计算化学公社

标题: CP2K 2023.2版本发布 [打印本页]
作者
Author: wth1219    时间: 2023-7-29 08:45
标题: CP2K 2023.2版本发布
https://github.com/cp2k/cp2k/releases/

强化了对k点的支持：k-points: Implementation of the DIIS/Diag. solver ( #2721 )；
开发了适用于旋轨耦合计算的GTH赝势：GTH pseudopotential database file with spin-orbit coupling (SOC) parameters added ( #2848)；
增加了容器化安装方法：Add support for Apptainer/Singularity containers ( README )；等等。

2023.2
Released July 28, 2023
GW: Periodic open-shell and Splitting of electronic states due to spin-orbit coupling ( #2639 , #2831 )
GTH pseudopotential database file with spin-orbit coupling (SOC) parameters added ( #2848)
RTP: TD Field Velocity gauge and projection TD-MOs ( #2623 , #2744 )
RTP: Linear density delta kick and restart ( #2543 )
RTP: Enabled ADMM with GAPW ( #2729 )
Implementation of the NVPT for APTs and AATs in velocity form ( #2568 , #2561 )
Intrinsic Atomic Orbitals ( #2707 )
Machine Learning: Add PyTorch interface, Nequip and Allegro models ( #2420 , #2528 , #2722 )
k-points: Implementation of the DIIS/Diag. solver ( #2721 )
TDDFPT: SOC absorption ( #2859 )
GAPW triplet excitation energies and forces ( #2837 , #2861 )
EC: Enable DC-DFT with HFX-ADMM for reference and DC calculation ( #2780 )
Add cell symmetry HEXAGONAL_GAMMA_120 ( #2758 )
Grid: Rename backends, change default to CPU ( #2772 , #2775 , #2778 )
Grid: Enable GPU acceleration for large basis sets ( #2787 , #2793 )
FM: Add experimental support for NVIDIA cuSOLVERMp ( #2860 )
Regtesting: Add –smoketest option ( #2501 )
Add support for MPI Fortran 2008 bindings ( #2486 )
Add support for Apptainer/Singularity containers ( README )
作者
Author: 乐平    时间: 2023-7-29 09:10
终于
作者
Author: dockery    时间: 2023-7-29 09:15
难怪2023.1输入HEXAGONAL_GAMMA_120提示枚举错误，原来是2023.2支持的
作者
Author: anson    时间: 2023-7-29 10:43
坐等大佬们评测
作者
Author: logzzz    时间: 2023-7-29 19:56
小白发问，CP2K是要支持SOC计算了么。
作者
Author: LittlePupil    时间: 2023-7-31 11:35
可惜这个版本强制intelMPI和intel编译器配套使用，明明2023.1版用gcc+intelMPI编出来也能100%通过测试
作者
Author: Weldingspock    时间: 2023-7-31 14:34
LittlePupil 发表于 2023-7-31 11:35
可惜这个版本强制intelMPI和intel编译器配套使用，明明2023.1版用gcc+intelMPI编出来也能100%通过测试

噩耗啊，我估计好多人都有能正常的gcc编译器版本，但是intel那个编译器版本就不好说了。我之前也是用的gcc7.5加intel oneapi里面自带的mpi编译通过测试的
作者
Author: LittlePupil    时间: 2023-8-5 12:00
Weldingspock 发表于 2023-7-31 14:34
噩耗啊，我估计好多人都有能正常的gcc编译器版本，但是intel那个编译器版本就不好说了。我之前也是用 ...

换用mpich也还好，至少目前没遇到OpenMPI的内存溢出问题。
另外今年官方更新apptainer镜像更勤了，两天前就有了2023.2的三种镜像，有条件用apptainer (而且不需要多节点并行)的可以直接不用折腾了。
作者
Author: Weldingspock    时间: 2023-8-6 13:32
LittlePupil 发表于 2023-8-5 12:00
换用mpich也还好，至少目前没遇到OpenMPI的内存溢出问题。
另外今年官方更新apptainer镜像更勤了，两天 ...

mpich和intelmpi相比速度怎么样
作者
Author: LittlePupil    时间: 2023-8-6 23:23
Weldingspock 发表于 2023-8-6 13:32
mpich和intelmpi相比速度怎么样

Full regtesting (psmp, 28*Platinum 9282):
correct: 3920 / 3920; 30min (2023.1)
correct: 4065 / 4065; 27min (2023.2)
仅供参考。
作者
Author: GoldenBaby    时间: 2023-8-12 20:29
Weldingspock 发表于 2023-8-6 13:32
mpich和intelmpi相比速度怎么样

