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标题: VMD显示pbc的问题 [打印本页]

作者
Author: dark_cosmos 时间: 2016-8-14 19:47
标题: VMD显示pbc的问题
最近做了一个聚合物的模拟，结果文件导为pdb，然后导入VMD中，使用了各种办法使用是没有办法去除这种big jumps的键。我尝试过PBCTools工具，unwrap是一点反应都没有，其他的一些命令wrap、join等都是有效果的，不知道是那个地方没有注意到，纠结了半天了，请各位高手指点一下，谢谢大家

作者
Author: diaok 时间: 2016-8-14 20:18
vmd的键是取的载入第一帧判断成键，首先看成键信息对不对
然后才是轨迹的坐标
gromacs里面有个-pbc mol，是保持分子完整
vmd直接把轨迹unwrap all完全展开应该也行，不过好像对轨迹也有要求
两帧之间隔太远的话可能会判断出错

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-1-10 15:13
请问大佬的问题解决了吗？能不能说说？目前也面临相同问题，即使用了-pbc nojump 还是会出现上图情况，

作者
Author: dark_cosmos 时间: 2019-1-10 19:38

少年爱吃地三鲜发表于 2019-1-10 15:13
请问大佬的问题解决了吗？能不能说说？目前也面临相同问题，即使用了-pbc nojump 还是会出现上图情况，

没记错的话。这个命令对于轨迹文件有效，单个pdb文件没有效果的

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-1-10 20:00

dark_cosmos 发表于 2019-1-10 19:38
没记错的话。这个命令对于轨迹文件有效，单个pdb文件没有效果的

对的，我是对轨迹文件进行编辑的，那么请问您是怎么解决的呢？

作者
Author: 曹波波 时间: 2019-1-12 11:06
gmx trjconv -f prod.xtc -s prod.gro -pbc nojump -o prod2.xtc
在GMX里运行这个命令，其中prod2.xtc是修正后的

作者
Author: dark_cosmos 时间: 2019-1-12 23:10

少年爱吃地三鲜发表于 2019-1-10 20:00
对的，我是对轨迹文件进行编辑的，那么请问您是怎么解决的呢？

如果你用的是gromacs使用trjconv处理最好，使用lammps的话先pbc unwrap，这个时候分子会炸的得很开，然后在pbc wrap -compound res -all进来就好

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-1-13 17:06

dark_cosmos 发表于 2019-1-12 23:10
如果你用的是gromacs使用trjconv处理最好，使用lammps的话先pbc unwrap，这个时候分子会炸的得很开，然后 ...

老师，如果是gromacs 这种情况改怎么处理呢？我使用gromacs的 -pbc nojump 还是这样

作者
Author: sour1993 时间: 2019-1-23 13:16
换成-pbc mol试试？如果想简略看的话也可以试试vmd的drawing method里的dynamic bond

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-3-12 08:53

sour1993 发表于 2019-1-23 13:16
换成-pbc mol试试？如果想简略看的话也可以试试vmd的drawing method里的dynamic bond

谢谢你！

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-3-12 08:54

dark_cosmos 发表于 2019-1-12 23:10
如果你用的是gromacs使用trjconv处理最好，使用lammps的话先pbc unwrap，这个时候分子会炸的得很开，然后 ...

谢谢老师！

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-3-12 09:26

dark_cosmos 发表于 2019-1-12 23:10
如果你用的是gromacs使用trjconv处理最好，使用lammps的话先pbc unwrap，这个时候分子会炸的得很开，然后 ...

请问您做的这个体系是聚苯乙烯吗？我看着像

作者
Author: dark_cosmos 时间: 2019-3-12 11:16

少年爱吃地三鲜发表于 2019-3-12 09:26
请问您做的这个体系是聚苯乙烯吗？我看着像

这个是环氧树脂的

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-3-12 16:45

dark_cosmos 发表于 2019-3-12 11:16
这个是环氧树脂的

啊，我看到有像苯环的哈哈谢谢你

作者
Author: 哈哈哈哈哈--- 时间: 2024-10-17 17:20

dark_cosmos 发表于 2019-3-12 11:16
这个是环氧树脂的

您好，请问用lammps做环氧树脂聚合物热解模拟后，用vmd处理dump文件，先用pbc unwrap，再用pbc wrap -compound res -all后，还是有很多长键要怎么处理？

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