计算化学公社

标题: rmsf换算成B因子的疑问 [打印本页]

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Author: jia1012428 时间: 2023-8-1 19:35
标题: rmsf换算成B因子的疑问
老师您好，讲义（90-92页）说gmx生成rmsf的单位是nm，我生成的xvg文件确实如此。然后我运行了讲义上的程序gmx rmsf -f md_0_1.xtc -s md_0_1.tpr -o rmsf.xvg -res -oq bfac.pdb -b 40000（略有修改），生成的文件没有像讲义上说的把fmsf换算成B因子，我用vmd打开bfac文件是很虚很小的图，拉进之后更虚，另外我也找不到B因子着色方式，不能用结构显示波动程度，请问怎么处理。我附带了vmd打开bfac的截图，请指教，谢谢！

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Author: jia1012428 时间: 2023-8-1 19:35
图片怎么刚才怎么没发上来

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Author: sobereva 时间: 2023-8-1 20:20
每次说到讲义的时候，说具体是什么讲义、第几届的

bfac.pdb压缩后上传

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Author: sobereva 时间: 2023-8-1 20:21

jia1012428 发表于 2023-8-1 19:35
图片怎么刚才怎么没发上来

发的帖子有误时不要发新回帖。直接编辑原贴

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Author: jia1012428 时间: 2023-8-2 00:04
第12届北京科音分子动力学与gromacs程序培训班，压缩包也发过来了

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Author: sobereva 时间: 2023-8-2 00:10
用文本编辑器打开pdb文件便知里面只有碳原子，肯定显示成这样
使用我的讲义上的命令处理培训的file文件包里的文件看得到什么，弄清楚是程序有问题还是你的被处理的文件有问题

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Author: jia1012428 时间: 2023-8-2 00:36
老师，您辛苦了。
我这次运行rmsf选择了protein，就没有出现上面的问题，我附带了pdb文件，请检查。
rmsf.xvg里显示的是残基和nm之间的关系，并不是残基和b因子之间的关系，请问这个有影响吗
需要用ba2r吗
请问在vmd里，用b因子着色，具体选哪个，我看coloring method里b开头的只有backbone和beta，都不是b因子

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-2 00:54

jia1012428 发表于 2023-8-2 00:36
老师，您辛苦了。
我这次运行rmsf选择了protein，就没有出现上面的问题，我附带了pdb文件，请检查。
rmsf ...

不知道你说的nm指什么
讲义里解释得很详细了。ba2r干的正是gmx rmsf做不到的事
beta就是B因子

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Author: jia1012428 时间: 2023-8-2 01:04
本帖最后由 jia1012428 于 2023-8-2 09:42 编辑

老师，我按您说的，操作成功了，请见附件。
讲义里说按照程序运行计算rmsf，并把rmsf换算成b因子。之后把每个残基中的原子的B因子取平均并输出到rmsf_protein.xvg中，并把md.tpr里的蛋白质结构带着计算出的b因子写入到bfac.pdb中。
有个问题，我算出来的rmsf横坐标是残基，纵坐标还是nm（见附件），并不是b-factor（单位是A^2）。
请问bfac的颜色是以b-factor为参数计算的吗，我在附带上纵坐标为nm的rmsf图，投稿会不会被问到说两个图的标准不统一？用不用把rmsf的结果换算成b-factor单位，如果是用什么可以转换？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-2 23:17

jia1012428 发表于 2023-8-2 01:04
老师，我按您说的，操作成功了，请见附件。
讲义里说按照程序运行计算rmsf，并把rmsf换算成b因子。之后把 ...

要么都用RMSF比，要么都用B因子比，讲义上说了，在我的Biochemistry 2009, 48, 7986–7995给了RMSF与B因子的转换关系

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Author: jia1012428 时间: 2023-8-3 01:19
搜到文章了，学习过，谢谢！

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