我一直用的mpich，速度应该不是问题。唯一出现的问题是有时候会有相互干扰，感觉像是提交任务有上限似的，等前面的任务算完再提交就没问题了。
作者
Author: 乐平    时间: 2023-8-15 16:51
本帖最后由 乐平 于 2023-8-15 17:02 编辑

今天在自己的塔式工作站编译了 CP2K 2023.2

Ubuntu 22.04 系统, MKL 调用的是 Intel OneAPI 2023.0.0

编译过程用 toolchain 安装了 gcc 13.1.0, openmpi 4.1.5 （本来是想把 PEXSI, PT-Scotch, superlu 一起安装的，但是 toolchain 在安装 PT-Scotch 的时候报错说跟 openmpi 冲突，于是就没有再尝试安装PEXSI, PT-Scotch, superlu），只用到如下的命令
  1. ./install_cp2k_toolchain.sh --math-mode=mkl --with-gcc=install --with-openmpi=install --with-quip=install --with-plumed=install
复制代码


最终只编译了 psmp 版，占用 1.1 GB 磁盘空间
  1. total 1.1G
  2. -rwxrwxr-x 1 huan huan  2.1M Aug 15 16:05 graph.psmp
  3. -rwxrwxr-x 1 huan huan  120K Aug 15 16:05 memory_utilities_unittest.psmp
  4. -rwxrwxr-x 1 huan huan  1.2M Aug 15 16:05 dbm_miniapp.psmp
  5. -rwxrwxr-x 1 huan huan  8.8M Aug 15 16:05 parallel_rng_types_unittest.psmp
  6. -rwxrwxr-x 1 huan huan   15M Aug 15 16:05 dbt_tas_unittest.psmp
  7. -rwxrwxr-x 1 huan huan  2.9M Aug 15 16:05 grid_unittest.psmp
  8. -rwxrwxr-x 1 huan huan  2.9M Aug 15 16:05 grid_miniapp.psmp
  9. -rwxrwxr-x 1 huan huan   17M Aug 15 16:05 dbt_unittest.psmp
  10. -rwxrwxr-x 1 huan huan  1.3M Aug 15 16:09 nequip_unittest.psmp
  11. -rwxrwxr-x 1 huan huan 1011K Aug 15 16:09 dumpdcd.psmp
  12. -rwxrwxr-x 1 huan huan  957K Aug 15 16:09 xyz2dcd.psmp
  13. -rwxrwxr-x 1 huan huan  527M Aug 15 16:10 libcp2k_unittest.psmp
  14. -rwxrwxr-x 1 huan huan  527M Aug 15 16:10 cp2k.psmp
  15. lrwxrwxrwx 1 huan huan     9 Aug 15 16:10 cp2k_shell.psmp -> cp2k.psmp
  16. lrwxrwxrwx 1 huan huan     9 Aug 15 16:10 cp2k.popt -> cp2k.psmp
复制代码


最后测试的结果

  1. ------------------------------- Timings --------------------------------
  2. Plot: name="timings", title="Timing Distribution", ylabel="time [s]"
  3. PlotPoint: name="100th_percentile", plot="timings", label="100th %ile", y=43.13, yerr=0.0
  4. PlotPoint: name="99th_percentile", plot="timings", label="99th %ile", y=9.91, yerr=0.0
  5. PlotPoint: name="98th_percentile", plot="timings", label="98th %ile", y=8.29, yerr=0.0
  6. PlotPoint: name="95th_percentile", plot="timings", label="95th %ile", y=6.62, yerr=0.0
  7. PlotPoint: name="90th_percentile", plot="timings", label="90th %ile", y=5.20, yerr=0.0
  8. PlotPoint: name="80th_percentile", plot="timings", label="80th %ile", y=3.51, yerr=0.0

  10. ----------------------------- Slow Tests -------------------------------
  11. Duration threshold (2x 95th %ile): 13.24 sec
  12. Found 10 slow tests (7 suppressed):
  13.     QS/regtest-debug-5/h2o_dip38.inp                                                 (  13.88 sec)
  14.     QS/regtest-debug-7/h2o_gapw_t7.inp                                               (  13.68 sec)
  15.     QS/regtest-debug-7/h2o_gapw_xc_t6.inp                                            (  13.91 sec)
  16.     QS/regtest-tddfpt-force-3/h2o_f27.inp                                            (  14.12 sec)
  17.     QS/regtest-pao-2/H2O_pao_fock.inp                                                (  17.58 sec)
  18.     QS/regtest-pao-2/H2O_pao_gth.inp                                                 (  18.56 sec)
  19.     QS/regtest-pao-2/H2O_pao_exp_cluster_MD.inp                                      (  15.68 sec)
  20.     QS/regtest-pao-2/H2O_pao_rotinv_hybrid.inp                                       (  15.16 sec)
  21.     ATOM/regtest-pseudo/C_nlcc_4.inp                                                 (  13.83 sec)
  22.     QS/regtest-gpw-3/O2-UKS-OTdiag-relax_multip.inp                                  (  13.49 sec)

