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标题: 请大家帮忙推荐适合作为存储服务器的机架式服务器 [打印本页]
作者
Author: Sollovin    时间: 2023-8-7 00:19
标题: 请大家帮忙推荐适合作为存储服务器的机架式服务器
本帖最后由 Sollovin 于 2023-8-7 00:30 编辑

目前研究所有一个公共的计算集群，包含一个登录节点，一个存储节点（30T），几十个计算节点。
最近我们组有个同学的计算需要比较大的存储空间，原来的存储空间已经用得差不多了，我们老板决定买一个存储节点加到集群里去。
现在我们计划的方案是买一个多盘位的机架式服务器加 4 块 16T 机械硬盘装 TrueNAS 组 RAID-Z1（得到 48T），如果后续有需求再往里面加硬盘。

由于并不是私人使用所以不能考虑捡垃圾。需要使用学校的公开招标平台。请大家帮忙推荐合适的服务器型号。

额外的，我自己不太能判断的点有：
1. 是否可以考虑群晖等成品方案？（优点是便于小白维护，缺点是性价比不高。）
2. 是否可以考虑将机架式换成塔式获取更高的性价比？（我们已有独立机房）
3. 是否应该直接使用 RAID 卡而非 TrueNAS 提供的 ZFS 方案？
4. 是否应该配置固态硬盘作为缓存？

也请大家帮忙提提建议。

作者
Author: Entropy.S.I    时间: 2023-8-7 11:08
本帖最后由 Entropy.S.I 于 2023-8-7 12:00 编辑

几十个计算节点用30TB，令人无语的配置。最近我给某单位设计的一套HPC，7680+1152+64 CPU核，192+8 GPU卡，也是几十个计算节点，光NVMe存储就160TiB，主存储1.5PB。

Synology完全不适用于HPC存储，绝对不要考虑之，否则用户体验生不如死。

TrueNAS也非常不合适，没有RDMA。

机架式和塔式都有盘位巨多的准系统方案或ATX标准机架式机箱，既然有机房，DIY用机架式即可，不能DIY也可找专业的商家提供准系统方案。

几十个计算节点，建议使用并行分布式存储+并行文件系统。

如果对存储IO需求非常低，硬要用单机（根据你的描述，估计基本不能指望你们使用并行分布式存储），请务必考虑可以使用RDMA的操作系统，事实上最方便的反而是Debian、Ubuntu等，而非专门的NAS操作系统。使用OpenZFS，组多个RAID Z1 vdev条带化即可。不需要太高的高可用性，如果要考虑数据安全，请使用定时冷备份，而不是依靠表面上高冗余度的硬盘阵列。不推荐使用传统的硬件RAID卡，因为性能相较于RAID Z没有显著优势。如果是大量NVMe SSD的RAID，那么完全不推荐传统硬件RAID卡，建议考虑GPU加速RAID，性能远强于任何传统RAID方案，前面提到的我设计的HPC，NVMe存储用的就是GPU加速RAID。

SSD缓存非常有必要，单机就用单块NVMe SSD L2ARC + 双块老Optane SSD ZIL，使用L2ARC的前提是RAM已经堆到存储空间的千分之一以上且已经无法继续增加。如果是并行分布式存储，首先应该有独立的RAID 1 （或10）NVMe SSD阵列作为Metadata节点，然后再考虑各个target的配置，target的配置类似于单机方案。
作者
Author: abin    时间: 2023-8-7 12:46
要么找曙光，浪潮购买，
要么找二楼定制。

前提是，当初这套集群采用的什么架构方案，
采用的什么网络？

如果网络很菜，再高大上的存储产品，
都没有用武之地。
作者
Author: MKai    时间: 2023-8-7 15:38
群晖的系统比较便于存储，同时可开私有云，传输速度也较快
考虑定制的话也可以用超微的存储系列，多盘位的机器，都可以私信了解
作者
Author: beowulf    时间: 2023-8-7 15:39
Entropy.S.I 发表于 2023-8-7 11:08
几十个计算节点用30TB，令人无语的配置。最近我给某单位设计的一套HPC，7680+1152+64 CPU核，192+8 GPU卡， ...

