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标题: 纯有机溶液是否有必要添加位置限制？ [打印本页]

作者
Author: Cclown 时间: 2023-8-4 22:12
标题: 纯有机溶液是否有必要添加位置限制？
如题，最近在做将蛋白质扔进有机溶剂里观察其rmsf，之前都是扔进水盒子里进行模拟的。
因为是自己弄得top和itp文件，在溶剂化那步直接将有机分子当水填充进去。
学着别人用genrestr获得其该有机分子结构的posre文件，将引用该文件的信息填入了有机分子的拓扑itp文件末尾

在能量最小化和NVT平衡的时候都没有出现问题，但在NPT跑完后观察数据发现，压力在短暂的波动后，恒定在了0的位置（一条直线，一看就不正常）。

所以在只有纯溶质，连水分子都没有添加的盒子中，是否还需要添加这个位置限制信息呢？
这种位置限制信息，是否只有在做配体的时候才需要呢？如果我里面再加了水分子或者其他小分子，是不是仍旧需要添加这个posre文件呢？
而且之前我在没有添加位置信息的时候，跑了原始蛋白质和其突变体，他们的rmsf的波动并不能很好的只在几个地方进行波动，有些地方的波动非常异常。这块的模拟我是跑了5000ps，2500000 steps。

球球大佬们给我解个惑。

作者
Author: Cclown 时间: 2023-8-4 22:42
后面更改了有机小分子itp中的，位置限制索引信息，将posres改成POSRES_CHO最后跑出来了，压力平衡到了-4，是正常的波动了
不太知道为啥，可能是因为，没有后面的索引他定位了所有的位置限制？混淆了？
那我跑NVT和之前没加蛋白的时候跑纯溶质体系平衡的时候，为啥没有报错呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-5 01:40
搞清楚模拟蛋白质体系位置限制加的目的是什么。显然无论你用什么溶剂，位置限制只需要给蛋白质加

作者
Author: Cclown 时间: 2023-8-5 19:33

sobereva 发表于 2023-8-5 01:40
搞清楚模拟蛋白质体系位置限制加的目的是什么。显然无论你用什么溶剂，位置限制只需要给蛋白质加

好的，谢谢老师，我后面也想明白其实不该加这个位置限制

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