计算化学公社

标题: 求助CP2K分子动力学模拟的程序升温和淬火，输入文件应该怎么写，设置哪些关键词呢？ [打印本页]

作者
Author: 不守戒律花和尚 时间: 2023-8-4 10:25
标题: 求助CP2K分子动力学模拟的程序升温和淬火，输入文件应该怎么写，设置哪些关键词呢？
想求助一下各位老师，导师让我看看CP2K在跑分子动力学模拟时，能否做程序升温和淬火？输入文件应该怎么写，设置哪些关键词呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-4 15:19
帖子标题不得乱用叹号，置顶的新社员必读贴以及http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html都明确说了。这次给你改了，下次乱用叹号直接删帖扣分处理。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-4 15:39
北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里详细讲了

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作者
Author: 不守戒律花和尚 时间: 2023-8-4 20:27
谢谢社长，那这个退火的输入文件能用multiwfn程序来生成吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-4 22:17

不守戒律花和尚发表于 2023-8-4 20:27
谢谢社长，那这个退火的输入文件能用multiwfn程序来生成吗？

Multiwfn产生的动力学的输入文件里都预留了关键词，根据实际需要改就完了

如果是明确问我，必须点击回帖下面的“回复”按钮，否则我大概率看不到

作者
Author: 不守戒律花和尚 时间: 2023-8-5 10:00

sobereva 发表于 2023-8-4 22:17
Multiwfn产生的动力学的输入文件里都预留了关键词，根据实际需要改就完了

如果是明确问我，必须点击回 ...

谢谢社长。但是我还是没太明白，想再次请教一下您。比如我想先升温到800K，是直接设置TEMPERATURE 800吗？程序会经过多久升温到此温度？随后我再想退火到298K，是需要再建立新的任务重新跑还是在同一个任务中吗？退火温度用什么关键词设置？TEMPERTURE_ANNEALING设置默认就行吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-5 17:31

不守戒律花和尚发表于 2023-8-5 10:00
谢谢社长。但是我还是没太明白，想再次请教一下您。比如我想先升温到800K，是直接设置TEMPERATURE 800吗 ...

如果输入文件里没直接定义初速度（&VELOCITY），说明初始温度将为800K，控温也控在800K
如果初速度对应其它温度，多久升到相应温度没法人为控制

对于用CSVR热浴的情况，你只能通过定义初速度（对应初始温度）和控温的目标温度来实现温度的变化，期间实际温度怎么变不可控、该怎么变就怎么变，理解热浴的原理自然知道。也没法设定参考参考温度怎么变化。

ppt里明确说了，TEMPERTURE_ANNEALING仅对于不常用的langevin热浴生效，对常用的CSVR热浴无效

作者
Author: 不守戒律花和尚 时间: 2023-8-5 19:15

sobereva 发表于 2023-8-5 17:31
如果输入文件里没直接定义初速度（&VELOCITY），说明初始温度将为800K，控温也控在800K
如果初速度对应 ...

感谢社长，那如果初始温度用TEMPERATURE来设置，升温或降温的目标温度设置应该用什么关键词呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-5 19:47

不守戒律花和尚发表于 2023-8-5 19:15
感谢社长，那如果初始温度用TEMPERATURE来设置，升温或降温的目标温度设置应该用什么关键词呢？

前面明确说了，如果不用&VELOCITY自定义初速度来设置初始速度，初速度和控温参考温度同时由TEMPERATURE决定

作者
Author: 不守戒律花和尚 时间: 2023-8-5 20:13

sobereva 发表于 2023-8-5 19:47
前面明确说了，如果不用&VELOCITY自定义初速度来设置初始速度，初速度和控温参考温度同时由TEMPERATURE决 ...

还是没太明白，就是我设置温度TEMPERATURE为298K，这是初始温度，但是我要升温到800K，这个800应该用什么关键词呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-5 20:16

不守戒律花和尚发表于 2023-8-5 20:13
还是没太明白，就是我设置温度TEMPERATURE为298K，这是初始温度，但是我要升温到800K，这个800应该用什么 ...

