果是用gamess的LMO-EDA分解后得到的若干能量项，再加上Grimee的DFTD3所得的色散校正，这二者的搭配值得商榷。可靠的方法还是用GKS-EDA，因为这一方法的能量项在LMO-EDA的基础上都重新定义了，从原理上来说更准确。你可以比较一下二者的结果。

作者
Author: dy19930508 时间: 2016-9-28 22:24

wei 发表于 2016-8-15 23:13
如果是用gamess的LMO-EDA分解后得到的若干能量项，再加上Grimee的DFTD3所得的色散校正，这二者的搭配值得 ...

老师您好！假如我使用LMO-EDA计算一个小分子吸附在一个约60个原子的有机结构体系上，用BLYP/6-31+G(d,p)计算出来的各项能量值是不是误差太大，已经没有分析的意义了？
如果不分析具体的数值只分析各项能量所占的比例是否还正确呢？
谢谢老师！

作者
Author: wei 时间: 2016-10-3 18:42
6-31G这样的级别配以弥散和极化，我不知道这样的意义有多大

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-3 22:32

dy19930508 发表于 2016-9-28 22:24
老师您好！假如我使用LMO-EDA计算一个小分子吸附在一个约60个原子的有机结构体系上，用BLYP/6-31+G(d,p) ...

这样基组还说得过去，没什么问题。有条件的话增加到3-zeta

作者
Author: dy19930508 时间: 2016-10-7 11:15

sobereva 发表于 2016-10-3 22:32
这样基组还说得过去，没什么问题。有条件的话增加到3-zeta

今天刚刚看到老师的回复，谢谢SOB老师

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