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标题: 使用multiwfn生成cp2k输入文件后，发现没有对应基组该如何计算呢？ [打印本页]
作者
Author: 1138711019    时间: 2023-8-3 10:25
标题: 使用multiwfn生成cp2k输入文件后，发现没有对应基组该如何计算呢？
最近计算Yb元素合金，在multiwfn程序中生成的输入文件中，Yb的基组为 TZV2PX-MOLOPT-GTH-q34 但是在对应的BASIS_MOLOPT 或者BASIS_MOLOPT_LnPP2  、BASIS_MOLOPT_UCL 都没有发现有对应的基组，想问下，这种基组文件我该去哪里找呢？

此外，我发现基组的价电子是要与赝势匹配的，POTENTIALS赝势文件里面只有q24，要想得到q34 就只有选择 LnPP1_POTENTIALS，但这个关键词不能重复，LnPP1_POTENTIALS对于其他非镧系金属又不能描述，请问这个问题该如何解决呢？

最后，关于这类镧系金属元素，我是否需要加U呢，之前测试U值发现晶格参数越来越大，反而偏离了实验值（还不如不加U，但又怕审稿人问起），也没有找到对应的文献，不知该如何是好。
作者
Author: 乐平    时间: 2023-8-3 11:27
本帖最后由 乐平 于 2023-8-3 11:52 编辑

(1) CP2K 的基组和赝势都在安装目录的 XXXX/cp2k-yy/data 路径里，这里的 XXXX 是你自己的安装路径，yy 代表CP2K 的版本号

cd 进入 XXXX/cp2k-yy/data 路径，然后输入  grep Yb * 就可以查找所有包含 Yb 关键词的文件，你会看到类似于下面的内容。

  1. (base) [clxy_wh@login data]$ grep Yb *
  2. BASIS_MOLOPT_LnPP1:Yb DZV-MOLOPT-SR-GTH
  3. BASIS_MOLOPT_LnPP2:Yb DZVP-MOLOPT-GTH-q11
  4. BASIS_MOLOPT_LnPP2:Yb TZVP-MOLOPT-GTH-q11
  5. BASIS_MOLOPT_LnPP2:Yb TZV2P-MOLOPT-GTH-q11
  6. BASIS_MOLOPT_UCL:Yb SZV-MOLOPT-SR-GTH SZV-MOLOPT-SR-GTH-q24
  7. BASIS_MOLOPT_UCL:Yb DZVP-MOLOPT-SR-GTH DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q24
  8. BASIS_MOLOPT_UCL:Yb TZVP-MOLOPT-SR-GTH TZVP-MOLOPT-SR-GTH-q24
  9. BASIS_MOLOPT_UCL:Yb TZV2P-MOLOPT-SR-GTH TZV2P-MOLOPT-SR-GTH-q24
  10. grep: DFTB: Is a directory
  11. ECP_POTENTIALS:Yb nelec 28
  12. ECP_POTENTIALS:Yb ul
  13. ECP_POTENTIALS:Yb S
  14. ECP_POTENTIALS:Yb P
  15. ECP_POTENTIALS:Yb D
  16. ECP_POTENTIALS:Yb F
  17. ECP_POTENTIALS:Yb G
  18. ECP_POTENTIALS:Yb nelec 54
  19. ECP_POTENTIALS:Yb ul
  20. ECP_POTENTIALS:Yb S
  21. ECP_POTENTIALS:Yb P
  22. ECP_POTENTIALS:Yb D
  23. grep: Fist: Is a directory
  24. GTH_POTENTIALS:Yb GTH-PADE-q24 GTH-LDA-q24 GTH-PADE GTH-LDA
  25. GTH_POTENTIALS:Yb GTH-PBE-q24 GTH-PBE
  26. LnPP1_POTENTIALS:Yb GTH-PBE-q34
  27. LnPP2_POTENTIALS:Yb GTH-PBE-q11
  28. grep: NequIP: Is a directory
  29. grep: NNP: Is a directory
  30. POTENTIAL:Yb GTH-PADE-q24 GTH-LDA-q24 GTH-PADE GTH-LDA
  31. POTENTIAL:Yb GTH-PBE-q24 GTH-PBE
  32. POTENTIAL_UZH:#  70  Yb        54     16
  33. POTENTIAL_UZH:#  70  Yb 16    NA
  34. POTENTIAL_UZH:#  70  Yb 24   -0.003757        0.000872       -0.000721
  35. POTENTIAL_UZH:#  70  Yb 42    NA
  36. POTENTIAL_UZH:Yb GTH-PBE-q16 GTH-GGA-q16
  37. POTENTIAL_UZH:Yb GTH-PBE-q24 GTH-GGA-q24
  38. POTENTIAL_UZH:Yb GTH-PBE-q42 GTH-GGA-q42
  39. POTENTIAL_UZH:#  70  Yb        54     16
  40. POTENTIAL_UZH:#  70  Yb 16    NA
  41. POTENTIAL_UZH:#  70  Yb 24    0.003035       -0.000454       -0.016796
  42. POTENTIAL_UZH:#  70  Yb 42    NA
  43. POTENTIAL_UZH:Yb GTH-SCAN-q16 GTH-MGGA-q16
  44. POTENTIAL_UZH:Yb GTH-SCAN-q24 GTH-MGGA-q24
  45. POTENTIAL_UZH:Yb GTH-SCAN-q42 GTH-MGGA-q42
  46. POTENTIAL_UZH:#  70  Yb        54     16
  47. POTENTIAL_UZH:#  70  Yb 16    NA
  48. POTENTIAL_UZH:#  70  Yb 24   -0.004869        0.000760       -0.000250
  49. POTENTIAL_UZH:#  70  Yb 42    NA
  50. POTENTIAL_UZH:Yb GTH-PBE0-q16 GTH-HYB-q16
  51. POTENTIAL_UZH:Yb GTH-PBE0-q24 GTH-HYB-q24
  52. POTENTIAL_UZH:Yb GTH-PBE0-q42 GTH-HYB-q42
  53. grep: xc_section: Is a directory
  54. xTB_parameters:                    Yb       0.257669   1.200000  0.928901  72.549050   5d   -31.409686 -3.076212   -3.987770 2.907686
复制代码


