计算化学公社

标题: 求助：如何同时计算redocking后多个pose与原共结晶配体的rmsd [打印本页]

作者
Author: kxy 时间: 2023-8-3 16:19
标题: 求助：如何同时计算redocking后多个pose与原共结晶配体的rmsd
把蛋白的原共结晶配体提取出来后做重对接，如何同时计算对接生成的十个构象与原配体的rmsd呢，利用pymol和vmd似乎只能一个一个来

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-3 17:52
自己写VMD tcl脚本调用VMD的计算RMSD的命令，循环各个ID，自动输出每个的RMSD

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）ppt：

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作者
Author: kxy 时间: 2023-8-4 10:00

sobereva 发表于 2023-8-3 17:52
自己写VMD tcl脚本调用VMD的计算RMSD的命令，循环各个ID，自动输出每个的RMSD

参考北京科音分子动力学与 ...

嗯嗯好的，谢谢sob老师，我试着写一下

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