计算化学公社

标题: VMD做ESP图的色彩刻度细节问题 [打印本页]

作者
Author: ZhangWenjun 时间: 2023-7-29 10:50
标题: VMD做ESP图的色彩刻度细节问题
请教各位我用vmd可以绘制出如下的图形嘛，主要就是不同强度有不同的颜色标识，而不是只有红蓝两种颜色，让我的图更清晰直观

作者
Author: ZhangWenjun 时间: 2023-7-29 10:51
还是说需要其他的渲染器之类的

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-29 12:06

ZhangWenjun 发表于 2023-7-29 10:51
还是说需要其他的渲染器之类的

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

作者
Author: ZhangWenjun 时间: 2023-7-29 18:10

sobereva 发表于 2023-7-29 12:06
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

不好意思老师下次一定注意

作者
Author: 乐平 时间: 2023-7-29 18:20

主要就是不同强度有不同的颜色标识，而不是只有红蓝两种颜色

当然可以。

你想改图的色阶的颜色，在 VMD 主菜单上选择 “Graphics”（图） ——> “Colors”（颜色）
(, 下载次数 Times of downloads: 60)

然后在弹出的对话框里选择 “Color Scale”（色阶）——> 然后从 “Methods” 下拉菜单里选择颜色代码
(, 下载次数 Times of downloads: 53)

颜色缩写例子如下：
RWB (Red White Blue)
RGB (Red Green Blue)
RGryB (Red Gray Blue)
BlkW (Black White)

从上面的操作流程来看，只要逻辑通顺，知道一点点基础的英语，软件多摸索，就能找到正确的处理方式。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-29 20:44
用VMD 1.9.4（目前只有非正式版），照常用下文的iso命令绘制出来
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）
由于非正式版VMD 1.9.4的bug极多，所以建议在虚拟机里另行安装。

然后运行以下命令（随机应变修改）
color scale method turbo
mol scaleminmax 0 1 -0.060000 0.060000
display projection Orthographic
material change outline EdgyGlass 0.590000
material change outlinewidth EdgyGlass 0.340000
material change opacity EdgyGlass 0.730000
material change shininess EdgyGlass 0.80000
material change diffuse EdgyGlass 0.800000
material change specular EdgyGlass 0.250000

可得下图效果

(, 下载次数 Times of downloads: 50)

相应的色彩变化
(, 下载次数 Times of downloads: 54)

顺带一提，gview的色彩刻度实际上是不确切的，绿色区域根本没如实显示出来，被显示成了接近白色。

作者
Author: 乐平 时间: 2023-7-30 12:58

sobereva 发表于 2023-7-29 20:44
用VMD 1.9.4（目前只有非正式版），照常用下文的iso命令绘制出来
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的 ...

请问社长，我用的是论坛里 http://bbs.keinsci.com/forum.php ... =19148&fromuid=1532 编译的 vmd1.9.4a50_final_ospray_cuda_tcl85_addcolors_vf2.exe 版本（Windows 10系统里运行）。

但是，导入静电势 cub 文件后，在命令行输入 color scale method turbo 会报错。说没有 turbo 色阶方法。

vmd > color scale method turbo
color scale method 'turbo' not recognized

复制代码

不知道您用的是哪个版本的呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-30 13:02

乐平发表于 2023-7-30 12:58
请问社长，我用的是论坛里 http://bbs.keinsci.com/forum.php ... =19148&fromuid=1532 编译的 vmd1.9.4a ...

官网上目前能直接下的Windows的最新版vmd194a53win64-SetupV7.exe

作者
Author: 乐平 时间: 2023-7-30 13:03

sobereva 发表于 2023-7-30 13:02
官网上目前能直接下的Windows的最新版vmd194a53win64-SetupV7.exe

谢谢社长！

作者
Author: ZhangWenjun 时间: 2023-7-31 11:08

sobereva 发表于 2023-7-30 13:02
官网上目前能直接下的Windows的最新版vmd194a53win64-SetupV7.exe

老师我的vmd一直默认装c盘然后运行的时候就一直报错怎么调呢

作者
Author: 乐平 时间: 2023-7-31 11:11

ZhangWenjun 发表于 2023-7-31 11:08
老师我的vmd一直默认装c盘然后运行的时候就一直报错怎么调呢

报的错什么错也不说…… 别人怎么知道怎么调……

作者
Author: ZhangWenjun 时间: 2023-7-31 11:16

乐平发表于 2023-7-31 11:11
报的错什么错也不说…… 别人怎么知道怎么调……

不好意思老师是这样的错误然后马上闪退

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-31 21:29

ZhangWenjun 发表于 2023-7-31 11:08
老师我的vmd一直默认装c盘然后运行的时候就一直报错怎么调呢

反正vmd194a53win64-SetupV7.exe在我的一个比较干净的Win7 64bit的虚拟机的系统里安装能正常启动
可以考虑装个虚拟机。或者找别人借个机子

作者
Author: 乐平 时间: 2023-8-5 22:21

sobereva 发表于 2023-7-29 20:44
用VMD 1.9.4（目前只有非正式版），照常用下文的iso命令绘制出来
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的 ...

请教社长，我算了一个阳离子的 ESP，发现整个阳离子的静电势图像全是一片红色。不知道是否正常？

中性分子的静电势可以看到蓝色，白色，红色的空间分布。

优化关键词 M062X/def2TZVP em=GD3 opt(calcfc) freq

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-5 22:25

乐平发表于 2023-8-5 22:21
请教社长，我算了一个阳离子的 ESP，发现整个阳离子的静电势图像全是一片红色。不知道是否正常？

中性 ...

使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）

离子体系必需按下文说的修改色彩刻度范围才行

作者
Author: 乐平 时间: 2023-8-5 22:45

sobereva 发表于 2023-8-5 22:25
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://soberev ...

收到，感谢社长！

作者
Author: Landyooo 时间: 2023-12-18 19:17
我在使用vmd194a53过程中(win和Linux都试过)，发现使用tachyon渲染出图特别慢(一张图导出需要30min起步，有时候要几个小时，而vmd193只需要几秒)。不知道各位有没有遇到这样的问题，有没有提高速度方法，或者其他能读取dat文件出图的方法呢？

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