  24. ------------------------------- Summary --------------------------------
  25. Number of FAILED  tests 20
  26. Number of WRONG   tests 3
  27. Number of CORRECT tests 4045
  28. Total number of   tests 4068

  30. Summary: correct: 4045 / 4068; wrong: 3; failed: 20; 25min
  31. Status: FAILED

  33. *************************** Testing ended ******************************
  34. make[3]: *** [/home/huan/scitools/cp2k202302/Makefile:256: test] Error 1
  35. make[2]: *** [/home/huan/scitools/cp2k202302/Makefile:151: test] Error 2
  36. make[1]: *** [/home/huan/scitools/cp2k202302/Makefile:128: psmp] Error 2
  37. make: *** [Makefile:123: test] Error 2
复制代码

还是有 20 个测试失败，3 个计算错误。
  1. /home/huan/scitools/cp2k202302/regtesting/local/psmp/TEST-local-psmp-2023-08-15_16-19-59/QS/regtest-mp2-lr-grad/CH_mp2_lr.inp.out
  2. /home/huan/scitools/cp2k202302/regtesting/local/psmp/TEST-local-psmp-2023-08-15_16-19-59/QS/regtest-hfx-ri-2/CH-hfx-ri-rho.inp.out
  3. /home/huan/scitools/cp2k202302/regtesting/local/psmp/TEST-local-psmp-2023-08-15_16-19-59/QS/regtest-gapw_xc/H2S-gapw-gop.inp.out
  4. /home/huan/scitools/cp2k202302/regtesting/local/psmp/TEST-local-psmp-2023-08-15_16-19-59/QS/regtest-gapw_xc/H2S-gapw-gop-ot.inp.out
  5. /home/huan/scitools/cp2k202302/regtesting/local/psmp/TEST-local-psmp-2023-08-15_16-19-59/QS/regtest-embed/H2O_H2_pbe_FAB.inp.out
  6. /home/huan/scitools/cp2k202302/regtesting/local/psmp/TEST-local-psmp-2023-08-15_16-19-59/xTB/regtest-2/H2O-field-gopt.inp.out
  7. /home/huan/scitools/cp2k202302/regtesting/local/psmp/TEST-local-psmp-2023-08-15_16-19-59/QS/regtest-pao-2/H2O_pao_equi.inp.out
  8. ===== Routine Calling Stack =====
  9. You may or may not see output from other processes, depending on
  10. /home/huan/scitools/cp2k202302/regtesting/local/psmp/TEST-local-psmp-2023-08-15_16-19-59/QS/regtest-pao-2/H2O_pao_equi_hybrid.inp.out
  11. ===== Routine Calling Stack =====
  12. You may or may not see output from other processes, depending on
  13. /home/huan/scitools/cp2k202302/regtesting/local/psmp/TEST-local-psmp-2023-08-15_16-19-59/QS/regtest-gpw-4/H2O-debug-5.inp.out
  14. /home/huan/scitools/cp2k202302/regtesting/local/psmp/TEST-local-psmp-2023-08-15_16-19-59/QS/regtest-gpw-4/H2O-debug-6.inp.out
  15. /home/huan/scitools/cp2k202302/regtesting/local/psmp/TEST-local-psmp-2023-08-15_16-19-59/QS/regtest-admm-qps/CH4-ADMMS-stress-tensor-numerical.inp.out
  16. /home/huan/scitools/cp2k202302/regtesting/local/psmp/TEST-local-psmp-2023-08-15_16-19-59/QS/regtest-gw-kpoints/G0W0_IH_SOC.inp.out
  17. /home/huan/scitools/cp2k202302/regtesting/local/psmp/TEST-local-psmp-2023-08-15_16-19-59/QS/regtest-gapw/H2S-gapw-gop.inp.out
  18. /home/huan/scitools/cp2k202302/regtesting/local/psmp/TEST-local-psmp-2023-08-15_16-19-59/QS/regtest-gapw/H2S-gapw-ot.inp.out
  19. /home/huan/scitools/cp2k202302/regtesting/local/psmp/TEST-local-psmp-2023-08-15_16-19-59/QS/regtest-gapw/H2S-gapw-gop-ot.inp.out
  20. /home/huan/scitools/cp2k202302/regtesting/local/psmp/TEST-local-psmp-2023-08-15_16-19-59/QS/regtest-hfx-ri/H2O-hfx-coulomb.inp.out
  21. /home/huan/scitools/cp2k202302/regtesting/local/psmp/TEST-local-psmp-2023-08-15_16-19-59/QS/regtest-hfx-ri/H2O-hfx-identity.inp.out
  22. /home/huan/scitools/cp2k202302/regtesting/local/psmp/TEST-local-psmp-2023-08-15_16-19-59/QS/regtest-hfx-ri/CH-hfx-ri-rho.inp.out
  23. /home/huan/scitools/cp2k202302/regtesting/local/psmp/TEST-local-psmp-2023-08-15_16-19-59/QS/regtest-gapw-ext/H2S-e1.inp.out
  24. /home/huan/scitools/cp2k202302/regtesting/local/psmp/TEST-local-psmp-2023-08-15_16-19-59/QS/regtest-gapw-ext/H2S-e2.inp.out
  25. /home/huan/scitools/cp2k202302/regtesting/local/psmp/TEST-local-psmp-2023-08-15_16-19-59/QS/regtest-gapw-ext/H2S-e3.inp.out
  26. /home/huan/scitools/cp2k202302/regtesting/local/psmp/TEST-local-psmp-2023-08-15_16-19-59/QS/regtest-gapw-ext/H2S-e4.inp.out
  27. /home/huan/scitools/cp2k202302/regtesting/local/psmp/TEST-local-psmp-2023-08-15_16-19-59/QS/regtest-ot-refine-2/no_ot_precond_6.inp.out
复制代码



