计算化学公社

标题: 如何用vmd分析肽膜质心的距离与肽与磷脂膜的相互作用能 [打印本页]

作者
Author: 啊哈哈哈 时间: 2023-8-8 11:18
标题: 如何用vmd分析肽膜质心的距离与肽与磷脂膜的相互作用能
如何用vmd分析肽膜质心的距离以及肽与磷脂膜的相互作用能

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-8 21:42
如果用VMD分析，自己写VMD tcl分析脚本

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里我写的命令，在此基础上根据实际需要恰当改造
(, 下载次数 Times of downloads: 11)

如果是gromacs用户，也可以用gmx distance、pairdist等命令计算

在GROMACS里把磷脂和膜定义成两个能量组，从edr中可以提取相互作用能

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)