计算化学公社

标题: 关于CP2K计算后的，过渡态数据能量-结构分析？ [打印本页]

作者
Author: lao7 时间: 2023-8-1 08:39
标题: 关于CP2K计算后的，过渡态数据能量-结构分析？
各位老师好，请教一个如下问题：用CP2K进行了一个过渡态计算，计算后cp2k输出了**.out文件，我用grep提取了ENERGY| Total FORCE_EVAL ( QS ) energy [a.u.]对应的能量。现在想看对应的能量与结构之间的关系（过渡态），遇到两个问题，请教如下：
1、关于与能量与对应的结构，我grep提取出的能量是好几百步，但是对应的结构（在.xyz格式的文件中）才128步骤收敛，如何知道哪一步能量对应哪一步结构呢？在**.out文件里看不到对应的步数。
2、用grep提取ENERGY| Total FORCE_EVAL ( QS ) energy [a.u.]，应该是正确的吧？
3、能量的单位是什么？电子伏吗？【a.u.】好像是任意量单位。
4、如何用multiwfn连续观察随着能量变化，输出结构的变化呢？
谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-1 12:32
先说明用的什么方法算的过渡态，dimer还是CI-NEB

3 在计算化学领域里，在没有额外说明的情况下，a.u.一律是指atomic unit。查wiki了解相关知识

作者
Author: lao7 时间: 2023-8-1 13:45
本帖最后由 lao7 于 2023-8-1 13:56 编辑

sobereva 发表于 2023-8-1 12:32
先说明用的什么方法算的过渡态，dimer还是CI-NEB

3 在计算化学领域里，在没有额外说明的情况下，a.u.一 ...

用的dimer，谢谢！由于限制，我无法上传完整的out文件。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-1 14:53

lao7 发表于 2023-8-1 13:45
用的dimer，谢谢！由于限制，我无法上传完整的out文件。

超过500KB的文本文件必须压缩后再上传，首页公告栏明确说了，另见
计算化学研究者应当了解的文件压缩的常识
http://sobereva.com/672（http://bbs.keinsci.com/thread-37881-1-1.html）

监控方式在培训里说了

(, 下载次数 Times of downloads: 13)

用VMD观看后缀是-pos-1.xyz的文件就可以观看优化过程。

(, 下载次数 Times of downloads: 15)

作者
Author: lao7 时间: 2023-8-1 16:27
谢谢sob，请参见压缩文件out和xyz文件。我想进一步了解的是，每一步的能量（同于Gview查看gaussian计算的优化能量变化结果）：”ENERGY| Total FORCE_EVAL ( QS ) energy [a.u.]“，还是你刚刚展示的框中的“total energy”呢？如果是框中的total energy，那么这个数值为什么那么小？单位是原子单位吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-1 16:30

lao7 发表于 2023-8-1 16:27
谢谢sob，请参见压缩文件out和xyz文件。我想进一步了解的是，每一步的能量（同于Gview查看gaussian计算的优 ...

我展示的

没明确写单位的地方一律是原子单位

作者
Author: lao7 时间: 2023-8-1 16:52
十分感谢！我进一步请教一下，如图所示，这里面有三个能量。我应该取哪一个1、2、3中的哪一个能量值，来显示该步的对应能量呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-1 17:15

lao7 发表于 2023-8-1 16:52
十分感谢！我进一步请教一下，如图所示，这里面有三个能量。我应该取哪一个1、2、3中的哪一个能量值，来显 ...

如果对绝对能量感兴趣，用1
对于监控收敛目的，看3

作者
Author: lao7 时间: 2023-8-1 20:51
谢谢SOB，我进一步请教：我用了刚刚讨论的图中的标示3位置的能量值，随着优化步数的增加，数据应该揭示二氧化碳与氢质子反应能量的变化。在优化的第100步附近确实应该出现了过渡态，但是这个结果看起来为什么是上下波动的？数值和用高斯计算的结果呈现的不一样（高斯是一个峰）。出现这个问题的原因是什么？这么分析是合适的吗？请看图。
谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-1 21:00

lao7 发表于 2023-8-1 20:51
谢谢SOB，我进一步请教：我用了刚刚讨论的图中的标示3位置的能量值，随着优化步数的增加，数据应该揭示二氧 ...

能量变化不纳入收敛限，没必要管这个
只需要关注判断收敛牵扯到的指标

作者
Author: lao7 时间: 2023-8-1 21:19
本帖最后由 lao7 于 2023-8-1 21:24 编辑

sobereva 发表于 2023-8-1 21:00
能量变化不纳入收敛限，没必要管这个
只需要关注判断收敛牵扯到的指标

谢谢！我没有完全明白您的意思。您提到：“只需要关注判断收敛牵扯到的指标”，指的是只关注图上的峰值（第100步），还是说不能用total energy这个数值呢（图3标示）？如果不能用total energy，应该用哪一个输出数值描述过渡态。因为我的目的是想像高斯Gview一样查看过渡态计算时，能量的变化（似乎更平滑）。归根到底是想要明白1个问题：这样描述过渡态能量变化是否合适？
十分感谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-1 21:26

lao7 发表于 2023-8-1 21:19
谢谢！我没有完全明白您的意思。您提到：“只需要关注判断收敛牵扯到的指标”，指的是只关注图上的峰值（ ...

如果你想看能量变化趋势，看是不是逐渐减小，用real energy change后面的

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