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标题: 在em时提示原子有重叠，请问怎样消除（POPC膜） [打印本页]

作者
Author: Ashoreeeeee 时间: 2023-8-7 16:55
标题: 在em时提示原子有重叠，请问怎样消除（POPC膜）
各位老师好，我正在构建一个14*14*2=392个磷脂分子的POPC单一磷脂双分子层。
是根据GROMACS初级班的《补充内容：实例：DMPC+POPC混合膜的模拟》中的操作进行的。

在em是出现了如下报错（以前模拟蛋白质时也出现过类似问题，用amber跑一下就行了，这个是膜，不知道该怎么弄了）
Energy minimizatiion has stopped because the force on at least one atom is not finite.This usually means atoms are overlapping.

我见别的帖子有sob老师回复说是因为初始结构或者top文件不合理，初始结构其实我调整过，使用genmixmem程序时使盒子边长更大（即磷脂更松散），第一层和第二层磷脂分子的定位原子的z轴坐标增大（使上下层磷脂分子相距更远），但仍然出现了同样的问题。是因为我盒子和z轴坐标拉的还不够大吗？

上传的附件：
抱歉本来想上传pdb文件一类的，但是文件太大了无法上传
就上传一个genmixmem程序的input文件请各位老师看一下是否是最初的设置有问题。
因为单个的POPC磷脂文件是从课程的文件包里直接获取的，生成的392个磷脂组成的磷脂双分子膜后续的加盒子，调整z坐标，加水，把疏水层的水去掉，都和课程上的步骤一模一样。

但却在em时出现了分子重叠的错误，需要再把input文件里的边长和定位原子间的距离增大吗？
如果增大了也不行呢？膜是否也可以用amber用能量最小化处理一下重叠？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-8 02:25
论坛首页公告栏说了，诸如pdb这种文本文件，如果较大必须压缩后再试图上传

不一定是结构有问题，也可能拓扑文件有问题，或者拓扑文件和结构文件不对应（分子顺序不对应，或每个分子里的原子顺序不对应）。近距离接触的可能性通过让genmixmem把结构建得更松散再重试就可以判断。

完全用不着借助amber

作者
Author: Ashoreeeeee 时间: 2023-8-17 12:58

sobereva 发表于 2023-8-8 02:25
论坛首页公告栏说了，诸如pdb这种文本文件，如果较大必须压缩后再试图上传

不一定是结构有问题，也可能 ...

感谢sob老师的回答。
把膜的结构调整的更松散了，目前可行了。

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