没什么无语的，很多量化/vasp用户对io的需求就是这么低。

单个的计算的输入/输出结果以KB和MB计算。
作者
Author: Entropy.S.I    时间: 2023-8-7 16:25
本帖最后由 Entropy.S.I 于 2023-8-7 16:26 编辑
beowulf 发表于 2023-8-7 15:39
没什么无语的，很多量化/vasp用户对io的需求就是这么低。

单个的计算的输入/输出结果以KB和MB计算 ...

等不够用时再来扩，你就知道有多头疼了。哪怕是分布式存储，扩容都远没有有些人想象的简单。

不考虑矿潮期间的波动，这3年HDD价格几乎没有下降，未来很长一段时间也不可能大幅降价，除非SSD真正做到和HDD一样的容量和价格。一次性把大容量配好才是正道。
作者
Author: Sollovin    时间: 2023-8-7 17:19
本帖最后由 Sollovin 于 2023-8-7 17:53 编辑

不愧是坛友们，对性能都很有追求。
但是我们这个集群吧，情况其实比较尴尬。我们这边虽然看似有这么多机器，但其实是从2015开始陆陆续续添置起来的。内网只有千兆，一开始是只有一个4T的登录节点同时作为存储节点的，19年我们老板才出钱加上了一个30T的存储节点。在我接手管理之前是浪潮做的一套集群系统，因为中了挖矿病毒，我就基于 OpenHPC 重新做了集群系统。所以，我们集群现在是有大量新旧设备共存的状态。
更麻烦的是，集群并不是某一个老师的，很多老师都往里加了计算节点，但老师们其实不关心性能，他们只要能用就行。所以在这种情况下，我能做的比较有限。

总结大家的建议，可能还是用机架式服务器比较好。
至于系统，请教 @Entropy.S.I ，如果不做跨节点计算，千兆内网有配置 RDMA 的必要吗？
作者
Author: Entropy.S.I    时间: 2023-8-7 17:53
本帖最后由 Entropy.S.I 于 2023-8-7 17:58 编辑
Sollovin 发表于 2023-8-7 17:19
不愧是坛友们，对性能都很有追求。
但是我们这个集群吧，情况其实比较尴尬。我们这边虽然看似有这么多机器 ...

和我本科课题组情况类似。

这种情况，就是纯粹的一大堆单机，完全不考虑跨节点并行。估计有些节点还是用本地硬盘跑计算任务的。

简单做个带2-4个10G网口的TrueNAS，搭配一台48*1G+若干10G的二层交换机（例如H3C S5048X-EI），NAS到交换机这段做一下链路聚合即可。也没必要考虑RDMA了，千兆Eth搞不了RDMA。

买一套12盘位及以上的机器，盘一次性插满，RAM容量根据存储空间决定，至少要达到存储容量的千分之一以上，否则之后的L2ARC没意义。加上NVMe SSD做L2ARC，L2ARC容量在存储空间的千分之五到百分之一之间。然后去淘宝自费捡两个白菜价的16GB Optane做ZIL，这样就差不多了。最后上tb自费捡两个二手双口10G网卡，100来块钱一个。

顺便说下，RAID Z不要给单个vdev用太多盘，根据ZFS文档，单个vdev用3-9个HDD为佳，更多的盘建议组多个vdev然后条带化。
作者
Author: AIchaosuan666    时间: 2023-8-7 17:56
Sollovin 发表于 2023-8-7 17:19
不愧是坛友们，对性能都很有追求。
但是我们这个集群吧，情况其实比较尴尬。我们这边虽然看似有这么多机器 ...

