计算化学公社

标题: 求助团簇气体吸附动力学模拟的时间步长设置 [打印本页]

作者
Author: dingniu2 时间: 2023-8-9 11:06
标题: 求助团簇气体吸附动力学模拟的时间步长设置
请问大家，用Gaussian 16做ADMP动力学模拟，体系为团簇体系的气体吸附（团簇吸附体系总共包含40多个原子，其中有3个过渡金属，其余为非金属），模拟温度为100K和300K两个温度，想通过ADMP模拟考察团簇上的气体吸附稳定性，有几个问题请问大家：

（1）ADMP默认的StepSize为0.1fs，请问我当前的体系StepSize设置多少为宜？StepSize的设置根据什么因素来确定？

（2）模拟的最大步数MaxPoints是否依据气体解吸即停止？如果气体不解吸要模拟多少步停止？

（3）我的体系用双路8173M这样的服务器能算得动吗？这样的服务器做ADMP能算得动的体系原子数的上限是多少？

（4）如果采用ORCA的AIMD做上述计算，StepSize、MaxPoints设置多少为宜?这时能算得动的原子数体系的上限是多少？

谢谢大家！！！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-9 23:33
AIMD用的比较多的是BOMD形式，包括下文的情况也是。Gaussian的ADMP在实际中没有什么明显的好处
使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子
http://sobereva.com/576（http://bbs.keinsci.com/thread-20800-1-1.html）

1 参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里的相关ppt
至少得说清楚有什么元素，预期出现物理吸附还是化学吸附

(, 下载次数 Times of downloads: 16)

2 看研究的具体问题。如果你是像模拟脱附过程，显然观看轨迹发现分子脱离团簇较远就可以停了。如果只是验证热稳定性，并不会发生脱附，那可以跑个比如5-20 ps

3 没法说算不动。能接受的耗时因人而异，跑一定步数根据平均每步的耗时估计能否跑得动

4 前面该说的都说了

作者
Author: dingniu2 时间: 2023-8-10 10:50
本帖最后由 dingniu2 于 2023-8-10 10:54 编辑

sobereva 发表于 2023-8-9 23:33
AIMD用的比较多的是BOMD形式，包括下文的情况也是。Gaussian的ADMP在实际中没有什么明显的好处
使用ORCA做 ...

谢谢老师，大概明白了，是不是在团簇吸附气体的模拟过程中，
如果团簇不分解构型保持的比较好，气体物理吸附步长可以设为1 fs，如果气体化学吸附设置步长0.2 fs，如果介于物理吸附和化学吸附之间可以设置步长0.5 fs？
如果团簇分解了，无论何种吸附都必须设置步长小于等于0.2 fs？
请问老师，我的以上理解对吗？谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-10 22:21

dingniu2 发表于 2023-8-10 10:50
谢谢老师，大概明白了，是不是在团簇吸附气体的模拟过程中，
如果团簇不分解构型保持的比较好，气体物理 ...

“物理吸附和化学吸附之间” 也最好用0.2 fs。除非成键/断键只牵扯很重的原子，才可能用更大步长。
其它没错

作者
Author: dingniu2 时间: 2023-8-10 22:47

sobereva 发表于 2023-8-10 22:21
“物理吸附和化学吸附之间” 也最好用0.2 fs。除非成键/断键只牵扯很重的原子，才可能用更大步长。
其它 ...

多谢sob老师！！！

作者
Author: dingniu2 时间: 2023-8-11 19:19

sobereva 发表于 2023-8-9 23:33
AIMD用的比较多的是BOMD形式，包括下文的情况也是。Gaussian的ADMP在实际中没有什么明显的好处
使用ORCA做 ...

请问老师，在ADMP或AIMD的模拟过程中某步出现了SCF不收敛该如何解决。http://sobereva.com/61中的方法通常用于单一结构的优化或能量计算，MD模拟一连串的结构，是将SCF不收敛的那一步提取出来分段进行MD模拟吗？还是使用SCF=YQC？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-12 02:47

dingniu2 发表于 2023-8-11 19:19
请问老师，在ADMP或AIMD的模拟过程中某步出现了SCF不收敛该如何解决。http://sobereva.com/61中的方法通 ...

那些方法大部分对于AIMD过程SCF不收敛照样有效
AIMD过程并不需要非得保证每一步都SCF收敛，只要别有某些步SCF收敛得太烂（离收敛限太远）就行

作者
Author: dingniu2 时间: 2023-8-12 08:53

sobereva 发表于 2023-8-12 02:47
那些方法大部分对于AIMD过程SCF不收敛照样有效
AIMD过程并不需要非得保证每一步都SCF收敛，只要别有某些 ...

谢谢老师，可是我用Gaussian的ADMP时某一步SCF不收敛，它就停了，不往下算了。orca的AIMD不收敛会继续算吗？谢谢老师！！！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-12 23:37

dingniu2 发表于 2023-8-12 08:53
谢谢老师，可是我用Gaussian的ADMP时某一步SCF不收敛，它就停了，不往下算了。orca的AIMD不收敛会继续算 ...

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