计算化学公社

标题: 求助：请问PWPB95计算分子结合能是否需要考虑BSSE [打印本页]

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Author: wangdefa28 时间: 2023-8-8 11:37
标题: 求助：请问PWPB95计算分子结合能是否需要考虑BSSE

本人用聚合物对材料进行表面改性，目的是更加高效去除毒素小分子。除了实验证明，还通过计算来探究这种聚合物和小分子之间的相互作用，目的是论证改性后聚合物和小分子之间的结合能力更强。现在需要回复审稿人提出的意见。
用Gaussian16 对两个分子进行了几何优化并计算两者结合能，具体步骤如下：

团簇由一个小分子bilirubin和一个聚合物组成。使用 xTB、Creast、Molclus、Multiwfn、Gaussian 16和Orca 5.0获得了分子和团簇的最佳几何构象。然后使用Gaussian16 和 B3LYP-D3(BJ)/6-31g*基组进行优化和频率计算；使用 Orca 5.0和RI-PWPB95-D3(BJ)/def2-TZVPP 基组计算单点能量。结合能是根据以下方程得到的。Ebinding=Ecluster -Epolymer -EBilirubin 单点能的计算参考教程 http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

审稿人认为需要考虑BSSE重新计算结合能，详细意见如下：

由于使用有限基集进行DFT计算而导致的基集叠加误差（BSSE）导致复合物的结合能降低。作者没有提到他们是如何解决BSSE的。考虑在没有BSSE的情况下重新计算Ebinding。

请问这样的情况是否需要扣除BSSE重新计算结合能？本人不是计算化学专业的，模拟是按照论坛的教程，基础知识欠缺，恳请各位指导。

作者
Author: Deepast 时间: 2023-8-8 14:14
本帖最后由 Deepast 于 2023-8-8 14:18 编辑

那几个软件用法没写对。
如果涉及弱相互作用的话，需要计算BSSE，照着做就行(在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能的例子（http://bbs.keinsci.com/thread-16585-1-1.html）)。你单点精度比较高，BSSE应该是相对比较小的。

作者
Author: wangdefa28 时间: 2023-8-8 15:58

Deepast 发表于 2023-8-8 14:14
那几个软件用法没写对。
如果涉及弱相互作用的话，需要计算BSSE，照着做就行(在ORCA中做counterpoise校正 ...

老师下午好，我还想请教您一下问题。链接里提到这个是不考虑变形能，“由于下面的例子里单体是刚性的，变形能可以忽略不计。”我的体系里面其中一个分子是具有191个原子的较大的聚合物，柔性比较强，具有5个长侧链。请问是否还可以按照您链接里的教程是否还适用呢？我的目的主要是证明相较于改性前的聚合物，表面改性后的聚合物对于毒素小分子的结合能力更强，请问提到的变形能是需要考虑的吗？

作者
Author: Deepast 时间: 2023-8-8 16:40

wangdefa28 发表于 2023-8-8 15:58
老师下午好，我还想请教您一下问题。链接里提到这个是不考虑变形能，“由于下面的例子里单体是刚性的，变 ...

不考虑变形能用链接里的教程没问题
讨论“结合强度”对于柔性体系要不要考虑变形能我也没想明白，相关文献的判据也有很多种

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-8-8 16:51

Deepast 发表于 2023-8-8 09:40
不考虑变形能用链接里的教程没问题
讨论“结合强度”对于柔性体系要不要考虑变形能我也没想明白，相关文 ...

结合强度应该用结合Gibbs自由能判断，因为只有这个是可以直接换算成平衡常数的，而实验上观察结合强度都是用平衡常数。其他判据要么和结合Gibbs自由能等价，要么是近似的

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-8 23:03
def2-TZVPP算弱相互作用不考虑BSSE肯定不行，BSSE叫基组重叠误差不叫基集叠加误差。这是基组层面的事，跟你用什么理论方法没直接关系

严格和实验对比需要用结合自由能，不仅考虑变形能，还考虑热力学效应（自由能热校正量的变化）。注意这类含低频的体系算自由能的时候不要用Gaussian做freq直接输出的自由能热校正量（对应RRHO模型），应当用Shermo（http://sobereva.com/552）基于QRRHO模型给出的，准确得多。

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