比如，你可以看到 BASIS_MOLOPT_LnPP1， BASIS_MOLOPT_LnPP2 基组文件里包含 Yb 的基组。

打开 BASIS_MOLOPT_LnPP1 可以看到最开头列出了文献，同理，BASIS_MOLOPT_LnPP2 开头也列出了文献。相比之下，BASIS_MOLOPT_LnPP2 的文献是最新的，应该是最新优化过的基组。对应的是 11 个价电子的 Yb。相应赝势文件是 LnPP2_POTENTIALS，里面也是 11 个价电子的 Yb.

(2) CP2K 可以对元素单独指定基组和赝势，你只需要在 BASIS_SET 和 POTENTIAL 里写对应的文件名就行了，比如

  1.   &DFT
  2.      BASIS_SET_FILE_NAME  BASIS_MOLOPT
  3.      POTENTIAL_FILE_NAME  GTH_POTENTIALS

  5. .................


  8.    &KIND Yb
  9.        ELEMENT Yb
  10.        BASIS_SET  XXXX/cp2k-yy/data/BASIS_MOLOPT_LnPP2/DZVP-MOLOPT-GTH-q11 (如果你想用三zeta基组的话，写 TZVP-MOLOPT-GTH-q11）
  11.        POTENTIAL  XXXX/cp2k-yy/data/LnPP2_POTENTIALS
  12.    &END KIND
复制代码





作者
Author: 1138711019    时间: 2023-8-3 13:28
乐平 发表于 2023-8-3 11:27
(1) CP2K 的基组和赝势都在安装目录的 XXXX/cp2k-yy/data 路径里，这里的 XXXX 是你自己的安装路径，yy 代 ...

