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标题: 求助：模拟丙氨酸二肽，水跑到盒子外面怎么解决？ [打印本页]

作者
Author: 灵芝5 时间: 2023-8-3 16:18
标题: 求助：模拟丙氨酸二肽，水跑到盒子外面怎么解决？
您好，

我刚开始用AMBER软件，参照官网示例，试了丙氨酸二肽的模拟。模拟结束后，把amber的03_Prod.nc轨迹文件，转成了gromacs的xtc，之后取每隔10ps的pdb。

但是在pdb中，我发现盒子里的水逐渐跑到盒子外面了。请问这个是因为什么？怎么解决？

01_Min.in、02_Heat.in、03_Prod.in在附件。

谢谢解答！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-3 17:51
cpptraj里修正轨迹，按照周期性记录轨迹

作者
Author: 灵芝5 时间: 2023-8-3 20:28
感谢卢老师答复。

我是刚开始使用AMBER软件跑轨迹，所以有很多不懂。请问卢老师，怎么用cpptraj里修正轨迹，让体系分子在盒子中间？

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