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标题: gromacs计算残基和化合物的结合能为0 [打印本页]

作者
Author: lucies123 时间: 2023-8-8 11:51
标题: gromacs计算残基和化合物的结合能为0
gromacs跑完MD后导出的gro，gmx energy计算化合物与残基的结合能。
从最后的距离判断ARG的胍基N原子和化合物的O原子距离符合氢键标准，但是结合能输出为0，是什么原因呢？（可能是因为角度不符合判断标准吗？但是Cou和LJ输出都为0，很奇怪）
求解

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-8 21:43
组里面原子序号没写对，或者化合物没定义原子电荷，等等

作者
Author: lucies123 时间: 2023-8-10 10:59

sobereva 发表于 2023-8-8 21:43
组里面原子序号没写对，或者化合物没定义原子电荷，等等

嗯嗯，多谢sob老师，我再检查一下

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