显然temperature 800，都说了temperature关键词决定热浴的参考温度
你问的都是我前面就已经回复过的和ppt里充分体现的问题
从头到尾一个字一个字领会我的回复

作者
Author: 不守戒律花和尚 时间: 2023-8-5 20:17
本帖最后由不守戒律花和尚于 2023-8-5 20:19 编辑

sobereva 发表于 2023-8-5 20:16
显然temperature 800，都说了temperature关键词决定热浴的参考温度
你问的都是我前面就已经回复过的和pp ...

好的，谢谢社长, 我再理解理解

作者
Author: a386514315 时间: 2024-5-24 19:43

sobereva 发表于 2023-8-5 17:31
如果输入文件里没直接定义初速度（&VELOCITY），说明初始温度将为800K，控温也控在800K
如果初速度对应 ...

请问社长，按照您的帖子的回复 http://bbs.keinsci.com/forum.php ... cp2k%2B%C9%FD%CE%C2，应该是从0K开始升温，那么在0K，需要跑一下MD（对应您的回复http://bbs.keinsci.com/thread-29841-1-1.html）或者单点获得初速度吗？还是说0K的各个原子初速度分量都为0？谢谢您

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-25 04:08

a386514315 发表于 2024-5-24 19:43
请问社长，按照您的帖子的回复 http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=27750&highlight=c ...

初速度若对应0K，显然所有原子初速度就都为0
0K下体系没有任何动能，精确维持在0K的情况根本没法跑MD

作者
Author: a386514315 时间: 2024-5-25 11:06

sobereva 发表于 2024-5-25 04:08
初速度若对应0K，显然所有原子初速度就都为0
0K下体系没有任何动能，精确维持在0K的情况根本没法跑MD

谢谢社长！

作者
Author: mayya 时间: 2024-11-20 10:37

sobereva 发表于 2024-5-25 04:08
初速度若对应0K，显然所有原子初速度就都为0
0K下体系没有任何动能，精确维持在0K的情况根本没法跑MD

社长，请问我的理解是否正确？如果需要获取从300K升温到3000K的整个过程。
第一步：在300K下跑NVT获取原子的速度。
第二步：将TEMPERATURE设置为3000K，VELOCITY部分改成300K时候的原子速度，CSVR热浴，NPT。
这样是否能获取整个升温过程的数据？我的目的是想要获取不同温度下的分子轨迹用于后续的deepmd训练，这样是否能满足要求？

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-11-20 10:59
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2024-11-20 11:00 编辑

mayya 发表于 2024-11-20 10:37
社长，请问我的理解是否正确？如果需要获取从300K升温到3000K的整个过程。
第一步：在300K下跑NVT获取原 ...

这样输出的分子动力学轨迹确实会体现升温，但是升温速度只能靠时间常数间接控制，每个温度下的轨迹长度并不统一，而且升温过程并非平衡的（关于平衡见社长博文http://sobereva.com/627）。

如果“获取不同温度下的分子轨迹用于后续的deepmd训练”要求每个温度都充分平衡且有足够长度的产生相轨迹来当成数据的话，我估计只能设定多个温度分别跑平衡相和产生相了。

顺便留一个其他相关讨论帖的链接

作者
Author: fangyl 时间: 2024-11-28 10:58

sobereva 发表于 2023-8-5 17:31
如果输入文件里没直接定义初速度（&VELOCITY），说明初始温度将为800K，控温也控在800K
如果初速度对应 ...

请问社长，用CSVR热浴，NVT，如果初始速度由300k弛豫的温度下得到，restart文件改为inp之后，在600k下跑，每个原子的速度方向会改变吗，还是在原来速度方向是乘了个缩放因子，感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-28 12:06

fangyl 发表于 2024-11-28 10:58
请问社长，用CSVR热浴，NVT，如果初始速度由300k弛豫的温度下得到，restart文件改为inp之后，在600k下跑 ...

方向不会改变

作者
Author: fangyl 时间: 2024-11-28 14:35

sobereva 发表于 2024-11-28 12:06
方向不会改变

谢谢老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)