有机房并且是增加节点那肯定是机架式的
像这种情况我之前在北工大碰到过 我们可以把你现有的节点做一个整合统一管理
作者
Author: abin    时间: 2023-8-7 18:00
有两大聪明
第一类
以太网用RDMA，


第二类
使用机械硬盘划出来80GB做SWAP，
用交换分区顶替物理内存使用。

也不是不能用，就是慢嘛……


话说回来，楼主描述的集群，
是典型的本地读写，单机多核心并行计算集群。

用户存储空间，只是用来存放计算结果，
而非存放计算读写数据。

存储是用来放数据而已，基本不用来做I/O，
所以，即便通过PCIe卡，接八个SATA硬盘，
SoftRAID，依旧能解决问题。

如果是计算读写空间不足，那需要考虑给每台机器，
升级安装一个大容量固态，比如2TB 4TB固态，是每台机器都需要。

显然，这套集群，
脚本应该限定，所有计算，单台多核心，并且本地读写，
否则卡死。


我们课题组的集群， 就是这么搞的。
存储/登录/管理一台8核心机器搞定， SoftRAID+HDD
集群网络千兆以太网， 限定所有计算都在计算节点读写。

常年， 登录管理节点， 负载低于1.0。
登录节点， 网络流量峰值100MB/s， 大多数时候， 基本没有流量。

每台机器， 配置固态硬盘， 所有计算运行顺畅。
当然， 只能单节点多核心并行。

为何采用这种模式， 没钱。 搞成这种模式后， 管理维护比较方便。
作者
Author: Sollovin    时间: 2023-8-7 18:45
Entropy.S.I 发表于 2023-8-7 17:53
和我本科课题组情况类似。

这种情况，就是纯粹的一大堆单机，完全不考虑跨节点并行。估计有些节点还是 ...

是的，感觉只能这样了，建议非常具体，万分感谢！
作者
Author: Sollovin    时间: 2023-8-7 18:47
abin 发表于 2023-8-7 18:00
有两大聪明
第一类
以太网用RDMA，

很好的建议。如果配成像你们课题组那样，那计算节点上的数据与存储节点上的数据可以自动迁移吗？
作者
Author: abin    时间: 2023-8-7 20:25
Sollovin 发表于 2023-8-7 18:47
很好的建议。如果配成像你们课题组那样，那计算节点上的数据与存储节点上的数据可以自动迁移吗？

全自动。

这里有我们使用的调度脚本。

gitee.com/hpc4you/redstar
作者
Author: Sollovin    时间: 2023-8-8 11:14
abin 发表于 2023-8-7 20:25
全自动。

这里有我们使用的调度脚本。

好的，我看下，谢谢
作者
Author: myemo    时间: 2023-8-15 10:52
我们这边也是类似的情况，前不久刚扩容了，上了一个二线品牌的4U36盘位服务器，品牌就不说了，免得广告，配置是三代4310处理器+128G内存+16块16T的银河盘+2个SSD，交换机也是千兆48口的，但是有2个万兆扩展口，把服务器接万兆，TrueNas搞了RAIZ2，zfs共享，实际上能跑带800多M,很满足了，比之前那个千兆的快了差不多7-8倍。
什么RDMA,分布式，冷热数据，什么RTX IO DirectStorage ，Graid,我们也想上。
但老板就那么点预算，有钱多不如买2块硬盘多加2块GPU跑得快点，不用老是抢任务。
我觉得还是看预算，统一集采有钱就上高大上点的，项目制没钱就实用为主，买个二线的服务器+SSD缓存自己搞个系统先跑起来完成项目，无非就是快点慢点，使用简单点复杂点的问题，先解决有无，再讨论其他。担心计算结果安全性问题，我这边基本自己导到老存储归档，或者自己再次备份到外部存储。
作者
Author: Sollovin    时间: 2023-8-19 16:42
myemo 发表于 2023-8-15 10:52
我们这边也是类似的情况，前不久刚扩容了，上了一个二线品牌的4U36盘位服务器，品牌就不说了，免得广告，配 ...

是的，我们最后也配了个差不多的，哈哈。2颗4210，8块16T机械加2块SSD做缓存。

额外问下，你们文件共享是用 NFS 还是 SAMBA？我在虚拟机上测试 TrueNAS 上的 NFS 共享时遇到点问题。
我们集群的账号是通过 NIS（YP） 共享的，TrueNAS 上配 NIS 老是不成功，导致分享出来的 NFS 目录没有写权限。
作者
Author: RES    时间: 2024-7-8 11:24
您好，借楼问一下：我们计算的结果或者是临时文件如何存储到存储服务器，我看服务器一直有个45T的盘没用到，但是计算的那个盘却满了，无法计算，需要一直清临时文件。



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