计算化学公社

标题: 求助：伞形抽样窗口模拟时报牵引距离超过模拟盒子z轴1/2长度 [打印本页]

作者
Author: chanchan 时间: 2023-8-7 16:45
标题: 求助：伞形抽样窗口模拟时报牵引距离超过模拟盒子z轴1/2长度
本帖最后由 chanchan 于 2023-8-7 16:45 编辑

各位老师好！
我在进行伞形抽样模拟的第二步：单独窗口模拟时出现牵引距离超出模拟盒子1/2错误。
使用的是色氨酸与DOPE磷脂双分子平面膜来进行跨膜模拟
我的具体步骤如下：
1、使用distance类型将色氨酸从膜下方牵引到膜上方，并生成初始构型，具体参数见图牵引参数
(, 下载次数 Times of downloads: 7)
2、沿反应坐标间隔0.2nm生成模拟窗口，并对其进行单独模拟，一共生成了32个窗口
3、先对每个窗口进行0.5ns的npt预平衡，然后再进行10ns的成品模拟，具体mdp参数如下
(, 下载次数 Times of downloads: 7) (, 下载次数 Times of downloads: 6)
出现问题：
前27个窗口正常运行，最后5个窗口在npt预平衡时出现牵引距离超出模拟盒子1/2错误。 (, 下载次数 Times of downloads: 4)

请教各位老师如何解决此问题呢

作者
Author: emmmmm 时间: 2024-5-24 09:44
我之前也出现过这样的问题，我把盒子尺寸变大就好了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)