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标题: 求助请教一下PyMOL中如何通过晶体学对称产生其他亚基 [打印本页]

作者
Author: charmm36 时间: 2023-8-3 11:56
标题: 求助请教一下PyMOL中如何通过晶体学对称产生其他亚基
各位老师和前辈，打扰了，目前我研究的蛋白（8ayz.pdb，https://www.pdbus.org/structure/8AYZ）在一个不对称单位中只有一个拷贝，但实际上它有60个拷贝，如下图。请问在PyMOL中输入什么命令可以将一个拷贝变成60个拷贝？非常感谢！

作者
Author: abdoman 时间: 2023-8-3 16:39
不是有晶体结构吗？去RSCB-下载页面选择-biological assembly

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-3 17:50
直接下载完整结构

(, 下载次数 Times of downloads: 36)

作者
Author: charmm36 时间: 2023-8-3 21:39

abdoman 发表于 2023-8-3 16:39
不是有晶体结构吗？去RSCB-下载页面选择-biological assembly

谢谢谢谢！以前不知道这个。

作者
Author: charmm36 时间: 2023-8-3 21:41

sobereva 发表于 2023-8-3 17:50
直接下载完整结构

嗯嗯！非常感谢sob老师! 提供的附图非常清楚。

作者
Author: charmm36 时间: 2023-8-3 22:33

sobereva 发表于 2023-8-3 17:50
直接下载完整结构

Sob老师，再请教一下，按您的指点，我把Biological Assembly的PDB下载下来了，但用PyMOL查看，发现它把60个拷贝分成了60 states，一次只能看到一个拷贝，请问如何能看到60个拷贝装配成的颗粒呢？

作者
Author: charmm36 时间: 2023-8-3 22:36

abdoman 发表于 2023-8-3 16:39
不是有晶体结构吗？去RSCB-下载页面选择-biological assembly

Biological assembly里把60个拷贝分成了PyMOL中的60个states，咋弄呢？还望进一步指教！谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-4 00:32

charmm36 发表于 2023-8-3 22:33
Sob老师，再请教一下，按您的指点，我把Biological Assembly的PDB下载下来了，但用PyMOL查看，发现它把60 ...

自己修改pdb文件，把切分成不同的帧的字段去掉。如果用VMD看，还可以直接把所有帧的结构同时叠加显示出来。

作者
Author: charmm36 时间: 2023-8-4 09:08

sobereva 发表于 2023-8-4 00:32
自己修改pdb文件，把切分成不同的帧的字段去掉。如果用VMD看，还可以直接把所有帧的结构同时叠加显示出来 ...

懂了。好的，谢谢Sob老师！

作者
Author: abdoman 时间: 2023-8-16 23:25

charmm36 发表于 2023-8-3 22:36
Biological assembly里把60个拷贝分成了PyMOL中的60个states，咋弄呢？还望进一步指教！谢谢！

pymol里面 split_states 可以直接把60个states 转换成60个对象。

作者
Author: charmm36 时间: 2023-8-21 22:50

abdoman 发表于 2023-8-16 23:25
pymol里面 split_states 可以直接把60个states 转换成60个对象。

受教了，谢谢

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