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标题: 求助：pmemd.cuda报错Unit 9 Error on OPEN: nanobody_solv.inpcrd怎么解决？ [打印本页]

作者
Author: 灵芝5 时间: 2023-8-2 18:20
标题: 求助：pmemd.cuda报错Unit 9 Error on OPEN: nanobody_solv.inpcrd怎么解决？
您好！

我在跑一个蛋白Nb80体系模拟，用的是Amber软件，方法是GaMD。由于本人没有使用过Amber软件，所以不太懂软件运行。

当我输入这条指令：pmemd.cuda -O -i 01_min.in -o 01_min.out -p nanobody_solv.prmtop -c nanobody_solv.inpcrd -ref nanobody_solv.inpcrd -x 01_min.mdcrd -inf 01_min.info -r 01_min.rst
后，出现报错：
Unit 9 Error on OPEN: nanobody_solv.inpcrd
PMEMD Terminated Abnormally!

请问这个怎么解决？输入文件nanobody_solv.inpcrd 、nanobody_solv.prmtop和01_min.in，输出文件01_min.out在附件？

如果您能帮助，将会非常感激。

作者
Author: Serious 时间: 2023-8-3 10:10
1）仔细检查你的command。写错了。

作者
Author: 灵芝5 时间: 2023-8-3 16:20
谢谢解答。
我刚开始用amber软件，不太懂。请问指令哪里有问题？

作者
Author: Serious 时间: 2023-8-4 10:30

灵芝5 发表于 2023-8-3 16:20
谢谢解答。
我刚开始用amber软件，不太懂。请问指令哪里有问题？

1）比如说你的拓扑是nanobody_sol.prmtop，而命令里写的是nanobody_solv.prmtop；就是写错了，没什么别的问题。

作者
Author: 灵芝5 时间: 2023-8-4 21:16
好的，谢谢！

另外想请教一下。用这个指令pmemd.cuda -O -i 06_gamd_1.in -o 06_gamd_1.out -p nanobody_sol.prmtop -c 06_gamd_0.rst -x 06_gamd_1.mdcrd -inf 06_gamd_1.info -r 06_gamd_1.rst跑完了；想把AMBER轨迹文件06_gamd_1.mdcrd转化成gromacs轨迹文件gamd.xtc。

用指令cpptraj -p nanobody_sol.prmtop -y 06_gamd_1.mdcrd -x gamd.trr生成gamd.trr；再用gmx_mpi trjconv -s nanobody.pdb -f gamd.trr -o gamd.xtc生成gamd.xtc文件。

但是在输入cpptraj -p nanobody_sol.prmtop -y 06_gamd_1.mdcrd -x gamd.trr后，出现报错如下图：

请问这是因为什么？

作者
Author: Serious 时间: 2023-8-4 21:36
本帖最后由 Serious 于 2023-8-4 21:40 编辑

灵芝5 发表于 2023-8-4 21:16
好的，谢谢！

另外想请教一下。用这个指令pmemd.cuda -O -i 06_gamd_1.in -o 06_gamd_1.out -p nanobody ...

1）没必要转成GROMACS轨迹文件；
2）若想从amber轨迹文件中，以pdb格式提取某个或某些时间点的轨迹，可参考如下命令：
parm nanobody_sol.prmtop
trajin 06_gamd_1.mdcrd lastframe
autoimage
trajout x.pdb
run
3）详情看AMBER manual；

作者
Author: 灵芝5 时间: 2023-8-5 10:08
谢谢答复！

我试了一下，还是出现同样的报错：

另外，因为我之前一直用的gromacs软件，想着用gromacs分析轨迹会比较熟练，所以想把轨迹转成gromacs的.xtc。请问有其它可以转轨迹的方法吗？

谢谢

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