计算化学公社

标题: 求助：添加非标准残基时报错找不到残基 [打印本页]

作者
Author: miaohaha 时间: 2023-8-3 14:41
标题: 求助：添加非标准残基时报错找不到残基
各位老师好，近期我希望使用gromacs对一个修饰后的dsDNA进行模拟，生成残基文件的过程参照了：对有非标准残基的蛋白质做蛋白质-配体分子动力学 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)此篇文章。
但是在对residuetypes.dat文件进行修改这一步，因为我使用的是学校的HPC cluster，无法直接在安装路径下修改文件，所以我将 $GMXDATA/top 整个文件夹复制到了个人的主目录上，命名为 $HOME/gmxlib。然后将个人目录里的residuetypes.dat进行了修改，使用export gmxlib = "$HOME/gmxlib"更改了环境，并且 echo $gmxlib 时显示的确实是设置的本地路径。
可是此时运行“pdb2gmx”时依然报错：（使用amber14sb_OL15力场，里面的atomtype，ffnonbonded等文件按照要求修改过）

Warning: Starting residue BY A4 in chain not identified as Protein/RNA/DNA.
Problem with chain definition, or missing terminal residues.
This chain does not appear to contain a recognized chain molecule.
If this is incorrect, you can edit residuetypes.dat to modify the behavior.
8 out of 8 lines of specbond.dat converted successfully

Fatal error:
Residue 'BY A' not found in residue topology database

想请教各位老师这是否是路径设置依旧不正确的问题？相关的文件我添加在了附件，包括了修改后的residuetypes.dat，非标准残基的rtp文件by.rtp，以及输入进pdb2gmx的大分子文件aug_ds.pdb
感谢各位老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-3 18:12
gmxlib和GMXLIB是两码事

作者
Author: miaohaha 时间: 2023-8-4 14:22

sobereva 发表于 2023-8-3 18:12
gmxlib和GMXLIB是两码事

感谢老师指出，这里确实有误！
但是我修改过后依旧报同样的错误，而且我不能理解的是我设置的残基名字明明是BY，它的报错中出现的总是BY A，难道是把PDB文件中的chain A识别成了BY A这个残基名字吗？
再次感谢老师！

作者
Author: miaohaha 时间: 2023-8-7 10:29

miaohaha 发表于 2023-8-4 14:22
感谢老师指出，这里确实有误！
但是我修改过后依旧报同样的错误，而且我不能理解的是我设置的残基名字明 ...

解决了，后续检查发现是pdb文件修改后导致的格式问题！

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