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标题: 求助，关于gmx density命令求助 [打印本页]

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-7-31 16:31
标题: 求助，关于gmx density命令求助
本帖最后由非好汉于 2023-7-31 16:32 编辑

各位大佬，想请问gmx density命令的一些使用
命令一：gmx density -f md.xtc -n hunhewu.ndx -s md.tpr -sl 100 -d X -b 15000 -e 15000 -o density-x-100-b15000-e15000.xvg
命令二：gmx density -f md.xtc -n hunhewu.ndx -s md.tpr -sl 100 -d X -b 15000 -e 30000 -o density-x-100-b15000-e30000.xvg
请问一下，
1.命令一输出的是15000ps那一帧把X平均分成100份的密度
2.命令二输出的是15000ps到30000ps的所有帧数（密度是所有帧数的平均），沿X平均分成100份的密度
3.请问前两个对吗，如果都对的话，那进行npt模拟时，体积会发生变化，那问题2的X不是也变了，那所有帧数的密度和X都取了平均？

作者
Author: lyj714 时间: 2023-7-31 17:18
本帖最后由 lyj714 于 2023-7-31 17:30 编辑

多帧情况，会导致X也被平均，最终输出的那个xvg的横坐标用的就是所有帧平均以后的X。比如你用两帧进行计算，盒子X方向分别是10，10.5，那么就会被平均成10.25，然后根据100份划分得到最终xvg的横坐标(注意它的输出=(i+0.5)*平均以后的盒子长度X/100)。至于平均密度，因为每一帧始终都是被划分成100份，因此多帧中平均也只是对每一块进行平均

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-8-1 12:37

lyj714 发表于 2023-7-31 17:18
多帧情况，会导致X也被平均，最终输出的那个xvg的横坐标用的就是所有帧平均以后的X。比如你用两帧进行计算 ...

好的，谢谢大佬

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