谢谢大佬详细的回答，对于第一个问题，我采用的是BASIS_MOLOPT_UCL : Yb  TZV2P-MOLOPT-SR-GTH-q24，比较好奇multiwfn是怎么写出了 TZV2PX-MOLOPT-GTH-q34 的，我以为有，但自己又一直没找到对应的基组文件。

第二个问题就是我在元素部分定义了基组和赝势，还需要再&DFT部分再定义吗，二者会不会冲突呢
作者
Author: 乐平    时间: 2023-8-3 16:11
1138711019 发表于 2023-8-3 13:28
谢谢大佬详细的回答，对于第一个问题，我采用的是BASIS_MOLOPT_UCL : Yb  TZV2P-MOLOPT-SR-GTH-q24，比较 ...

(1) 自己确认一下是保险的，Multiwfn 有 bug 的话，跟社长反馈，他会很快更新。

(2) 看 CP2K 官方文档，https://manual.cp2k.org/cp2k-202 ... BASIS_SET_FILE_NAME

&DFT
&BASIS_SET_FILE_NAME 可以重复
&POTENTIAL_FILE_NAME 不能重复，需要仔细挑选
作者
Author: sobereva    时间: 2023-8-3 17:06
1138711019 发表于 2023-8-3 13:28
谢谢大佬详细的回答，对于第一个问题，我采用的是BASIS_MOLOPT_UCL : Yb  TZV2P-MOLOPT-SR-GTH-q24，比较 ...

Multiwfn根据你选的基组的名字和元素自动产生基组名，实际基组文件里没定义的就自己改。

不能简单说加不加U，要看具体加多少，加0.001和没加一样。
如果没有适合的、专门用于你研究的问题对应的已知的Ueff参数就甭加，否则可能有害无益。
作者
Author: 1138711019    时间: 2023-8-3 17:30
乐平 发表于 2023-8-3 16:11
(1) 自己确认一下是保险的，Multiwfn 有 bug 的话，跟社长反馈，他会很快更新。

(2) 看 CP2K 官方文档 ...

好的好的，谢谢您~
作者
Author: 1138711019    时间: 2023-8-3 17:30
sobereva 发表于 2023-8-3 17:06
Multiwfn根据你选的基组的名字和元素自动产生基组名，实际基组文件里没定义的就自己改

好的，我以后多留意一下这个，谢谢社长~
作者
Author: ms860309    时间: 2023-8-3 23:25
本帖最后由 ms860309 于 2023-8-3 23:29 编辑

借題詢問一下，我想使用PBE/pob-DZVP-rev2，如下做了定義
basis set是在這邊下載的 https://www.chemiebn.uni-bonn.de ... /software/ssc_basis

(, 下载次数 Times of downloads: 22)

input file則是作如下修改

(, 下载次数 Times of downloads: 23)

但執行時卻會出現這個錯誤
(, 下载次数 Times of downloads: 25)

想問問我哪邊弄錯了
作者
Author: 乐平    时间: 2023-8-3 23:45
ms860309 发表于 2023-8-3 23:25
借題詢問一下，我想使用PBE/pob-DZVP-rev2，如下做了定義
basis set是在這邊下載的 https://www.chemiebn. ...

从报错的信息看，程序希望获得你的 pob-DZVP-rev2 文件中第三行，第一列是整数，但是发现非整数的字符。

可能你下载的文件格式不是 Linux 格式?  换行符是 Windows 的？

你可以在命令行输入
  1. vi -b pob-DZVP-rev2
复制代码

查看一下文件，如果出现特殊符号，说明是格式问题。

如果的集群里有 dos2unix 工具，可以直接在命令行输入
  1. dos2unix pob-DZVP-rev2
复制代码

转换格式
作者
Author: ms860309    时间: 2023-8-4 00:17
乐平 发表于 2023-8-3 23:45
从报错的信息看，程序希望获得你的 pob-DZVP-rev2 文件中第三行，第一列是整数，但是发现非整数的字符。
...

感謝回覆

並沒有看到有特殊的符號 or 換行 如\n這種
cluster上沒有dos2unix，但是裝了win版轉換後丟上去狀況一樣
似乎不是這方面問題
作者
Author: ms860309    时间: 2023-8-19 01:33
ms860309 发表于 2023-8-4 00:17
感謝回覆

並沒有看到有特殊的符號 or 換行 如\n這種

更新一下
使用CP2K github上面新的BASIS_pob已經有包含rev2
且能正常使用
https://github.com/cp2k/cp2k/blob/master/data/BASIS_pob



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