作者
Author: 霹雳神偷    时间: 2023-8-15 20:59
不知道啥子情况……最新的从官网下的oneAPI环境编译出来，一运行内存一直涨直到溢出……放弃了。
安装的配置如下。
  1. ./install_cp2k_toolchain.sh --with-mkl=system --with-intelmpi=system --with-plumed=install --with-intel=system
复制代码

  1. :: initializing oneAPI environment ...
  2.    bash: BASH_VERSION = 5.1.16(1)-release
  3.    args: Using "$@" for setvars.sh arguments:
  4. :: advisor -- latest
  5. :: ccl -- latest
  6. :: compiler -- latest
  7. :: dal -- latest
  8. :: debugger -- latest
  9. :: dev-utilities -- latest
  10. :: dnnl -- latest
  11. :: dpcpp-ct -- latest
  12. :: dpl -- latest
  13. :: inspector -- latest
  14. :: ipp -- latest
  15. :: ippcp -- latest
  16. :: ipp -- latest
  17. :: itac -- latest
  18. :: mkl -- latest
  19. :: mpi -- latest
  20. :: tbb -- latest
  21. :: vtune -- latest
  22. :: oneAPI environment initialized ::

复制代码
作者
Author: reid    时间: 2023-8-16 20:24
啥时候OT支持k点了就完美了
作者
Author: 啊不错的飞过海    时间: 2023-8-18 15:26
霹雳神偷 发表于 2023-8-15 20:59
不知道啥子情况……最新的从官网下的oneAPI环境编译出来，一运行内存一直涨直到溢出……放弃了。
安装的配 ...

搞个sdbg测一下吧，可能是内存泄漏了，我的也碰到了这个问题，正在试着排障
作者
Author: biogon    时间: 2023-8-25 15:23
LittlePupil 发表于 2023-8-5 12:00
换用mpich也还好，至少目前没遇到OpenMPI的内存溢出问题。
另外今年官方更新apptainer镜像更勤了，两天 ...

OpenMPI还有内存溢出问题？我只在intelMPI上见过
作者
Author: biogon    时间: 2023-8-25 15:24
霹雳神偷 发表于 2023-8-15 20:59
不知道啥子情况……最新的从官网下的oneAPI环境编译出来，一运行内存一直涨直到溢出……放弃了。
安装的配 ...

intelMPI内存溢出很正常，不要用
作者
Author: LittlePupil    时间: 2023-8-25 23:14
biogon 发表于 2023-8-25 15:23
OpenMPI还有内存溢出问题？我只在intelMPI上见过

记混了，是之前见到https://www.vasp.at/wiki/index.php/Toolchains说openmpi可能有内存泄漏问题。
另外说实话，因为之前遇到过拿ORCA跑耦合簇计算内存设为可用的70%依然报错的情况（虽然这可能不是OpenMPI的问题），现在见OpenMPI已经有点发怵了。
作者
Author: Weldingspock    时间: 2023-8-28 13:11
建议用docker编译，一次过，也不会报错，很舒适
作者
Author: 霹雳神偷    时间: 2023-8-30 09:05
biogon 发表于 2023-8-25 15:24
intelMPI内存溢出很正常，不要用

感觉是scalapack的事情，因为我用intel的环境编译过QE，ABACUS，CP2K，我发现只要用到scalapack的情况就会出现这种事。QE编译时我没有调用scalapack，用的lapack就一点事都没有。ABACUS用pw模式用不到这个包也没出现这种情况。



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