计算化学公社

标题: psi4计算石墨氮吸附氧气分子能量分解分析结果有误 [打印本页]

作者
Author: manying 时间: 2023-8-10 09:17
标题: psi4计算石墨氮吸附氧气分子能量分解分析结果有误
各位老师，我在用psi4计算石墨氮吸附氧气分子能量分解分析的时候，发现计算结果为总和为正值，无法吸附。但自己之前用Gaussian计算吸附能的时候结果明显为负值是可以吸附的上。就此产生疑问，希望各位老师给予解答，不胜感激

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-10 09:33
induction项很离谱，可能收敛到了奇怪的波函数

我建议用sobEDAw做能量分解，使用方便，耗时低，结果可靠，而且算出来的相互作用能和自己手动拿Gaussian算的还正好完全一样
原文ChemRxiv (2023) DOI: 10.26434/chemrxiv-2023-n79rz（刚被JPCA接收）
非常详细的教程：http://sobereva.com/soft/sobEDA_tutorial.zip

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-8-10 12:51
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-8-15 10:36 编辑

这还挺有意思的，不简单。这个复合物整体自旋和片段自旋有两种划分方式：
（1）整体0 4，片段一0 2，片段二0 3；
（2）整体0 2，片段一0 -2，片段二0 3
而PSI4目前只支持第一种计算，即所有单电子全平行，都取做alpha单电子，这种情况下即使算出来两个单体是排斥的，也很正常。严谨起见，应该对片段的UHF波函数做稳定性检查。
你也要注意你在高斯中用的是什么方式计算，不能用高斯的方式（2）去对比PSI4的方式（1）。而GKS-EDA支持计算这两种不同形式的能量分解，对比结果才能更好地看出来。这里演示一下用frag_guess_wfn小程序自动生成并加速GKS-EDA计算的技巧，首先写两个gjf文件
方式（1）

%mem=48GB
%nprocshared=28
#p UPBE1PBE/TZVP guess(fragment=2) em=gd3bj
{gks}
0 4 0 2 0 3
C(fragment=1) -1.41682144 -3.54873399 -0.30108952
...
N(fragment=1) -1.41616049 -1.09526767 -0.21881053
O(fragment=2) 0.85741591 -2.18278294 2.59459405
O(fragment=2) -0.39354975 -2.38681302 2.38520154

复制代码

方式（2）

%mem=48GB
%nprocshared=28
#p UPBE1PBE/TZVP guess(fragment=2) em=gd3bj
{gks}
0 2 0 -2 0 3
一样的坐标和划分片段

复制代码

这两个gjf文件是可以用GaussView打开可视化的。依次运行

frag_guess_wfn 1.gjf >1.out 2>&1
frag_guess_wfn 2.gjf >2.out 2>&1

复制代码

程序会自动调用高斯做DFT计算，并生成GKS-EDA输入文件1.inp和2.inp，里面电荷、自旋、划分片段、坐标、EDA关键词全写好了，还有分子轨道可让GAMESS极速收敛，提交给XEDA即可

xeda 1.inp 00 28 >1.gms 2>&1
xeda 2.inp 00 28 >2.gms 2>&1

复制代码

XEDA的安装见《GKS-EDA计算简介》。frag_guess_wfn是免费、开源的MOKIT程序里的小程序，见中文简介。

我已经看过了GKS-EDA计算结果，确实是第二种情况下结合才有利。

作者
Author: manying 时间: 2023-8-14 11:04

zjxitcc 发表于 2023-8-10 12:51
这还挺有意思的，不简单。这个复合物整体自旋和片段自旋有两种划分方式：
（1）整体0 4，片段一0 2，片段 ...

谢谢，老师。我这在去学一下。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)