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标题: VMD中原子编号显示与化学键 [打印本页]

作者
Author: dashuo 时间: 2016-8-15 12:21
标题: VMD中原子编号显示与化学键
Sob老师与各位老师同学好，在使用VMD中有2个问题，希望得到解答。
1.在gaussview中选择view中labels可对分子或团簇系统中原子自动编上号，选择symbols可显示原子名称，在multiwfn也能显示上述功能，请问在用VMD显示时，如何实现和在gaussview中具有同样编号原子显示呢，尤其本人团簇结构原子较多，希望在VMD中能够显示同样的原子顺序编号，以便于相关分析。

2.Sob老师曾说明关于VMD中化学键的结构图中出现原子而没有化学键，是因为原子间距离太远，没被判断成键，通过mouse-add/remove bond功能，点击相应两个原子让它们成键，或是另一种做法drawing method改成dynamic bond，把判断成键的阈值调大。本人的团簇结构，优化后一部分显示了正确的化学键，另一部分化学键没有显示，原因和上面解释相同，由于团簇结构较大，未正确显示键的原子很多，我想问的是，除了上面的方法，即通过mouse-add/remove bond功能，点击相应两个原子让它们成键外，能否有方法在一个分子结构中只选择部分原子，即是那些干未成键原子，利用类似dynamic bond的方法，通过调整阈值成键，即如何实现分子或团簇中两部分原子成键阈值条件不同。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-8-15 12:33
在VMD中显示原子序号的方法
http://sobereva.com/197

用create rep按钮创建多个显示方式，不同的representation用的selected atom不同，就可对不同范围用不同显示方式了。比如输入serial 5 8 to 14就可以选中5,8~14号原子。

作者
Author: dashuo 时间: 2016-8-15 12:43
十分感谢，我去试试。

作者
Author: dashuo 时间: 2016-8-16 17:17
Graphical representation 中按照Sob老师的方法，创建新rep将标号A-B的若干原子在selected atoms中利用serial A to B,同时drawingmethod 调出dynamicbonds，通过调节distance cutoff实现自动化学键连接，化学键粗细可调节radius。
现有有3个问题，还望Sob老师告知解决办法啊？1.通过调整distance cutoff,选定的团簇中未成键的原子绝大多数间有了合适化学键，但是有一个原子始终未成键，能是什么原因的。2.通过mouse add bonds添加的原子间化学键，化学键粗细如何调节。3保存的viewmaster中的 .tcl 文件，下次load时，mouse手动添加的化学键消失了，其他上次设定信息都在，如何能保持mouse添加的化学键呢。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-8-16 19:43
1 具体情况不清楚，不好说
2 比如用licorice显示方式，调大bond radius即可
3 把键都设好后，运行atomselect top all，比如之后显示atomselect0，然后输入atomselect0 getbonds，得到连接关系列表，比如
{10 8 1} {2 0 9} {1 7 3} {2 20 4} {5 21 3} {6 4 22} {7 23 5} {8 6 2} {24 7 0} 1 {11 12 0} {13 10 14} {15 29 10} {11 15 16} {11 25} {13 12 17} {25 13 18} {19 28 15} {26 16 19} {18 17 27} 3 4 5 6 8 {16 14} 18 {19 29} 17 {12 27}
下次载入后输入
atomselect top all
atomselect0 setbonds {{10 8 1} {2 0 9} {1 7 3} {2 20 4} {5 21 3} {6 4 22} {7 23 5} {8 6 2} {24 7 0} 1 {11 12 0} {13 10 14} {15 29 10} {11 15 16} {11 25} {13 12 17} {25 13 18} {19 28 15} {26 16 19} {18 17 27} 3 4 5 6 8 {16 14} 18 {19 29} 17 {12 27}}
即可。

作者
Author: dashuo 时间: 2016-8-16 20:55
太感谢Sob老师了，我试着去做。

作者
Author: dashuo 时间: 2016-8-24 12:03
本帖最后由 dashuo 于 2016-8-24 12:07 编辑

关于原子间化学键颜色调节问题请教Sob老师。
在VMDGraphical representation 中建立相应Create Rep ,Drawing method选CPK,selections keyword选择相应元素，Coloring Method 选ColorID改变C,H原子颜色，但是C,H原子间化学键颜色没有变化，如果要调节化学键颜色和相应两侧原子匹配，请问如何调节呢。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-8-24 17:49

dashuo 发表于 2016-8-24 12:03
关于原子间化学键颜色调节问题请教Sob老师。
在VMDGraphical representation 中建立相应Create Rep ,Drawi ...

你把键的半径设粗点，覆盖原先的representation就行了

作者
Author: dashuo 时间: 2016-8-24 19:52
Sob老师，按照您提示的方法，新建representation我改了相应C原子颜色后，增加 bond radius,C-C间化学键可以变化，再次新建representation，改变H原子颜色后，增加 bond radius，C-H间化学键却没有变化，但是改变sphere scale,H大小可变，为何C-H间化学键bond radius调节无效呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-8-24 23:29

dashuo 发表于 2016-8-24 19:52
Sob老师，按照您提示的方法，新建representation我改了相应C原子颜色后，增加 bond radius,C-C间化学键可以 ...

不清楚你具体怎么设定的
同一个representation里把H和C同时包括，这个representation才会也包括C-H键。

作者
Author: dashuo 时间: 2016-8-25 15:59
Sob老师，请问如何实现在同一个representation里选定两个元素，并调节为不同颜色呢？比如我在同一个representation先选定C元素后，通过coloring method colorId选择银色颜色，如果接下来在同一个representation selected atom 中增加H元素，H的元素选定白色，此时C也变为白色了。

作者
Author: guoy14iccas 时间: 2017-5-18 22:41

sobereva 发表于 2016-8-15 12:33
在VMD中显示原子序号的方法
http://sobereva.com/197

sob老师，按照你的指示把atmlab.tcl 拷贝到VMD下。之后在命令行输入字母l，会出现下面的提示，然后输入name并没有显示出序号。想请问您，您写的这个tcl应该没有版本的限制吧，我这个不是最新版本的VMD。我打开的是14400个原子gro文件。不知道是否有问题。？非常感谢您。

作者
Author: stecue 时间: 2017-5-19 01:14

guoy14iccas 发表于 2017-5-18 22:41
sob老师，按照你的指示把atmlab.tcl 拷贝到VMD下。之后在命令行输入字母l，会出现下面的提示，然后输入na ...

如果没有写在vmrc里面，那你必须先运行这个脚本。最好打开Tk console，ls一下看看那个文件在不在当前目录下。在的话play atmlab.tcl或者source atmlab.tcl之后就可以用了。

作者
Author: guoy14iccas 时间: 2017-5-22 08:59

stecue 发表于 2017-5-19 01:14
如果没有写在vmrc里面，那你必须先运行这个脚本。最好打开Tk console，ls一下看看那个文件在不在当前目录 ...

好，非常感谢~

作者
Author: a815648905 时间: 2019-1-8 20:07

sobereva 发表于 2016-8-16 19:43
1 具体情况不清楚，不好说
2 比如用licorice显示方式，调大bond radius即可
3 把键都设好后，运行atomsel ...

老师，请问一下VMD设置成白背景之后，整个界面原子及等值面上有点泛白，没有像您做的图那样颜色鲜亮，请问您知道是什么原因吗？非常感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-1-9 00:04

a815648905 发表于 2019-1-8 20:07
老师，请问一下VMD设置成白背景之后，整个界面原子及等值面上有点泛白，没有像您做的图那样颜色鲜亮，请 ...

看此文关于depth cueing的说明
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291（http://bbs.keinsci.com/thread-1206-1-1.html）

作者
Author: a815648905 时间: 2019-1-9 09:49

sobereva 发表于 2019-1-9 00:04
看此文关于depth cueing的说明
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/2 ...

好的，谢谢sob老师的解答。

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-3-8 03:02
请问VMD可以显示单键、双键等形式吗？

作者
Author: 呀芽芽 时间: 2023-11-28 16:22

stecue 发表于 2017-5-19 01:14
如果没有写在vmrc里面，那你必须先运行这个脚本。最好打开Tk console，ls一下看看那个文件在不在当前目录 ...

大佬您好，我打开Tk console，ls了以后发现atmlab.tcl不在当前目录下，想来也肯定不在，因为我不知道该怎么在VMD里通过卢老师说的atmlab.tcl来显示原子编号。想请教一下该怎么写在vmrc里呢？怎么先运行这个脚本呢？求大佬不吝赐教。

作者
Author: 呀芽芽 时间: 2023-11-29 14:56

呀芽芽发表于 2023-11-28 16:22
大佬您好，我打开Tk console，ls了以后发现atmlab.tcl不在当前目录下，想来也肯定不在，因为我不知道该怎 ...

解决啦

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